DOMAINE TECHNIQUE DE L'INVENTION
[0001] Microbiologie appliquée à l'agronomie. L'homme de métier, sans nécessairement être
microbiologiste, sera attentif à la conservation et la survie d'inocula microbiens
destinés à la biofertilisation et/ou au bio-contrôle des cultures viticoles, arboricoles
et des grandes cultures. Il est-aussi question de formulation et le conditionnement
de préparations bactériennes non sporulantes et/ou particulièrement sujettes à dégradation
dans le temps.
ÉTAT DE LA TECHNIQUE ET PROBLÉMATIQUE
Formulation et application d'inocula bactériens par pulvérisation liquide
[0002] Les BFCP (bactéries favorisant la croissance des plantes) colonisent, outre les racines
de certaines cultures, les résidus de cultures, les engrais organo-minéraux et/ou
les biomