(19)
(11)EP 1 905 839 B2

(12)NEUE EUROPÄISCHE PATENTSCHRIFT
Nach dem Einspruchsverfahren

(45)Veröffentlichungstag und Bekanntmachung des Hinweises auf die Entscheidung über den Einspruch:
10.07.2019  Patentblatt  2019/28

(45)Hinweis auf die Patenterteilung:
29.12.2010  Patentblatt  2010/52

(21)Anmeldenummer: 06121094.4

(22)Anmeldetag:  22.09.2006
(51)Internationale Patentklassifikation (IPC): 
C12P 21/02(2006.01)
C12N 1/21(2006.01)
C07K 14/245(2006.01)

(54)

Verfahren zur fermentativen Herstellung von Proteinen

Method for the fermentative production of proteins

Procédé de production de protéines fermentative


(84)Benannte Vertragsstaaten:
AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HU IE IS IT LI LT LU LV MC NL PL PT RO SE SI SK TR

(43)Veröffentlichungstag der Anmeldung:
02.04.2008  Patentblatt  2008/14

(73)Patentinhaber: Wacker Chemie AG
81737 München (DE)

(72)Erfinder:
  • Dassler, Tobias, Dr.
    81825 München (DE)
  • Wich, Günter, Dr.
    81377 München (DE)
  • Reutter-Maier, Anneliese
    85614 Kirchseeon (DE)


(56)Entgegenhaltungen: : 
EP-A2- 0 448 093
US-A- 5 223 482
  
  • MORISHITA HIDEAKI ET AL: "Novel factor Xa and plasma kallikrein inhibitory-activities of the second Kunitz-type inhibitory domain of urinary trypsin inhibitor" THROMBOSIS RESEARCH, TARRYTOWN, NY, US, Bd. 73, Nr. 3-4, 1994, Seiten 193-204, XP002411680 ISSN: 0049-3848
  • ZHANG W-Y ET AL: "Alterations of the carboxyl-terminal amino acid residues of Escherichia coli lipoprotein affect the formation of murein-bound lipoprotein" JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, AMERICAN SOCIETY OF BIOLOCHEMICAL BIOLOGISTS, BIRMINGHAM,, US, Bd. 267, Nr. 27, 25. September 1992 (1992-09-25), Seiten 19560-19564, XP002411681 ISSN: 0021-9258
  • MERGULHAO F J M ET AL: "Recombinant protein secretion in Escherichia coli" BIOTECHNOLOGY ADVANCES, ELSEVIER PUBLISHING, BARKING, GB, Bd. 23, Nr. 3, Mai 2005 (2005-05), Seiten 177-202, XP004780594 ISSN: 0734-9750
  • SHOKRI A ET AL: "Cell and process design for targeting of recombinant protein into the culture medium of Escherichia coli." APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, Bd. 60, Nr. 6, Februar 2003 (2003-02), Seiten 654-664, XP002420713 ISSN: 0175-7598
  • HIROTA Y ET AL: "On the process of cellular division in Escherichia coli: a mutant of E. coli lacking a murein-lipoprotein." PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA APR 1977 LNKD- PUBMED:323852, vol. 74, no. 4, April 1977 (1977-04), pages 1417-1420, ISSN: 0027-8424
  • SANCHEZ A ET AL: "Synthesis in Escherichia coli of the HTLV-I trans-acting protein p40" , vol. 161, no. 2, 1 December 1987 (1987-12-01), pages 555-560, XP023046791
 
Bemerkungen:
Die Akte enthält technische Angaben, die nach dem Eingang der Anmeldung eingereicht wurden und die nicht in dieser Patentschrift enthalten sind.
 


Beschreibung


[0001] Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur fermentativen Herstellung von heterologen Proteinen unter Verwendung eines Escherichia coli Stammes mit einer Lipoprotein-Mutation.

[0002] Der Markt für rekombinante Proteinpharmazeutika (Pharmaproteine/Biologics) ist in den letzten Jahren stark gewachsen. Besonders wichtige Proteinpharmazeutika sind dabei eukaryontische Proteine, vor allem Säugetierproteine und menschliche Proteine. Beispiele wichtiger Pharmaproteine sind Cytokine, Wachstumsfaktoren, Proteinkinase, Protein- und Peptidhormone sowie Antikörper und Antikörperfragmente. Aufgrund der immer noch sehr hohen Produktionskosten für Pharmaproteine wird laufend nach effizienteren und damit kostengünstigeren Verfahren und Systemen für deren Herstellung gesucht.

[0003] Generell werden rekombinante Proteine entweder in Säugerzellkulturen oder in mikrobiellen Systemen hergestellt. Mikrobielle Systeme weisen gegenüber Säugerzellkulturen den Vorteil auf, dass auf diese Weise rekombinante Proteine in kürzerer Zeit und zu geringeren Kosten hergestellt werden können. Für die Produktion von rekombinanten Proteinen eignen sich daher vor allem Bakterien. Aufgrund seiner sehr gut untersuchten Genetik und Physiologie, der kurzen Generationszeit und der einfachen Handhabung ist das Gram-negative Enterobakterium Escherichia coli gegenwärtig der am häufigsten verwendete Organismus zur Produktion rekombinanter Proteine. In E. coli können rekombinante Proteine üblicherweise auf verschiedene Arten hergestellt werden:
  1. 1. intrazelluläre Produktion als lösliches Protein;
  2. 2. intrazelluläre Produktion als Einschlusskörperchen ("inclusion bodies");
  3. 3. Sekretion in das Periplasma.


[0004] Die Anhäufung des Zielproteins im Periplasma hat gegenüber der intrazellulären Produktion verschiedene Vorteile: 1) der N-terminale Aminosäurerest des sekretierten Zielproteins muss nicht zwangsläufig Methionin sein, sondern kann identisch zu der natürlichen Startaminosäure des Produkts sein, 2) ist die Protease-Aktivität im Periplasma bzw. Fermentationsmedium deutlich geringer als im Cytoplasma, 3) wird die Ausbildung von evtl. notwendigen Disulfidbrücken unter den oxidativen Bedingungen und durch die Chaperone des Periplasmas ermöglicht.

[0005] E. coli hat verschiedene Systeme, um Proteine durch die Cytoplasmamembran ins Periplasma zu transportieren. Für die sekretorische Herstellung rekombinanter Proteine wird am häufigsten das Sec-System verwendet. Dabei wird das Gen des gewünschten Proteins mit einer Signalsequenz von solchen Proteinen funktionell verknüpft, die normalerweise von E. coli mit Hilfe des Sec-Apparates exportiert werden (z. B. PhoA, OmpA, OmpF, StII, Lpp, MalE). Es können aber auch heterologe Signalsequenzen, wie z. B. eine α-CGTase-Signalsequenz, verwendet werden, die ebenfalls vom Sec-Apparat von E. coli erkannt werden (EP0448093). Im Falle des Sec-Systems werden die Proteine im ungefalteten Zustand durch die Cytoplasma-Membran transportiert und erst anschließend im Periplasma gefaltet.

[0006] Der Produktionsprozess des rekombinanten Proteins gliedert sich dabei immer in zwei Teile. Der erste Teil ist die Fermentation, welche zum Rohprodukt führt. Als Rohprodukt wird in diesem Fall das Fermentationsergebnis bezeichnet, welches das rekombinante Protein und außerdem noch verunreinigende wirtseigene Proteine enthält. Der zweite Teil des Produktionsprozesses umfasst die Aufreinigung des rekombinanten Proteins ausgehend vom Rohprodukt.

[0007] Aufwand und Kosten der Herstellung des rekombinanten Proteins werden neben den Produktionskosten des Rohproduktes, welches direkt nach der Fermentation als Gemisch umfassend das rekombinante Protein sowie Wirtsproteine vorliegt, auch wesentlich bestimmt durch die Aufreinigungskosten des Rohproduktes zum erwünschten rekombinanten Protein. Die Aufreinigung erfolgt in den meisten Fällen über mehrere Stufen mittels chromatographischer Verfahren. Dabei spielt die Abreinigung von verunreinigenden Wirtsproteinen, die z. T. immunogen oder toxisch sind, eine bedeutende Rolle. Hierbei weisen sowohl die intrazelluläre Produktion, wie die periplasmatische Produktion folgende Nachteile auf:
  1. 1. Die Zellen müssen aufgeschlossen werden.
  2. 2. Die Zielproteine müssen aus einer Vielzahl von Wirtsproteinen aufgereinigt werden.


[0008] Bei intrazellulärer Produktion kommt noch dazu, dass die Zielproteine häufig in teilweise fehlerhafter Faltung vorliegen.

[0009] Besonders bevorzugt sind daher Produktionsverfahren für rekombinante Proteine in E. coli, bei denen das Zielprotein in hoher Ausbeute und in der korrekten Faltung direkt ins Fermentationsmedium sekretiert wird.

[0010] In der Literatur sind eine Reihe von E. coli Stämmen und Prozesse mit E. coli Stämmen offenbart, durch die eine Sekretion von rekombinanten Proteinen ins Fermentationsmedium erreicht wird (Review s. Shokri et al., Appl. Microbiol. Biotechnol. 60 (2003), 654 - 664; Mergulhao et al., Biotechnology Advances 23 (2005), 177 - 202, Choi and Lee, Appl. Microbiol. Biotechnol. 64 (2004), 625 - 635).

[0011] In EP 0338410 und EP 0448093 ist die Herstellung und die Verwendung einer "Sekretormutante" von E. coli offenbart, die eine massive Protein-Sekretion in das Fermentationsmedium aufweist. Als Ausgangsstamm zur Herstellung von geeigneten E. coli-Sekretormutanten kann man insbesondere Zellen mit einer minA- und/oder minB-Mutation (z. B. DS410) oder Zellen, die in einem Protein oder in mehreren Proteinen der äußeren Membran mutiert sind (z. B. BW7261), verwenden. Diese Zellen wurden zusätzlich einer Mutagenese-Prozedur, z. B. durch Behandlung mit N-Methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidin, unterzogen. Anschließend erfolgt dann z. B. eine Selektion auf Resistenz gegen die Zellwand-aktive Substanz D-Cycloserin, oder es folgt ein Screening auf verbesserte Protein-Sekretion durch Analyse der Hofbildung in einem Amylopektin-Azur-Agarmedium, wenn man das sekretierbare, stärkeabbauende Enzym α-Cyclodextrin-Glycosyl-Transferase (αCGTase) als Indikatorprotein verwendet. Mit einer auf diese Weise erzeugten Sekretormutante konnten heterologe Proteine, wie z. B. eine αCGTase bzw. ein Hirudin-Derivat mit extrazellulären Ausbeuten von 240 mg/l bzw. von 2,63 g/l hergestellt werden. Ein großer Nachteil dieser Sekretormutanten liegt in der aufwändigen Herstellungsprozedur mittels Mutagenese und Screening. Außerdem umfasst die Herstellung einen ungerichteten Mutageneseschritt, der zusätzlich zur gewünschten Mutation zu unerwünschten Mutationen führen kann.

[0012] EP 0497757 beschreibt die Herstellung von E. coli Stämmen, die biologisch aktive, also korrekt gefaltete heterologe Proteine in das Anzuchtmedium sekretieren, dadurch gekennzeichnet, dass E. coli Stämme mit mutagenen Agenzien behandelt werden, über Resistenz gegen den Bakteriophagen T7 nach Mutanten gesucht wird, die Veränderungen in der äußeren Membran haben und diese auf die Eigenschaft "Proteinsekretion in das Medium" getestet werden. Die Proteinausbeuten, die im Medium mit solchen Stämmen erreicht werden, sind jedoch sehr niedrig (< 5 mg/l). Auch hier liegt ein weiterer Nachteil in der aufwändigen und schlecht reproduzierbaren Herstellung solcher Stämme.

[0013] Die im Stand der Technik beschriebenen Ansätze weisen mindestens einen der folgenden Nachteile auf:
  1. a) entweder können mit einem Produktionssystem nur homologe oder ganz spezielle Proteine extrazellulär in ausreichend hoher Ausbeute hergestellt werden, oder
  2. b) wenn ein System prinzipiell für die Herstellung verschiedenartiger Proteine geeignet ist, wurden damit bisher aus wirtschaftlicher Sicht nur geringe Ausbeuten erzielt, oder
  3. c) es müssen im Anschluss an die Kultivierung noch weitere Schritte, wie z. B. die Abspaltung des Zielproteins von einem Fusionspartner, folgen, was die Aufarbeitung aufwändiger macht, oder
  4. d) die Erzeugung eines Sekretionsstammes, der in der Lage ist, Proteine mit hoher Ausbeute in das Fermentationsmedium zu sekretieren, ist nur durch ein aufwändiges Mutagenese- und Screening-Verfahren möglich.


[0014] Daneben besteht prinzipiell die Möglichkeit der Verwendung von so genannten "leaky"-Stämmen. Darunter sind Mutanten von E. coli oder Salmonella zu verstehen, die einen Defekt in der äußeren Membran aufweisen und deshalb periplasmatische Proteine teilweise in das Fermentationsmedium entlassen. Es handelt sich dabei um einen unspezifischen Mechanismus (Lazzaroni und Portalier, 1981, J. Bact. 145, 1351 - 58). Ein Beispiel für solche "leaky"-Mutanten sind Stämme mit veränderten Lipoprotein-Anteilen in der äußeren Membran (z. B. lpp-Mutanten) (Hirota et al., 1977, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, 1417 - 20; Yem und Wu, 1978, J. Bact. 133, 1419 - 26; Suzuki et al., 1978, Mol. Gen. Genet. 167, 1 - 9).

[0015] Es ist bekannt, dass lpp-Mutanten zelleigene periplasmatische Proteine, wie z. B. die alkalische Phosphatase PhoA oder die RNase I, in das Fermentationsmedium entlassen. Solche Stämme sind extrem empfindlich gegenüber EDTA, verschiedenen Detergenzien und Farbstoffen (Fung et al., 1978, J. Bact. 133, 1467 - 71; Suzuki et al., 1978, Mol. Gen. Genet. 167, 1 - 9; Hirota et al., 1977, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, 1417 - 20).

[0016] Der Einsatz von lpp-Mutanten von E. coli zur Produktion von heterologen Proteinen in technischemMaßstab wurde bisher nicht beschrieben. Es wird hingegen immer darauf hingewiesen, dass "leaky"-Stämme von E. coli, zu denen auch die lpp-Mutanten zählen, nicht ausreichend robust und somit für eine großtechnische Kultivierung nicht geeignet sind (EP0357391; Wan und Baneyx, 1998, Protein Expres. Purif. 14, 13 - 22; Shokri et al., 2003, Appl. Microbiol. Biotechnol. 60: 654 - 64; Ray et al., 2002, Protein Expres. Purif. 26, 249 - 59).

[0017] Nur in wenigen Publikationen geht die Verwendung von lpp-Mutanten im Labormaßstab über die reine Charakterisierung dieser Stämme hinaus. So wurde eine lpp-Deletionsmutante von E. coli aufgrund ihrer Eigenschaft, periplasmatische Proteine teilweise in das Fermentationsmedium zu entlassen, als Werkzeug eingesetzt, um potentielle Virulenz-Gene aus pathogenen Mikroorganismen, die für exportierte Proteine mit abspaltbaren Signalpeptiden kodieren, über ein Hofbildungs-Screening zu identifizieren (Giladi et al., 1993, J. Bact. 175, 4129-36). Die heterologen Zielproteine wurden dabei als Fusionsproteine mit der E. coli eigenen periplasmatischen Alkalischen Phosphatase erzeugt und als Fusionsproteine in das Fermentationsmedium sekretiert.

[0018] In einem anderen Ansatz wurde die extrazelluläre Anhäufung eines Fusionsproteins bestehend aus dem Maltose-Bindeprotein von E. coli (MBP) und dem Bacteriocin Pediocin AcH (PapA) aus Pediococcus acidilactici unter Verwendung einer lpp-Insertionsmutante von E. coli, beschrieben (Miller et al., 1998, Appl. Environ. Microbiol. 64, 14 - 20). Auch hier wurde das heterologe Zielprotein als Fusionsprotein mit einem zelleigenen Protein ins Fermentationsmedium sekretiert.

[0019] Beide Veröffentlichungen beschreiben die Produktion der Fusionsproteine in Schüttelkolben im Labormaßstab in komplexen und teuren Labormedien (z. B. Luria-Bertani Broth).

[0020] Darüber hinaus ist in Kanamori et al. (1988, Gene 66, 295 - 300), Morishita et al. (1994, Thrombosis Research 73, 193 - 204) und US 5223482 die Verwendung der lpp-Mutante JE5505 (Suzuki et al., 1978, Mol. Gen. Genet. 167, 1 - 9) zur extrazellulären Herstellung von eukaryontischen Polypeptiden, die aus maximal 70 Aminosäuren und damit vergleichsweise einfach aufgebaut sind, offenbart. Das jeweils für die Kultivierung verwendete Minimalsalzmedium M9CA enthält zudem mit den supplementierten Casaminosäuren eine teure Komplexkomponente. In einem Fermentationsprozess konnten nur geringe, für einen wirtschaftlichen Prozess uninteressante extrazelluläre Produkt-Ausbeuten von maximal 50 mg/l erzielt werden, was wahrscheinlich auf die mangelnde Robustheit des Stammes unter diesen Fermentationsbedingungen zurückzuführen ist.

[0021] Es ist ferner beschrieben, dass lpp-Mutanten Vesikel der äußeren Membran abschnüren (McBroom und Kuehn, 12.5.2005. Kapitel 2.2.4, Outer Membrane Vesicles. In A. Böck, R. Curtiss III, J. B. Kaper, F. C. Neidhardt, T. Nyström, K. E. Rudd, and C. L. Squires (ed.), EcoSal-Escherichia coli and Salmonella: cellular and molecular biology. [Online.] http://www.ecosal.org. ASM Press, Washington, D.C.) und dass die in das Fermentationsmedium abgegebenen Proteine in diesen Vesikeln enthalten sind (Kesty und Kuehn, 2004, J. Biol. Chem. 279, 2069 - 76). Dadurch werden die Proteine dem üblichen Prozess der Disulfid-Brückenbildung und den periplasmatischen Isomerisierungssystemen, die für die Faltung komplexer Proteine im Periplasma notwendig sind, entzogen. Der Durchschnittsfachmann geht deshalb davon aus, dass dies bei komplexen heterologen Proteinen zu fehlerhafter oder unvollständiger Faltung führt.

[0022] Sowohl eine Produktion von Proteinen als Fusionsproteine, als auch eine Produktion nicht korrekt gefalteter Proteine ist unerwünscht, da dadurch aufwändige und teure Nachbehandlungen des Zielproteins notwendig sind. So muss bei Fusionsproteinen das gewünschte Zielprotein aufwändig durch spezifische Chemikalien oder Enzyme von dem Fusionspartner abgespalten und gereinigt werden. Im Falle von fehlgefalteten Proteinen sind schwierige Denaturierungs- und Rückfaltungsprozeduren notwendig.

[0023] Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, ein Verfahren zur Produktion eines heterologen Proteins in technischemMaßstab mittels eines E. coli-Stammes in einem Fermentationsmedium bereitzustellen, bei welchem das Protein in hoher Ausbeute in das Fermentationsmedium sekretiert wird, und das heterologe Protein ohne weitere Nachbehandlung direkt aus dem Fermentationsmedium aufgereinigt werden kann.

[0024] Diese Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren, gemäß Anspruch 1.

[0025] E. coli-Stämme, welche eine Mutation im lpp-Gen aufweisen, sind in der Literatur beschrieben (Hirota et al., 1977, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, 1417 - 20; Yem und Wu, 1978, J. Bact. 133, 1419 - 26).

[0026] Darüber hinaus sind dem Fachmann Methoden zur Erzeugung von lpp-Mutanten von beliebigen E. coli-Stämmen bekannt. Solche in ihrer Basensequenz von der Sequenz des lpp-Wildtypgens aufgrund von Mutationen abweichenden DNS-Sequenzen werden auch als lpp-Allele bezeichnet. In der Literatur synonym gebrauchte Bezeichnungen für das lpp-Gen sind mlpA oder lpo.

[0027] So können lpp-Allele z. B. über eine Transduktion mittels P1-Phagen oder Konjugation aus einem Stamm mit lpp-Mutation auf einen lpp-Wildtypstamm übertragen werden, wobei das lpp-Wildtypgen gegen das lpp-Allel ersetzt wird.

[0028] Darüber hinaus sind dem Fachmann weitere Methoden zur Erzeugung von lpp-Allelen bekannt. Derartige lpp-Allele werden in der Regel der Einfachheit halber zunächst in vitro erzeugt und anschließend in das Chromosom der Zelle eingebracht, wodurch das ursprünglich vorhandene lpp-Wildtypgen ersetzt und somit eine lpp-Mutante erzeugt wird. Allele des lpp-Gens kann man beispielsweise durch unspezifische oder gezielte Mutagenese mit der DNS des lpp-Wildtypgens als Ausgangsmaterial herstellen. Unspezifische Mutationen innerhalb des lpp-Gens oder des Promotorbereichs des lpp-Gens können z. B. durch chemische Agentien, wie Nitrosoguanidin, Ethylmethansulfonsäure u.ä. und/oder durch physikalische Methoden und/oder durch unter bestimmten Bedingungen durchgeführte PCR-Reaktionen erzeugt werden. Methoden zur Einführung von Mutationen an spezifischen Positionen innerhalb eines DNS-Fragmentes sind bekannt. So kann beispielsweise der Austausch einer oder mehrerer Basen in einem DNS-Fragment, das das lpp-Gen und dessen Promotorregion umfasst, mittels PCR unter Verwendung geeigneter Oligonukleotide als Primer erfolgen.

[0029] Die mittels der beschriebenen Methoden in vitro erzeugten lpp-Allele können mittels einfacher Standardmethoden in das Chromosom einer Wirtszelle anstelle des lpp-Wildtypgens/Promotors eingebracht werden. Dies kann beispielsweise mittels des in Link et al. (1997, J. Bacteriol. 179: 6228 - 37) beschriebenen Verfahrens zur Einführung chromosomaler Mutationen in ein Gen über den Mechanismus der homologen Rekombination erfolgen. Die Einführung einer chromosomalen Deletion des gesamten lpp-Gens oder eines Teils davon ist beispielsweise mit Hilfe des λ-Red Rekombinase-Systems nach der von Datsenko und Wanner (2000, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 97: 6640 - 5) beschriebenen Methode möglich.

[0030] Die DNS-Sequenz des lpp-Gens von E. coli (SEQ ID No. 1) kodiert für ein Lpp-Protein mit der Sequenz SEQ ID No. 2. Die ersten 60 Nukleotide kodieren dabei für das Signalpeptid, welches die Sekretion des Lpp-Proteins in das Periplasma steuert und das während dieses Translokationsvorgangs wieder abgespalten wird. Die Promotorregion des lpp-Gens ist in Inouye und Inouye (1985, Nuclic Acids Res. 13, 3101 - 10) definiert.

[0031] Die Mutation im lpp-Gen ist eine Substitution, eine Deletion oder eine Insertion eines oder mehrerer Nukleotide im lpp-Gen oder im Promotorbereich des lpp-Gens, welche dazu führt, dass das lpp-Gen nicht mehr oder nur noch vermindert exprimiert wird, oder die zu einer veränderten Aminosäuresequenz des Lpp-Proteines führt, welche mit einer Verminderung der Funktionalität des Lpp-Proteins einhergeht.

[0032] Eine aufgrund einer Mutation verminderte Expression des lpp-Gens ist im Sinne der Erfindung dann gegeben, wenn in den Zellen nur noch maximal 80 % der Lpp-Proteinmenge im Vergleich zu Zellen des Wildtyp-Stammes W3110 (ATTC: 27325) nachgewiesen werden kann. Dies kann z. B. durch eine immunologische Quantifizierung des Lpp-Proteins mit Hilfe von Anti-Pal-Antikörpern geschehen (Cascales et al., 2002, J. Bacteriol. 184, 754 - 9).

[0033] Darüber hinaus sind dem Fachmann verschiedene Methoden bekannt, eine Verminderung der Funktionalität des Lpp-Proteins zu bestimmen. So dienen zum Beispiel das Auftauchen periplasmatischer Proteine von E. coli im Fermentationsmedium (Leakiness), beispielsweise messbar durch Bestimmung der Aktivität des in das Fermentationsmedium freigesetzten Indikatorproteins "Alkalische Phosphatase", eine erhöhte Sensitivität gegenüber Detergentien, EDTA oder bestimmten Farbstoffen, eine erhöhte Resistenz gegen das Antibiotikum Globomycin oder die Beobachtung der Ausbildung von sogenannten Blebs im elektronenmikroskopischen Bild als Hinweise auf eine verminderte Funktionalität des Lpp-Proteins (Hirota et al., 1977, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, 1417 - 20; Yem und Wu, 1978, J. Bacteriol. 133, 1419 - 26; Zwiebel et al., 1981, J. Bacteriol. 145, 654 - 656).

[0034] Eine Verminderung der Lpp-Funktionalität in einer Zelle im Sinne der Erfindung ist vorzugsweise dann gegeben, wenn aufgrund einer Mutation im lpp-Gen oder im Promotorbereich des lpp-Gens mindestens 10 % der Gesamtaktivität des zelleigenen periplasmatischen s "Alkalische Phosphatase" während der Fermentation von der Zelle in das Fermentationsmedium freigesetzt wird oder wenn die Resistenz der Zellen gegenüber Globomycin um mindestens den Faktor 2 im Vergleich zu dem lpp-Wildtypstamm W3110 erhöht ist.

[0035] Besonders bevorzugt sind Mutationen im lpp-Gen, die zu einem Austausch des Arginin-Rests an Position 77 von SEQ ID No. 2 gegen einen Cystein-Rest (lpp1 Mutanten) führen und solche, die zu einem Austausch des Glycin-Rests an Position 14 von SEQ ID No. 2 gegen einen Asparaginsäure-Rest (lpp3 Mutanten) führen.

[0036] Ebenso bevorzugt sind Mutationen, die aufgrund einer Deletion von mindestens einem Nukleotid im lpp-Gen selbst oder in der Promotorregion des lpp-Gens dazu führen, dass die Zellen eine erhöhte Leakiness für periplasmatische e aufweisen.

[0037] Unter erhöhter Leakiness ist dabei zu verstehen, dass die Zellen nach einer Fermentation eine höhere Konzentration von periplasmatischen en, z. B. der Alkalischen Phosphatase, im Nährmedium aufweisen, als der Stamm E. coli W3110 (ATCC 27325) .

[0038] Der Begriff "heterologes" Protein umfasst im Sinne der vorliegenden Erfindung keine Fusionsproteine mit einem E. coli Protein.

[0039] Die heterologen Proteine weisen dabei mehr als 50 %, bevorzugt mehr als 70 %, besonders bevorzugt mehr als 90 % der spezifischen Aktivität bzw. ihrer Wirkung (Funktion) auf, die charakteristisch für das jeweilige heterologe Protein ist.

[0040] Mittels des erfindungsgemäßen Verfahrens lassen sich Antikörperfragmente, die in ihrer funktionellen Form als Dimer vorliegen, d.h. eine Quartärstruktur besitzen und aus mehreren identischen (homologen) oder nicht-identischen (heterologen) Untereinheiten aufgebaut sind in hohen Ausbeuten in der korrekten aktiven Struktur aus dem Fermentationsmedium gewinnen, wenn dessen monomere Proteinketten mit Signalpeptiden für die Sekretion verknüpft sind und mittels des Sec-Systems in das Periplasma transportiert werden. Dies gelang sowohl mit Homo-Dimeren, als auch bei Hetero-Dimeren, also bei Proteinen, bei denen sich die Proteinketten der Untereinheiten in ihrer Aminosäuresequenz unterscheiden. Besonders bevorzugt sind dabei Proteine, die aus mehreren unterschiedlichen Proteinketten aufgebaut sind, also Hetero-Dimere darstellen. Dies war völlig unerwartet, da bei solchen Proteinen die einzelnen Proteinketten mittels des Sec-Systems zunächst unabhängig voneinander in das Periplasma transportiert werden müssen, um dort üblicherweise unter Mitwirkung von periplasmatischen Enzymen und Chaperonen in die richtige Sekundär-, Tertiär- und Quartärstruktur gefaltet bzw. assembliert zu werden. Hier ging der Fachmann bisher davon aus, dass die Freisetzung der Proteine in das Fermentationsmedium mit solchen komplexen Faltungs- und Assemblierungsvorgängen interferiert und eine Sekretion solcher Proteine in funktioneller Form daher besonders schwierig ist.

[0041] Eine besonders wichtige Klasse von Proteinen, die aus mehreren Proteinuntereinheiten besteht, sind Antikörper. Antikörper werden in der Forschung, in der Diagnostik und als Therapeutikum in großem Umfang eingesetzt, so dass besonders effiziente und in technischem Ausmaß mögliche Produktionsverfahren notwendig sind.

[0042] Bei Antikörpern wird zwischen Volllängen-Antikörpern und Antikörperfragmenten unterschieden. Volllängen-Antikörper bestehen aus vier Proteinketten, zwei identischen schweren Ketten und zwei identischen leichten Ketten. Die verschiedenen Ketten sind durch Disulfidbrücken miteinander verbunden. Jede schwere Kette ist aus einer variablen Region (VH) und einer konstanten Region, welche die drei Domänen CH1, CH2 und CH3 umfasst, aufgebaut. Die Region der schweren Kette, die die Domänen CH2 und CH3 umfasst und die auch als Fc-Region bezeichnet wird, ist nicht an der Antigen-Bindung beteiligt, sondern hat andere Funktionen, wie z. B. die Aktivierung des Komplement-Systems. Jede leichte Kette ist aus einer variablen Region (VL) und einer konstanten Region, die die Domäne CL umfasst, aufgebaut. Abhängig von der Aminosäure-Sequenz der schweren Kette werden Antikörper (Immunglobuline) in fünf Klassen eingeordnet: IgA, IgD, IgE, IgG und IgM. Unter dem Begriff Volllängen-Antikörper sind alle Antikörper zu verstehen, bei denen die leichten Ketten jeweils die Domänen VL und CL umfassen und die schweren Ketten substantiell aus den Domänen VH-CH1-CH2-CH3 aufgebaut sind und der Antikörper somit neben der Eigenschaft ein spezifisches Antigen binden zu können, auch in der Lage ist, andere Funktionen (z. B. die Aktivierung des Komplement-Systems) auszuführen.

[0043] Demgegenüber bestehen Antikörperfragmente aus lediglich einem Teil eines Volllängen-Antikörpers, üblicherweise aus dem Teil, der die Antigen-Bindestelle mit umfasst. Beispiele für Antikörperfragmente sind u.a. i) Fab-Fragmente, bei denen die leichten Ketten jeweils die Domänen VL und CL und die schweren Ketten jeweils die Domänen VH und CH1 umfassen, ii) Fab'-Fragmente, die im Prinzip Fab-Fragmente darstellen, aber am C-Terminus der CH1-Domäne noch einen oder mehrere Cystein-Reste tragen oder iii) F(ab')2-Fragmente, bei denen zwei Fab'-Fragmente mittels der Cystein-Reste am C-Terminus der CH1-Domäne über Disulfidbrücken miteinander verknüpft sind.

[0044] Zur Herstellung von Antikörperfragmenten wurde bereits E. coli verwendet, die Produktion fand dabei allerdings entweder im Cytoplasma oder im Periplasma statt. In beiden Fällen müssen die E. coli Zellen aufgeschlossen werden und die Antikörperfragmente von den restlichen E. coli Proteinen abgetrennt werden.

[0045] US6204023 und EP0396612 beschreiben die extrazelluläre Produktion von Fab-Fragmenten. Die Ausbeuten liegen im Bereich von wenigen Milligramm pro Liter. Better et al. (1993, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 457 - 61) beschreibt die extrazelluläre Herstellung von chimären Fab'- und F(ab')2-AntikörperFragmenten mit dem E. coli-Stamm W3110ara-. Auch die dabei erzielten Ausbeuten von 200 - 700 mg/l sind für einen wirtschaftlichen Prozess im technischen Maßstab zu niedrig.

[0046] Bei Versuchen im Rahmen der vorliegenden Erfindung zeigte sich überraschend, dass bei Verwendung von E. coli lpp-Mutanten zur Herstellung von Antikörperfragmenten in technischemMaßstab extrazelluläre Ausbeuten von mehr als 1 g/l erreicht werden. Bevorzugte Antikörperfragmente sind dabei Fab, Fab' und F(ab')2-Fragmente, besonders bevorzugt Fab-Fragmente.

[0047] Für die Sekretion von Proteinen aus dem Cytoplasma in das Periplasma ist es notwendig, das 5'-Ende des Gens des zu produzierenden Proteins in frame mit dem 3'-Ende einer Signalsequenz für den Protein-Export zu verknüpfen. Dazu sind prinzipiell die Gene aller Signalsequenzen geeignet, die in E.coli eine Translokation des Zielproteins mit Hilfe des Sec-Apparats ermöglichen. Verschiedene Signalsequenzen sind im Stand der Technik beschrieben, so z. B. die Signalsequenzen der folgenden Gene: phoA, ompA, pelB, ompF, ompT, lamB, malE, Staphylococcal protein A, STII und andere (Choi & Lee, 2004). Bevorzugt sind die Signalsequenzen des phoA- und ompA-Gens von E. coli, besonders bevorzugt ist die Signalsequenz für eine Cyclodextrin-Glycosyltransferase (CGTase) aus Klebsiella pneumoniae M5a1 mit der Sequenz SEQ ID No. 3 (EP0448093).

[0048] Die Herstellung des DNS-Moleküls, das mindestens eine Fusion aus einer Signalsequenz und dem Gen des rekombinanten Zielproteins umfasst, erfolgt nach dem Fachmann bekannten Methoden.

[0049] So kann das Gen des Zielproteins zunächst mittels PCR unter Verwendung von Oligonukleotiden als Primer amplifiziert und anschließend mit gängigen molekularbiologischen Techniken mit dem DNS-Molekül, das die Sequenz eines Signalpeptids umfasst und das auf analoge Weise wie das Gen des Zielproteins erzeugt wurde, derart verknüpft werden, dass eine in frame-Fusion, d.h. ein durchgehender Leserahmen umfassend die Signalsequenz und das Gen des Zielproteins, entsteht. Alternativ kann auch das gesamte DNS-Molekül, das beide oben genannten funktionellen Abschnitte umfasst, mittels Gensynthese hergestellt werden. Diese Signalsequenz-rekombinante Gen-Fusion kann dann entweder in einen Vektor, z. B. ein Plasmid, eingebracht werden, oder direkt nach bekannten Methoden in das Chromosom der Wirtszelle integriert werden. Bevorzugt wird die Signalsequenz-rekombinante Gen-Fusion in Plasmide eingebracht.

[0050] Für die Sekretion eines Proteins, das aus mehreren unterschiedlichen Untereinheiten besteht, aus dem Cytoplasma in das Periplasma ist es notwendig, das 5'-Ende des jeweiligen Gens der zu produzierenden Untereinheit (Zielgen) in frame mit dem 3'-Ende einer Signalsequenz für den Protein-Export zu verknüpfen. Dabei können die Gene der verschiedenen Untereinheiten mit unterschiedlichen Signalsequenzen verknüpft werden oder der gleichen. Bevorzugt ist die Verknüpfung mit unterschiedlichen Signalsequenzen, besonders bevorzugt ist die Verknüpfung der einen Untereinheit mit der Signalsequenz des phoA- oder ompA-Gens von E. coli und die Verknüpfung der zweiten Untereinheit mit der Signalsequenz für eine Cyclodextrin-Glycosyl-transferase (CGTase) aus Klebsiella pneumoniae mit der Sequenz SEQ ID No. (EP0448093).

[0051] Die Signalsequenz-Zielgen-Fusionen der einzelnen Untereinheiten können dann entweder in einen Vektor, z. B. ein Plasmid, eingebracht werden, oder direkt nach bekannten Methoden in das Chromosom der Wirtszelle integriert werden. Dabei können die Signalsequenz-Zielgen-Fusionen der einzelnen Untereinheiten auf getrennten, aber miteinander kompatiblen Plasmiden kloniert werden oder sie können auf einem Plasmid kloniert werden. Die Genfusionen können dabei in einem Operon zusammengefasst werden oder sie können in jeweils separaten Cistronen exprimiert werden. Bevorzugt ist hier ein Zusammenfassen in einem Operon. Genauso können die beiden Genkonstrukte in einem Operon zusammengefasst oder in jeweils separaten Cistronen in das Chromosom der Wirtszelle integriert werden. Bevorzugt ist auch hier ein Zusammenfassen in einem Operon.

[0052] Vorzugsweise wird das DNS-Expressionskonstrukt aus einer Signalsequenz und einem rekombinanten Gen kodierend das Antikörperfragment mit in E. coli funktionellen Expressionssignalen versehen (Promotor, Transkriptions-, Translationsstart, Ribosomenbindestelle, Terminator).

[0053] Als Promotoren eignen sich alle dem Fachmann bekannten Promotoren, wie einerseits beispielsweise induzierbare Promotoren wie der lac-, tac-, trc-, lambda PL, ara- oder tet-Promotor oder davon abgeleitete Sequenzen. Andererseits kann auch eine dauerhafte Expression erfolgen durch Verwendung eines konstitutiven Promotors, wie z. B. des GAPDH-Promotors. Es kann aber auch der normalerweise mit dem Gen des zu produzierenden Antikörperfragments verknüpfte Promotor Verwendung finden.

[0054] Dieses Expressionskonstrukt (Promoter-Signalsequenzrekombinantes-Gen) für das Antikörperfragment wird danach unter Anwendung von dem Fachmann bekannten Methoden in die Zellen mit lpp-Mutation eingebracht.

[0055] Dies erfolgt z. B. auf einem Vektor, z. B. einem Plasmid, wie etwa einem Abkömmling von bekannten Expressionsvektoren, wie pJF118EH, pKK223-3, pUC18, pBR322, pACYC184, pASK-IBA3 oder pET. Als Selektionsmarker für Plasmide geeignet sind Gene, die für eine Resistenz gegenüber z. B. Ampicillin, Tetracyclin, Chloramphenicol, Kanamycin oder andere Antibiotika codieren.

[0056] Die Kultivierung (Fermentation) der mit einem Expressionsplasmid transformierten Zellen erfolgt in technischemMaßstab nach üblichen, dem Fachmann bekannten Fermentationsverfahren in einem Bioreaktor (Fermenter).

[0057] Die Fermentation findet in einem üblichen Bioreaktor mit einem Volumen von mehr als 5 l, beispielsweise einem Rührkessel, einem Blasensäulen-Fermenter oder einem Airlift-Fermenter statt. Besonders bevorzugt ist ein Rührkessel-Fermenter. Unter technischem Maßstab ist dabei eine Fermentergröße mit einem Volumen von mehr als 5 l zu verstehen, die für die Produktion von Pharmaproteinen in einer Menge, die für klinische Tests bzw. für die Anwendung an Patienten nach einer Zulassung des Medikaments, das das Pharmaprotein enthält, ausreicht. Bevorzugt sind daher Fermenter mit einem Volumen von > 50 l.

[0058] Bei der Fermentation werden die Zellen des Protein-Produktionsstammes in einem Flüssigmedium über einen Zeitraum von 16 - 150 h kultiviert, wobei verschiedene Parameter, wie z. B. die Nährstoff-Zufuhr, der Sauerstoff-Partialdruck, der pH-Wert und die Temperatur der Kultur laufend kontrolliert und genau gesteuert werden. Der Zeitraum der Kultivierung beträgt vorzugsweise 24 - 72 h.

[0059] Als Fermentationsmedien kommen in Prinzip alle gängigen, dem Fachmann bekannten Medien für die Kultivierung von Mikroorganismen in Frage.

[0060] Dabei können Komplexmedien oder Minimalsalzmedien, denen ein bestimmter Anteil von Komplex-Komponenten, wie z. B. Pepton, Trypton, Hefeextrakt, Melasse oder Corn Steep liquor zugesetzt wird, benützt werden. Bevorzugt sind dabei Medien, die Ca2+-Ionen in einer Konzentration größer 4 mg/l, vorzugsweise größer 4 mg/l bis maximal 5000 mg/l, besonders bevorzugt 10 mg/l bis 5000 mg/l, ganz besonders bevorzugt 40 mg/l - 5000 mg/l enthalten, oder Mg2+-Ionen in einer Konzentration größer 48 mg/l, vorzugsweise größer 48 mg/l bis maximal 5000 mg/l enthalten. Insbesondere bevorzugt sind Medien, die Ca2+- und Mg2+-Ionen in den genannten Konzentrationen enthalten.

[0061] Bevorzugt für die Herstellung von sind chemisch definierte Salzmedien, also Medien, die im Gegensatz zum Vollmedium eine genau definierte Substrat-Zusammensetzung besitzen. Es ist bekannt, dass empfindliche Mikroorganismen in solchen Medien nicht oder verlangsamt wachsen. Es war daher unerwartet und überraschend, dass ein E. coli Stamm enthaltend eine lpp-Mutation sowie ein Gen kodierend ein Antikörperfragment, welches in frame mit einer Signalsequenz kodierend für ein in E. coli funktionelles Signalpeptid verbunden ist, in einem definierten Salzmedium, das Ca2+- und Mg2+- Ionen enthält, wächst und große Mengen des Antikörperfragments in das Salzmedium sekretiert.

[0062] In diesem Verfahren wächst der E. coli Stamm enthaltend eine lpp-Mutation sowie ein Gen kodierend ein Antikörperfragment, welches in frame mit einer Signalsequenz kodierend für ein in E. coli funktionelles Signalpeptid verbunden ist, in einer zu einem Stamm ohne lpp-Mutation vergleichbar kurzen Fermentationszeit zu vergleichbar hohen Zelldichten heran und sekretiert dabei große Mengen des eukaryontischen Proteins in das Salzmedium. Besonders bevorzugt sind dabei Salzmedien, die Ca2+-Ionen in einer Konzentration größer 4 mg/1, vorzugsweise größer 4 mg/l bis 5000 mg/1, besonders bevorzugt 10 mg/l bis 5000 mg/l, ganz besonders bevorzugt 40 - 5000 mg/l enthalten, oder Mg2+-Ionen in einer Konzentration größer 48 mg/1, vorzugsweise größer 48 mg/l bis maximal 5000 mg/l enthalten. Insbesondere bevorzugt sind Salzmedien, die Ca2+- und Mg2+-Ionen in den genannten Konzentrationen enthalten.

[0063] Als primäre Kohlenstoffquelle für die Fermentation können prinzipiell alle von den Zellen verwertbaren Zucker, Zuckeralkohole oder organische Säuren bzw. deren Salze verwendet werden. Dabei werden bevorzugt Glucose, Laktose oder Glycerin eingesetzt. Besonders bevorzugt sind Glucose und Laktose. Auch ist eine kombinierte Fütterung mehrerer verschiedener Kohlenstoffquellen möglich. Die Kohlenstoffquelle kann dabei zu Beginn der Fermentation vollständig im Fermentationsmedium vorgelegt werden oder es wird nichts oder nur ein Teil der Kohlenstoffquelle zu Beginn vorgelegt und die Kohlenstoffquelle wird über den Verlauf der Fermentation zugefüttert. Besonders bevorzugt ist dabei eine Ausführungsform, bei der ein Teil der Kohlenstoffquelle vorgelegt wird und ein Teil gefüttert wird. Besonders bevorzugt wird die Kohlenstoffquelle in einer Konzentration von 10 - 30 g/l vorgelegt, die Fütterung gestartet, wenn die Konzentration auf kleiner 5 g/l abgefallen ist und so gestaltet, dass die Konzentration unter 5 g/l gehalten wird.

[0064] Der Sauerstoff-Partialdruck (pO2) in der Kultur beträgt vorzugsweise zwischen 10 und 70 % Sättigung. Bevorzugt wird ein pO2 zwischen 30 und 60 %, besonders bevorzugt liegt der pO2 zwischen 45 und 55 % Sättigung.

[0065] Der pH-Wert der Kultur liegt vorzugsweise zwischen pH 6 und pH 8. Bevorzugt wird ein pH-Wert zwischen 6,5 und 7,5 eingestellt, besonders bevorzugt wird der pH-Wert der Kultur zwischen 6,8 und 7,2 gehalten.

[0066] Die Temperatur der Kultur beträgt vorzugsweise zwischen 15 und 45°C. Bevorzugt ist ein Temperaturbereich zwischen 20 und 40°C, besonders bevorzugt ist ein Temperaturbereich zwischen 25 und 35°C, ganz besonders bevorzugt sind 30°C.

[0067] Unter den genannten Bedingungen wachsen E. coli Stämme enthaltend eine lpp-Mutation sowie ein Gen kodierend ein Antikörperfragment, welches in frame mit einer Signalsequenz kodierend für ein in E. coli funktionelles Signalpeptid verknüpft ist, in kurzer Fermentationszeit im Produktionsmaßstab, d.h. in einem Fermenter mit einem Arbeitsvolumen von > 5 l, zu normalen Zelldichten heran und sekretieren dabei große Mengen an Antikörperfragmenten in das Fermentationsmedium.

[0068] Die Aufreinigung des sekretierten Antikörperfragments aus dem Rohprodukt kann durch übliche und dem Fachmann bekannte Aufreinigungsmethoden geschehen, wie sie im Stand der Technik bekannt sind. Üblicherweise werden in einem ersten Schritt durch Separationsmethoden, wie Zentrifugation oder Filtration, die Zellen von dem sekretierten Zielprotein abgetrennt. Das Zielprotein kann dann z. B. durch Ultrafiltration aufkonzentriert werden und wird dann über Standardmethoden, wie Fällung, Chromatographie oder Ultrafiltration weiter gereinigt. Besonders bevorzugt sind hierbei Methoden, wie Affinitätschromatographie, bei der die bereits korrekt gefaltete native Konformation des Proteins ausgenützt wird.
Fig. 1
zeigt den Vektor pK03-lppl aus Bsp. 2.
Fig. 2
zeigt den Vektor pK03-lpp3 aus Bsp. 3.
Fig. 3
zeigt den Klonierungsvektor pJF118ut aus Bsp. 4.
Fig. 4
zeigt das CGTase-Expressionsplasmid pCGT aus Bsp. 4.
Fig. 5
zeigt das Interferonα2b-Expressionsplasmid pIFN aus Bsp. 5.
Fig. 6
zeigt das Plasmid pHC-Anti-Lysozym aus Bsp. 6.
Fig. 7
zeigt das Fab-Expressionsplasmid pFab-Anti-Lysozym aus Bsp. 6.
Fig. 8
zeigt das Plasmid pHC-Anti-TF aus Bsp. 7.
Fig. 9
zeigt das Anti-TF-Antikörper-Expressionsplasmid pAK-Anti-TF aus Bsp. 7.


[0069] Die in den Figuren verwendeten Abkürzungen haben die folgende Bedeutung:
tac p/o:
tac-Promotor/Operator
cmR:
Chloramphenicol-Resistenz;
lpp1:
lpp1-Allel mit Basensubstitution, die zum Aminosäure-Austausch Arg77Cys führt (R77C);
lpp3:
lpp3-Allel mit Basensubstitution, die zum Aminosäure-Austausch Glyl4Asp führt (G14D);
M130ri:
M13-Replikationsursprung;
sacB:
Laevansucrase-Gen aus Bacillus;
repA:
pSC101-Replikationsursprung, temperatursensitiv;
rrnB:
Terminator;
bla:
β-Lactamase-Gen (Ampicillin-Resistenz);
ColE1:
ColE1-Replikationsursprung;
TcR:
Tetracyclin-Resistenz-Gen;
laclq:
Repressor des tac-Promotors;
cgt-SP:
Signalpeptid der CGTase;
CGTase:
CGTase-Gen;
SD:
Shine-Dalgarno-Sequenz;
IFNalpha2b:
Interferonα2b-Gen;
ompA-SP:
ompA-Signalpeptid:
(VH)-CH1:
Leserahmen fürdas Fragmentderschweren Kette mit den Domänen VH und CH1 und C-terminalem His-Tag;
(VL)-CL:
Leserahmen für das Fragment der leichten Kette mit den Domänen VL und CL;
His-Tag:
His-Tag am C-Terminus der schweren Kette des Fab-Fragments;
HC (Anti-TF):
Leserahmen der schweren Kette des Anti-TF-Antikörpers;
LC (Anti-TF):
Leserahmen der leichten Kette des Anti-TF-Antikörpers.


[0070] Die folgenden Beispiele dienen der weiteren Erläuterung der Erfindung.

[0071] Sämtliche eingesetzten molekularbiologischen Verfahren, wie Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR), Gensynthese, Isolierung und Reinigung von DNS, Modifikation von DNS durch Restriktionsenzyme, Klenow-Fragment und Ligase, Transformation etc. wurden in der dem Fachmann bekannten, in der Literatur beschriebenen oder von den jeweiligen Herstellern empfohlenen Art und Weise durchgeführt.

Beispiel 1: Erzeugung einer chromosomalen lpp-Deletionsmutante aus einem E. coli Wildtyp-Stamm



[0072] Zur Erzeugung einer lpp-Deletionsmutante des E. coli Wildtyp-Stammes W3110 (American Type Culture Collection (ATCC): 27325) mit Hilfe der λ-Rekombinase wurde nach der Methode von Datsenko und Wanner (2000, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 97: 6640 - 5) vorgegangen. Dabei wurde zunächst mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) unter Verwendung der Oligonukleotide lpp1 (SEQ ID No. 4) und lpp2 (SEQ ID No. 5) als Primern und dem Plasmid pKD3 (Coli Genetic Stock Center (CGSC): 7631) als Matrize ein lineares DNS-Fragment erzeugt, welches ein Chloramphenicol-Resistenzgen enhält, und das von jeweils 50 Basenpaaren der upstream- bzw. der downstream-Region des lpp-Gens flankiert ist.

[0073] Der Stamm W3110 wurde zuerst mit dem Plasmid pKD46 (CGSC: 7739) transformiert. Kompetente Zellen des so erhaltenen Stammes W3110 pKD46, welche nach den Angaben von Datsenko und Wanner hergestellt worden waren, wurden mit dem per PCR erzeugten linearen DNS-Fragment transformiert. Die Selektion auf Integration der Chloramphenicol-Resistenzkassette in das Chromosom von W3110 an der Position des lpp-Gens erfolgte auf LB-AgarPlatten, die 20 mg/l Chloramphenicol enthielten. Auf diese Weise wurden Zellen erhalten, bei denen das lpp-Gen nahezu vollständig durch die Chloramphenicol-Resistenzkassette ersetzt worden war. Dass die Integration an der korrekten Position im Chromosom erfolgte, wurde mittels PCR unter Verwendung der Oligonukleotide pykF (SEQ ID No. 6) und ynhG2 (SEQ ID No. 7) und chromosomaler DNS der Chloramphenicol-resistenten Zellen als Matrize bestätigt.

[0074] Die Zellen wurden von dem Plasmid pKD46 nach der beschriebenen Prozedur (Datsenko und Wanner) kuriert und der auf diese Weise erzeugte Stamm wurde mit W3110lpp::cat bezeichnet. Die Entfernung der Chloramphenicol-Resistenzkassette aus dem Chromosom des Stammes W3110lpp::cat erfolgte nach der Vorschrift von Datsenko und Wanner mit Hilfe des Plasmids pCP20 (CGSC: 7629), welches das FLP-Rekombinase-Gen trägt. Die schließlich mit dieser Prozedur erhaltene Chloramphenicolsensitive lpp-Deletionsmutante von W3110 wurde mit W3110Δlpp bezeichnet.

Beispiel 2: Erzeugung einer chromosomalen lpp1-Mutante aus einem E. coli Wildtyp-Stamm



[0075] Der Austausch des lpp-Wildtypgens im Chromosom des Stammes W3110 gegen das lpp1-Allel erfolgte über homologe Rekombination. Dazu wurde folgendermaßen vorgegangen:
Mittels Gensynthese wurde ein DNS-Molekül hergestellt, welches das lpp1-Allel sowie ca. 200 Basenpaare der 3'-seitig des lpp-Wildtypgens gelegenen DNS-Region enthält (SEQ ID No. 8). Außerdem trägt dieses DNS-Molekül an beiden Enden jeweils eine Schnittstelle für das Restriktionsenzym BamHl. Das lpp1-Allel umfasst die Basen 9 bis 245 von SEQ ID No. 8. Im Unterschied zum lpp-Wildtypgen (SEQ ID No. 1) weist das lpp1-Allel eine Basensubstitution an Position 229 (C zu T) des lpp-Gens auf, was zu einem Austausch des Arginin-Rests an Position 77 gegen einen Cystein-Rest im unprozessierten Lpp-Protein führt.

[0076] Das per Gensynthese erzeugte DNS-Molekül mit der SEQ ID No. 8 wurde vollständig mit dem Restriktionsenzym BamHI geschnitten. Der Klonierungsvektor pK03 (Link et al., 1997, J. Bacteriol. 179, 6228 - 37; Harvard Medical School, Department of Genetics, 200 Longwood Ave, Boston, MA 02115) wurde zunächst ebenfalls mit dem Restriktionsenzym BamHI geschnitten. Das auf diese Weise linearisierte Plasmid wurde anschließend mit Alkalischer Phosphatase behandelt, um später eine Religation des Vektors zu verhindern. Die beiden auf diese Weise geschnittenen DNS-Moleküle wurden miteinander ligiert. Das so erzeugte Plasmid wurde mit pK03-lppl bezeichnet (Fig. 1).

[0077] Der Stamm W3110 wurde mittels der CaCl2-Methode mit dem Plasmid pK03-lppl transformiert, wobei mit Ampicillin auf plasmidtragende Zellen selektiert wurde. Der anschließende Austausch des lpp-Wildtypgens gegen das lpp1-Allel erfolgte über den Mechanismus der homologen Rekombination nach der in Link et al. (1997) beschriebenen Prozedur. Dass dieser Austausch basengenau an der richtigen Position im Chromosom erfolgte, wurde dadurch überprüft, dass die chromosomale lpp-Region mittels PCR unter Verwendung der Oligonukleotide pykF (SEQ ID No. 6) und ynhG2 (SEQ ID No. 7) und chromosomaler DNS der vermeintlichen lpp1-Mutante als Matrize erst amplifiziert und anschließend das PCR-Produkt mit denselben Oligonukleotiden sequenziert wurde.

[0078] Die schließlich auf diese Weise erzeugte lpp1-Mutante von W3110 wurde mit W3110lpp1 bezeichnet.

Beispiel 3: Erzeugung einer chromosomalen lpp3-Mutante aus einem E. coli Wildtyp-Stamm



[0079] Bei der Erzeugung einer chromosomalen lpp3-Mutante von W3110, welche wie die lpp1-Mutante nur eine Punktmutation im lpp-Gen aufweist, wurde analog zu Beispiel 2 vorgegangen, mit dem Unterschied, dass anstelle des DNS-Fragments mit der SEQ ID No. 8 ein DNS-Molekül mit der SEQ ID No. 9, welches ebenfalls per Gensynthese hergestellt worden war, verwendet wurde. Dieses DNS-Molekül enthält das lpp3-Allel (Basen 211 bis 447) sowie ca. 200 Basenpaare der 5'-seitig des lpp-Wildtypgens gelegenen DNS-Region. Außerdem trägt dieses DNS-Molekül an beiden Enden jeweils eine Schnittstelle für das Restriktionsenzym BamHI. Das lpp3-Allel weist im Unterschied zur SEQ ID No. 1 eine Basensubstitution an Position 41 (G zu A) des lpp-Gens auf, was zu einem Austausch des Glycin-Rests an Position 14 gegen einen Asparaginsäure-Rest im noch unprozessierten Lpp-Protein führt. Das durch Ligation der jeweils mit BamHI geschnittenen DNS-Fragmente von Plasmid pK03 und dem lpp3-Allel haltigen DNS-Molekül erzeugte Plasmid pK03-lpp3 (Fig. 2) wurde in den Stamm W3110 wie oben beschrieben transformiert. Mittels der Prozedur von Link et al. wurde schließlich der Stamm W3110lpp3 erhalten. Die Stammüberprüfung erfolgte wie in Beispiel 2 beschrieben.

Beispiel 4: Fermentative Produktion einer Cyclodextrin-Glycosyl-Transferase mit lpp-Mutanten im 10 l-Maßstab



[0080] Ein DNS-Fragment mit der SEQ ID No. 10, welches ein Cyclodextrin-Glycosyl-Transferase (CGTase)-Gen aus Klebsiella pneumoniae M5al enthält (Genbanknr. M15264), wurde per Gensynthese hergestellt. Dieses DNS-Fragment wurde in den Expressionsvektor pJF118ut (Fig. 3) kloniert, welcher bei der DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (Braunschweig) unter der Nummer DSM 18596 hinterlegt ist. pJF118ut ist ein Derivat des bekannten Expressionsvektors pKK223-3 (Amersham Pharmacia Biotech) und enthält neben dem β-Lactamase-Gen und dem Tetracyclin-Resistenzgen noch den tac-Promotor, der durch das Laclq-Genprodukt, dessen Gen ebenfalls auf dem Plasmid vorliegt, reprimiert wird und der durch einen Induktor wie z. B. D-Lactose oder Isopropyl-β-D-thiogalactopyranosid (IPTG), angeschaltet werden kann.

[0081] Das Plasmid pJF118ut wurde mit dem Restriktionsenzym EcoRI vollständig geschnitten und die jeweils an den 5'-Enden des linearen DNS-Fragments überstehenden Basen wurden mit S1-Nuklease abgespalten. Das auf diese Weise vorbereitete Vektor-DNS-Molekül wurde mit dem CGTase-umfassenden DNS-Fragment (SEQ ID No. 10) unter Verwendung der T4-Ligase ligiert. Der Stamm DH5α wurde mit dem Ligationsansatz nach der CaCl2-Methode transformiert, wobei mittels Ampicillin (100 mg/l) auf plasmidhaltige Zellen selektiert wurde. Aus Ampicillin-resistenten Transformanden wurde das Plasmid wieder isoliert und durch Restriktionsanalyse überprüft. Das auf diese Weise erzeugte Plasmid, bei dem die Expression des CGTase-Gens unter der Kontrolle des tac-Promotors liegt, wurde mit pCGT bezeichnet (Fig. 4).

[0082] Für die Produktion einer Cyclodextrin-Glycosyl-Transferase im 10 1-Maßstab wurden die Stämme W3110Δlpp, W3110lpp1 und W3110lpp3 jeweils mit dem Plasmid pCGT mittels der CaCl2-Methode transformiert. Die Selektion auf plasmidhaltige Zellen erfolgte mittels Ampicillin (100 mg/l).

[0083] Die Produktion wurde in 10 1 Rührkesselfermentern durchgeführt.

[0084] Der mit 6 1 des Fermentationsmediums FM4 (1,5 g/l KH2PO4; 5 g/l (NH4)2SO4; 0,5 g/l MgSO4 x 7 H2O; 0,15 g/l CaCl2 x 2 H2O, 0,075 g/l FeSO4 x 7 H2O; 1 g/l Na3Citrat x 2 H2O; 0,5 g/l NaCl; 1 ml/l Spurenelementlösung (0,15 g/l Na2MoO4 x 2 H2O; 2,5 g/l Na3BO3; 0,7 g/l CoCl2 x 6 H2O; 0,25 g/l CuSO4 x 5 H2O; 1,6 g/l MnCl2 x 4 H2O; 0,3 g/l ZnSO4 x 7 H2O); 5 mg/l Vitamin B1; 3 g/l Phyton; 1,5 g/l Hefeextrakt; 10 g/l Glukose; 100 mg/l Ampicillin) befüllte Fermenter wurde im Verhältnis 1:10 mit einer Vorkultur, die über Nacht im gleichen Medium kultiviert wurde, angeimpft. Während der Fermentation wurde eine Temperatur von 30°C eingestellt und der pH-Wert durch Zudosierung von NH4OH bzw. H3PO4 bei einem Wert von 7,0 0 konstant gehalten. Glukose wurde über die Fermentation hinweg zudosiert, wobei eine maximale Glukose-Konzentration im Fermentationsmedium von < 10 g/l angestrebt wurde. Die Induktion der Expression erfolgte durch Zugabe von Isopropyl-β-D-thiogalactopyranosid (IPTG) ad 0,1 mM am Ende der logarithmischen Wachstumsphase.

[0085] Nach 72 h Fermentation wurden Proben entnommen, die Zellen durch Zentrifugation vom Fermentationsmedium abgetrennt und der CGTase-Gehalt im Fermentationsüberstand durch folgenden Aktivitätstest bestimmt:
Testpuffer 5 mM Tris-HCl-Puffer > pH 6,5, 5 mM CaSO4. 2 H2O Substrat: 10 %ige Noreduxlösung in Test-Puffer (pH 6,5) Testansatz: 1 ml Substratlösung + 1 ml abzentrifugierter und gegebenenfalls verdünnter Kulturüberstand (5 Min., 12 000 rpm) + 3 ml Methanol
Reaktionstemperatur. 40°C

Enzymtest:



[0086] 

◊ Vortemperieren der Lösungen (ca. 5 Min. bei 40°C)

◊ Zugabe der Enzymlösung zur Substratlösung; rasches Mischen (Whirl-Mixer)

◊ Inkubation für 3 Min. bei 40°C

◊ Stoppen der Enzymreaktion durch Methanol-Zugabe; rasches Mischen (Whirl-Mixer)

◊ Abkühlen des Ansatzes auf Eis (ca. 5 Min.)

◊ Abzentrifugieren (5 Min., 12 000 rpm) und Abpipettieren des klaren Überstandes

◊ Analyse des produzierten CDs mittels HPLC

Enzymaktivität: A = G*V1*V2/(t*MG) (Units/ml)

A = Aktivität

G = Gehalt an CD in mg/l = Testansatz: Flächeneinheiten x 104 / Standardlösung (10mg/ml)/ Flächeneinheiten

V1 = Verdünnungsfaktor im Testansatz (bei Durchführung nach o.g. Angaben: V1 = 5)

V2 = Verdünnungsfaktor des Kulturüberstands vor dem Einsatz im Test; wenn unverdünnt: V2 = 1

t = Reaktionszeit in Min.

MG = Molekulargewicht in g/mol (CD = 973 g/mol) 1 Unit = 1 µMοl Produkt / Min.



[0087] Aus der auf diese Weise bestimmten CGTase-Aktivität lässt sich die Menge der im Fermentationsüberstand vorhandenen CGTase berechnen. Dabei entsprechen 150 U/ml CGTase-Aktivität etwa 1 g/l CGTase-Protein.

[0088] Tabelle 1 zeigt die jeweils erzielten Cyclodextrin-Glycosyltransferase-Ausbeuten.
Tabelle 1: Cyclodextrin-Glycosyltransferase-Ausbeuten im Fermentationsüberstand nach 72 Fermentation
StammCyclodextrin-Glycosyltransferase (U/ml)Cyclodextrin-Glycosyltransferase (g/l)
W3110Δlpp/pCGT 480 3,2
W3110lpp1/pCGT 450 3,0
W3110lpp3/pCGT 520 3,5

Beispiel 5: Fermentative Produktion von Interferonα2b mit lpp-Mutanten im 10 1-Maßstab



[0089] Ein weiteres pharmazeutisch interessantes Protein, das mit Hilfe einer lpp-Mutante von E. coli extrazellulär hergestellt werden kann, ist das Interferonα2b.

[0090] Bei der Erzeugung des Expressionsvektors für das Interfe-Interferonα2b-Gen wurde wie folgt vorgegangen:

[0091] Ein DNS-Fragment mit der SEQ ID No. 11, welches eine Genfusion bestehend aus der in EP 0220714 beschriebenen CGTase-Signalsequenz (SEQ ID No. 3) und dem Gen für Interferonα2b enthält, wurde per Gensynthese hergestellt.

[0092] Dieses DNS-Fragment wurde mit den Restriktionsenzymen EcoRI und Pstl geschnitten und mit dem Expressionsvektor pJF118ut, der mit denselben Restriktionsenzymen geschnitten worden war, ligiert. Das aus dieser Klonierung resultierende Plasmid, bei dem die Expression des Interferonα2b-Gens unter der Kontrolle des tac-Promotors liegt, wurde mit pIFN (Fig. 5) bezeichnet.

[0093] Für die Herstellung von Interferonα2b wurden die Stämme W3110Δlpp, W3110lpp1 und W3110lpp3 jeweils mit dem Plasmid pIFN nach der CaCl2-Methode transformiert. Die Selektion auf plasmidhaltige Zellen erfolgte mittels Ampicillin (100 mg/l).

[0094] Die Produktion von Interferonα2b im 10 1-Maßstab erfolgte analog dem in Beispiel 4 beschriebenen Verfahren mit den Stämmen W3110Δlpp/pIFN, W3110lpp1/pIFN und W3110lpp3/pIFN. Nach 72 h Fermentation wurden Proben entnommen, anschließend die Zellen durch Zentrifugation vom Fermentationsmedium abgetrennt und der Interferonα2b-Gehalt im Fermentationsüberstand bestimmt. Dazu wurden die Proteine im Fermentationsüberstand elektrophoretisch in einem SDS-Polyacrylamidgel aufgetrennt und mittels Detektion im Immunoblot mit Anti-Interferon-spezifischen Antikörpern wie folgt quantifiziert:

[0095] 1 µl Überstand wurde mit Probenpuffer versetzt (2x Tris SDS - Sample Buffer (Invitrogen Cat.No. LC2676): 0.125 M Tris.HCl, pH 6.8, 4 % w/v SDS, 20 % v/v Glycerin, 0.005 % v/v Bromphenolblau, 5 % beta-Mercaptoethanol). Außerdem wurden definierte Mengen von Interferonα2b als Standard mit aufgetragen. Denaturieren der Proteine erfolgte durch Erhitzen auf 100°C für 5 Min., Abkühlen für 2 Min. auf Eis und abzentrifugieren.

[0096] Die Proteine wurden durch Elektrophorese in einem 12 % NuPAGE® Bis-Tris-Gel (Invitrogen Cat.No. NP0341) mit 1x MES-haltigem Running Buffer (Invitrogen Cat.No. NP0002) aufgetrennt (Elektrophorese-Parameter: 40 Min. bei 200 V).

[0097] Detektion und Quantifizierung über Immunoblot wurde nach folgender Vorschrift durchgeführt:

Transfer im Naßblot-Verfahren:



[0098] 

Modul: Amersham: Hoefer TE 22 Mini Tank Transfer Unit, Code

Number: 80-6204-26

Membran: Nitrocellulose-Membran (Schleicher&Schuell, BA 85, Cellulosenitrat (E), 0,45 µm Porengröße) Whatman-Filter und Nitrocellulose-Membran in passende Größe schneiden und mit Schaumstoffstücken (Schwämmen) in Transferpuffer (Invitrogen Cat.No. LC3675) luftblasenfrei tränken. Aufbau des Sandwiches: schwarzes Gitter, Verbindung mit der Kathode, 2 Schwämme, je 3 mm dick, Whatman-Papier, SDS-Polyacrylamidgel, NC-Membran, Whatman, 1 Schwamm, 6 mm dick, weißes Gitter, Verbindung mit der Anode.

Transferbedingungen: I = 200mA constant current, U = unbegrenzt, Laufzeit 60 Min.


Prehybridisierung



[0099] Inkubation der Membran in 25 ml Prehybridisierungspuffer 30 Min. bei RT schwenken

Hybridisierung 1. Antikörper



[0100] Inkubation der Membran in 25 ml Prehybridisierungspuffer + 0,15 µg/ml (-> 3,75 µg) Anti-human-IFN-alpha Antibody (Pepro Tech EC, über Biozol Cat. No.: 500-P32A)
90 Min. oder über Nacht bei RT schwenken

Waschen



[0101] 10 Sekunden mit 1 x PBS schwenken, RT, Puffer abgießen 2 x 15 Min. mit 1x PBS schwenken, RT, Puffer abgießen

Hybridisierung 2. Antikörper



[0102] Inkubation der Membran in 25 ml Prehybridisierungspuffer + 25 µl (1:1000) Goat Anti-Rabbit IgG Horseradish Peroxidase Conjugate (HRP) (Southern Biotech, über Biozol Cat. No.: 4050 - 05) 60 Min. bei RT schwenken

Waschen



[0103] 10 Sekunden mit 1 x PBS schwenken, RT, Puffer abgießen 2 x 15 Min. mit 1 x PBS schwenken, RT, Puffer abgießen

Detektion über Chemilumineszenz



[0104] Lumi-Light Western Blotting Substrate (Roche, Cat. No.: 2015200) vorbereiten: Lumi-Light Luminol / Enhancer Solution und Lumi-Light Stable Peroxide Solution im Verhältnis 1:1 mischen: 3 ml / NC-Membran.

[0105] Blot 5 Min. bei RT mit Lumi-Light Western Blotting Substrate inkubieren, Überschuss ablaufen lassen, Membran mit Frischhaltefolie bedecken und sofort einen X-Ray Film (Kodak, X-OMAT) auflegen, 2 Min. exponieren, entwickeln und fixieren. Bei schwachen Signalen wird die Exposition über einen längeren Zeitraum wiederholt.

Puffer



[0106] Prehybridisierungspuffer: 5 % Magermilchpulver in 1x PBS 10x PBS: 100 mM NaH2PO4, 1,5 M NaCl, pH 7,5 mit NaOH, 0,5 % Triton 100
1x PBS: 10x PBS mit vollentsalztem Wasser 1:10 verdünnen

Quantifizierung



[0107] Eine quantitative Auswertung erfolgte nach Einscannen des Immunoblots mit Biorad GS-800 Calibrated Densitometer mittels der Quantity One 1-D-Analysis Software (Biorad) durch Vergleich mit dem aufgetragenen Standard.

[0108] In Tabelle 2 sind die auf diese Weise bestimmten Interferonα2b-Ausbeuten im Fermentationsüberstand dargestellt.
Tabelle 2: Interferonα2b-Ausbeuten im Fermentationsüberstand nach 72 h Fermentation
StammInterteronα2b (mg/l)
W3110Δlpp/pIFN 530
W3110lpp1/pIFN 510
W3110lpp3/pIFN 570

Beispiel 6: Fermentative Produktion von Fab-Antikörperfragmenten mit lpp-Mutanten im 10 l-Maßstab



[0109] Mit Hilfe einer lpp-Mutante von E. coli können auch funktionelle Fab-Antikörperfragmente extrazellulär hergestellt werden. Dabei muss die Zelle die entsprechenden Fragmente der leichten Kette, welche die Domänen VL und CL umfasst, und der schweren Kette, welche die Domänen VH und CH1 umfasst, gleichzeitig synthetisieren und dann in das Periplasma und schließlich in das Fermentationsmedium sekretieren. Außerhalb des Cytoplasmas erfolgt dann die Assemblierung der beiden Ketten zum funktionellen Fab-Fragment.

[0110] Das vorliegende Beispiel beschreibt die Produktion eines Fab-Fragments des gut charakterisierten Anti-Lysozym-Antikörpers D1.3.

[0111] Als Ausgangsvektor für die Klonierung und Expression der Gene des Anti-Lysozym-Fab-Fragments diente das Plasmid pJF118ut. In dieses Plasmid wurden in zwei aufeinanderfolgenden Schritten die beiden Leserahmen für die schwere Kette (VH-CH1-Domänen) bzw. für die leichte Kette (VL-CL-Domänen) des Anti-Lysozym-Fab-Fragments jeweils inklusive einer Signalsequenz kloniert. Dazu wurde wie folgt vorgegangen:

[0112] Das DNS-Fragment mit der SEQ ID No. 12 (schwere Kette) wurde mittels Gensynthese hergestellt und umfasst eine Genfusion bestehend aus der Signalsequenz des ompA-Gens von E. coli und dem Leserahmen für die schwere Kette (VH-CH1) des Fab-Fragments. An diesen Leserahmen schließen direkt sechs Histidin-Codons an und bilden somit den C-Terminus des Fusionsproteins. Über diesen His-Tag ist später eine einfache Aufreinigung des vollständig assemblierten Fab-Fragments mittels Affinitätschromatographie möglich. Dieses DNS-Fragment wurde mit den Restriktionsenzymen EcoRI und Pstl geschnitten und mit dem Expressionsvektor pJF118ut, der mit denselben Restriktionsenzymen geschnitten worden war, ligiert. Das aus dieser Klonierung resultierende Plasmid, bei dem die Expression des Gens für die schwere Kette unter der Kontrolle des tac-Promotors liegt, wurde mit pHC-Anti-Lysozym bezeichnet (Fig. 6).

[0113] Das DNS-Fragment mit der SEQ ID No. 13 (leichte Kette) wurde ebenfalls mittels Gensynthese hergestellt und umfasst eine Genfusion bestehend aus der Signalsequenz einer CGTase (SEQ ID No. 3) und dem Leserahmen für die leichte Kette (VL-CL) des Fab-Fragments. Dieses DNS-Fragment wurde zunächst mit dem Restriktionsenzym Pstl geschnitten und anschließend mit dem Vektor pHC-Anti-Lysozym, der mit demselben Restriktionsenzym geschnittenen worden war, ligiert. Das daraus resultierende Plasmid wurde mit pFab-Anti-Lysozym (Fig. 7) bezeichnet. Auf diese Weise wurde ein artifizielles Operon bestehend aus den jeweiligen Leserahmen für die schwere und die leichte Kette erzeugt, welches unter der Kontrolle des tac-Promotors steht. Damit ist durch Zugabe eines Induktors (z.B. IPTG) eine synchrone Expression der beiden Gene möglich.

[0114] Für die Herstellung des Anti-Lysozym-Fab-Fragments wurden die Stämme W3110Δlpp, W3110lpp1 und W3110lpp3 jeweils mit dem Plasmid mit der CaCl2-Methode transformiert. Die Selektion auf plasmidhaltige Zellen erfolgte mittels Ampicillin (100 mg/l).

[0115] Die Produktion des Anti-Lysozym-Fab-Fragments im 10 1-Maßstab erfolgte analog dem in Beispiel 4 beschriebenen Verfahren mit den Stämmen W3110Δlpp/pFab-Anti-Lysozym, W3110lpp1/pFab-Anti-Lysozym und W3110lpp3/pFab-Anti-Lysozym. Nach 72 h Fermentation wurden Proben entnommen und anschließend die Zellen durch Zentrifugation vom Fermentationsmedium abgetrennt.

[0116] Die Reinigung des Anti-Lysozym-Fab-Fragments aus den Fermentationsüberständen erfolgte mittels Affinitätschromatographie, wie in Skerra (1994, Gene 141, 79 - 84) beschrieben.

[0117] Die Quantifizierung sowie die Bestimmung der Aktivität des gereinigten Anti-Lysozym-Fab-Fragments erfolgte über einen ELISA-Test mit Lysozym als Antigen (Skerra, 1994, Gene 141, 79 - 84).

[0118] In Tabelle 3 sind die Ausbeuten an funktionellem Anti-Lysozym-Fab-Fragment aufgelistet, die aus jeweils 20 ml Fermentationsüberstand nach 72 h Fermentation isoliert werden konnten.
Tabelle 3: Anti-Lysozym-Fab-Fragment-Ausbeuten im Fermentationsüberstand nach 72 h Fermentation
Stammaus 20 ml Überstand gereinigtes Anti-Lysozym-Fab-Fragment [mg]Anti-Lysozym-Fab-Fragment-Ausbeute [g/l] im Fermentationsüberstand (hochgerechnet)
W3110Δlpp/ 27 1,3
pFab-Anti-Lysozym    
W3110lpp1/pFab-Anti-Lysozym 20 1,0
W3110lpp3/pFab-Anti-Lysozym 30 1,5

Beispiel 7: Fermentative Produktion von Volllängen-Antikörpern mit lpp-Mutanten im 10 1-Maßstab



[0119] Mit Hilfe einer lpp-Mutante von E. coli können auch funktionelle Volllängen-Antikörper extrazellulär hergestellt werden. Analog zur Herstellung der Fab-Fragmente muss die Zelle die leichte und die schwere Kette des Antikörpers gleichzeitig synthetisieren und dann in das Periplasma und schließlich in das Fermentationsmedium sekretieren. Außerhalb des Cytoplasmas erfolgt dann die Assemblierung der beiden Ketten zum funktionellen Volllängen-Antikörper.

[0120] Das vorliegende Beispiel beschreibt die Produktion des Anti-Tissue factor (αTF) IgG1-Antikörpers.

[0121] Als Ausgangsvektor für die Klonierung und Expression der Gene des Anti-αTF-Antikörpers diente das Plasmid pJF118ut. In dieses Plasmid wurden in zwei aufeinanderfolgenden Schritten die beiden Leserahmen für die schwere Kette bzw. für die leichte Kette des Anti-αTF-Antikörpers jeweils inklusive einer Signalsequenz kloniert.

[0122] Dazu wurde wie folgt vorgegangen:

[0123] Das DNS-Fragment mit der SEQ ID No. 14 (schwere Kette) wurde mittels Gensynthese hergestellt und umfasst eine Genfusion bestehend aus der Signalsequenz des ompA-Gens von E. coli und dem Leserahmen für die schwere Kette des Anti-αTF-Antikörpers. Dieses DNS-Fragment wurde zunächst mit den Restriktionsenzymen EcoRI und Pstl geschnitten und mit dem Expressionsvektor pJF118ut, der mit denselben Restriktionsenzymen geschnitten worden war, ligiert. Das aus dieser Klonierung resultierende Plasmid, bei dem die Expression des Gens für die schwere Kette unter der Kontrolle des tac-Promotors liegt, wurde mit pHC-Anti-TF bezeichnet (Fig. 8)

[0124] Das DNS-Fragment mit der SEQ ID No. 15 (leichte Kette) wurde ebenfalls mittels Gensynthese hergestellt und umfasst eine Genfusion bestehend aus der Signalsequenz einer CGTase (SEQ ID No. 3) und dem Leserahmen für die leichte Kette des Anti-αTF-Antikörpers. Dieses DNS-Fragment wurde zunächst mit dem Restriktionsenzym Pstl geschnitten und anschließend mit dem Vektor pHC-Anti-TF, der mit demselben Restriktionsenzym geschnittenen worden war, ligiert. Das daraus resultierende Plasmid wurde mit pAK-Anti-TF (Fig. 9) bezeichnet. Auf diese Weise wurde ein artifizielles Operon bestehend aus den jeweiligen Leserahmen für die schwere und die leichte Kette erzeugt, welches unter der Kontrolle des tac-Promotors steht. Damit ist durch Zugabe,eines Induktors (z. B. IPTG) eine synchrone Expression der beiden Gene möglich.

[0125] Für die Herstellung des Anti-αTF-Antikörpers wurden die Stämme W3110Δlpp, W3110lpp1 und W3110lpp3 jeweils mit dem Plasmid pAK-Anti-TF mit der CaCl2-Methode transformiert. Die Selektion auf plasmidhaltige Zellen erfolgte mittels Ampicillin (100 mg/l).

[0126] Die Produktion des Anti-αTF-Antikörpers im 10 1-Maßstab erfolgte analog dem in Beispiel 4 beschriebenen Verfahren mit den Stämmen W3110Δlpp/pAK-Anti-TF, W3110lpp1/pAK-Anti-TF und W3110lpp3/pAK-Anti-TF. Nach 72 h Fermentation wurden Proben entnommen und anschließend die Zellen durch Zentrifugation vom Fermentationsmedium abgetrennt.

[0127] Die Quantifizierung des in das Fermentationsmedium sekretierten Anti-αTF-Antikörpers erfolgte über eine Aktivitäts-Bestimmung mit einem ELISA-Test mit löslichem Tissue factor als Antigen (Coating) und einem Peroxidase-konjugierten goat Anti-human F(ab')2-Fragment als sekundärem Antikörper wie in Simmons et al. (2002, J. Immunol. Methods 263, 133 - 47) beschrieben.

[0128] In Tabelle 4 sind die auf diese Weise bestimmten Ausbeuten an funktionellem Anti-αTF-Antikörper aufgelistet.
Tabelle 4: Anti-αTF-Antikörper-Ausbeuten im Ferm entationsüberstand nach 72 h Fermentation
StammAnti-αTF-Antikörper [mg/l]
W3110Δlpp/pAK-Anti-TF 580
W3110lpp1/pAK-Anti-TF 600
W3110lpp3/pAK-Anti-TF 650

SEQUENZPROTOKOLL



[0129] 

<110> Consortium fuer elektrochemische Industrie GmbH

<120> Verfahren zur fermentativen Herstellung von Proteinen

<130> Co10620

<140>
<141>

<160> 15

<170> PatentIn Vers. 2.0

<210> 1
<211> 237
<212> DNA
<213> Escherichia coli

<220>
<221> gene
<222> (1) .. (237)
<223> lpp-Wildtypgen

<400> 1

<210> 2
<211> 78
<212> PRT
<213> Escherichia coli

<220>
<221> SIGNAL
<222> (1) .. (20)
<223> Lpp-Signalpeptid

<220>
<221> PEPTIDE
<222> (21) .. (78)
<223> Aminosäure-Sequenz des prozessierten Lpp-Proteins

<400> 2

<210> 3
<211> 90
<212> DNA
<213> Klebsiella pneumoniae

<220>
<223> CGTase-Signalsequenz

<400> 3

<210> 4
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> Oligonukleotid lpp1

<400> 4

<210> 5
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> Oligonukleotid lpp2

<400> 5

<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> Oligonukleotid pykF

<400> 6
ctcgcgcagt acgtaaatac ttc   23

<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> Oligonukleotid ynhG2

<400> 7
cgtctttgct tacactcacg c   21

<210> 8
<211> 452
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das lpp1-Allel enthaelt

<220>
<221> allele
<222> (9) .. (245)
<223> Leserahmen des lpp1-Allels

<220>
<221> mutation
<222> (236)
<223> Basensubstitution (C zu T) im lpp1-Allel

<400> 8

<210> 9
<211> 455
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das lpp3-Allel enthaelt

<220>
<221> mutation

<222> (251)
<223> Basensubstitution (G zu A) im lpp3-Allel

<400> 9

<210> 10
<211> 2065
<212> DNA
<213> Klebsiella pneumoniae

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das CGTase-Gen enthaelt

<220>
<221> sig_peptide
<222> (4)..(93)
<223> Signalsequenz des CGTase-Gens

<220>
<221> allele
<222> (94)..(1971)
<223> CGTase-Strukturgen

<400> 10



<210> 11
<211> 652
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das Interferon alpha2b-Gen enthaelt

<220>
<221> sig_peptide
<222> (29)..(113)
<223> CGTase-Signalpeptid

<220>
<221> allele
<222> (114)..(611)
<223> Interferon alpha2b-Gen

<400> 11

<210> 12
<211> 769
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das Gen der schweren Kette des Anti-Lysozym-Fab-Fragments enthaelt

<220>
<221> sig_peptide
<222> (24)..(86)
<223> ompA-Signalsequenz

<220>
<221> allele
<222> (87)..(758)
<223> Gen der schweren Kette des Anti-Lysozym-Fab-Fragments inkl. His-Tag (738-755)

<400> 12

<210> 13
<211> 768
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das Gen der leichten Kette des Anti-Lysozym-Fab-Fragments enthaelt

<220>
<221> sig_peptide
<222> (26)..(115)
<223> CGTase-Signalsequenz

<220>
<221> allele
<222> (116)..(757)
<223> Gen der leichten Kette des Anti-Lysozym-Fab-Fragments

<400> 13

<210> 14
<211> 1441
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das Gen fuer die schwere Kette des Anti-TF-Antikoerpers enthaelt

<220>
<221> sig_peptide
<222> (24) .. (86)
<223> ompA-Signalsequenz

<220>
<221> allele
<222> (87)..(1430)
<223> Gen der schweren Kette des Anti-TF-Antikoerpers

<400> 14



<210> 15
<211> 771
<212> DNA
<213> Artificial Sequence

<220>
<223> DNS-Molekuel, welches das Gen fuer die leichte Kette des Anti-TF-Antikoerpers enthaelt

<220>
<221> sig_peptide
<222> (26)..(115)
<223> CGTase-Signalsequenz

<220>
<221> allele
<222> (116)..(760)
<223> Gen der leichten Kette des Anti-TF-Antikoerpers

<400> 15




Ansprüche

1. Verfahren zur Produktion eines heterologen Proteins mittels eines E. coli-Stammes in einem Fermentationsmedium, bei dem ein E. coli-Stamm, welcher eine Mutation im lpp-Gen oder im Promotorbereich des lpp-Gens aufweist und ein Gen kodierend für ein heterologes Protein, welches mit einer Signalsequenz kodierend für ein Signalpeptid funktionell verknüpft ist, enthält, in technischem Maßstab in dem Fermentationsmedium fermentiert wird, wobei der E. coli-Stamm das heterologe Protein in das Fermentationsmedium ausscheidet und das Protein vom Fermentationsmedium abgetrennt wird, dadurch gekennzeichnet, dass die Fermentation in einem Fermenter mit einem Volumen von mehr als 5 l erfolgt und das heterologe Protein ein eukaryotisches Protein ist und aus mehr als 100 AS besteht und ein Antikörperfragment ist und dass die Mutation im lpp-Gen eine Substitution, eine Deletion oder eine Insertion eines oder mehrerer Nukleotide im lpp-Gen oder im Promotorbereich des lpp-Gens ist, welche dazu führt, dass das lpp- Gen nicht mehr oder nur noch vermindert exprimiert wird, oder die zu einer veränderten Aminosäuresequenz des Lpp-Proteins führt, welche mit einer Verminderung der Funktionalität des Lpp-Proteins einhergeht und das Antikörperfragment in technischem Maßstab in einer extrazellulären Ausbeute von mehr als 1g/l hergestellt wird.
 
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass die Mutation im lpp-Gen, einen Austausch des Arginin-Rests an Position 77 von SEQ ID No. 2 gegen einen Cystein-Rest (lpp1 Mutanten) bewirkt oder einen Austausch des Glycin-Rests an Position 14 von SEQ ID No. 2 gegen einen Asparaginsäure-Rest (lpp3 Mutanten) bewirkt oder aufgrund einer Deletion mindestens eines Nukleotids im lpp-Gen selbst oder in der Promotorregion des lpp-Gens dazu führt, dass die Zellen eine erhöhte Leakiness für periplasmatische Proteine aufweisen.
 
3. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, dass das Gen kodierend für ein Signalpeptid ausgewählt ist aus der Gruppe der Gene kodierend für die Signalsequenz des phoA- oder ompA-Gens von E. coli, oder die Signalsequenz mit SEQ ID No. 3.
 
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass ein Fermentationsmedium, welches Ca2+-Ionen in einer Konzentration größer 4 mg/l, oder Mg2+-Ionen in einer Konzentration größer 48 mg/l, oder das Ca2+- und Mg2+-Ionen in den genannten Konzentrationen enthält, eingesetzt wird.
 
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass es sich um ein Minimalsalzmedium handelt.
 
6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass die Fermentation über einen Zeitraum von 24 - 72 h erfolgt.
 


Claims

1. Process for producing a heterologous protein by means of an E. coli strain in a fermentation medium, in which an E. coli strain which has a mutation in the lpp gene or in the promoter region of the lpp gene, and contains a gene coding for a heterologous protein which is functionally linked to a signal sequence coding for a signal peptide, is fermented on an industrial scale in the fermentation medium, wherein the E. coli strain secretes the heterologous protein into the fermentation medium and the protein is removed from the fermentation medium, characterized in that the fermentation is effected in a fermenter with a volume of more than 5 1 and the heterologous protein is a eukaryotic protein and consists of more than 100 AAs and is an antibody fragment and in that the mutation in the lpp gene is a substitution, a deletion or an insertion of one or more nucleotides in the lpp gene or in the promoter region of the lpp gene, leading to the lpp gene no longer being expressed or being expressed to only a reduced extent, or leading to an altered amino acid sequence of the Lpp protein which is associated with a reduction in the functionality of the Lpp protein, and the antibody fragment is produced on an industrial scale in an extracellular yield of more than 1 g/l.
 
2. Process according to Claim 1, characterized in that the mutation in the lpp gene brings about a replacement of the arginine residue at position 77 of SEQ ID No. 2 by a cysteine residue (lpp1 mutants) or brings about a replacement of the glycine residue at position 14 of SEQ ID No. 2 by an aspartic acid residue (lpp3 mutants) or, owing to a deletion of at least one nucleotide in the lpp gene itself or in the promotor region of the lpp gene, leads to the cells exhibiting an increased leakiness for periplasmic proteins.
 
3. Process according to either of Claims 1 and 2, characterized in that the gene coding for a signal peptide is selected from the group of genes coding for the signal sequence of the phoA or ompA gene of E. coli, or the signal sequence having SEQ ID No. 3.
 
4. Process according to any of Claims 1 to 3, characterized in that a fermentation medium which comprises Ca2+ ions in a concentration of more than 4 mg/l, or Mg2+ ions in a concentration of more than 48 mg/l, or the Ca2+ and Mg2+ ions in the stated concentrations, is employed.
 
5. Process according to any of Claims 1 to 3, characterized in that a minimal salt medium is involved.
 
6. Process according to any of Claims 1 to 4, characterized in that the fermentation takes place over a period of 24 - 72 h.
 


Revendications

1. Procédé pour la production d'une protéine hétérologue au moyen d'une souche d'E. coli dans un milieu de fermentation dans lequel une souche d'E. coli, qui présente une mutation dans le gène lpp ou dans la zone du promoteur du gène lpp et qui contient un gène codant pour une protéine hétérologue, qui est lié de manière fonctionnelle à une séquence signal codant pour un peptide signal, subit à l'échelle industrielle une fermentation dans le milieu de fermentation, la souche d'E. coli sécrétant la protéine hétérologue dans le milieu de fermentation, et la protéine étant séparée du milieu de fermentation, caractérisé en ce que la fermentation s'effectue dans un fermenteur présentant un volume supérieur à 5 1 et la protéine hétérologue est une protéine eucaryote et est constituée de plus de 100 As et est un fragment d'anticorps, et en ce que la mutation dans le gène lpp est une substitution, une délétion ou une insertion d'un ou de plusieurs nucléotides dans le gène lpp ou dans la zone du promoteur du gène lpp, qui fait que le gène lpp n'est plus exprimé ou seulement de manière réduite, ou qui conduit à une séquence d'acides aminés modifiée de la protéine Lpp, qui va de paire avec une diminution de la fonctionnalité de la protéine Lpp, et le fragment d'anticorps est préparé à l'échelle industrielle avec un rendement extracellulaire supérieur à 1g/l.
 
2. Procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce que la mutation dans le gène lpp provoque un remplacement du résidu arginine en position 77 de la séquence SEQ ID No. 2 par un résidu cystéine (mutants Lpp1) ou un remplacement du résidu glycine en position 14 de la séquence SEQ ID No. 2 par un résidu acide aspartique (mutants Lpp3) ou, en raison d'une délétion d'an moins un nucléotide dans le gène Lpp proprement dit ou dans la région promotrice du gène Lpp, a pour conséquence que les cellules présentent une fuite accrue de protéines périplasmiques.
 
3. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que le gène codant pour un peptide signal est choisi dans le groupe des gènes codant pour la séquence signal du gène phoA ou ompA d'E. coli, ou la séquence de signal de séquence SEQ ID No. 3.
 
4. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce qu'on utilise un milieu de fermentation qui contient des ions Ca2+ en une concentration supérieure à 4 mg/l, ou des ions Mg2+ en une concentration supérieure à 48 mg/l, ou des ions Ca2+ et Mg2+ aux concentrations indiquées.
 
5. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un milieu à teneur minimale en sel.
 
6. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que la fermentation est réalisée sur un laps de temps de 24-72 h.
 




Zeichnung
































Angeführte Verweise

IN DER BESCHREIBUNG AUFGEFÜHRTE DOKUMENTE



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In der Beschreibung aufgeführte Patentdokumente




In der Beschreibung aufgeführte Nicht-Patentliteratur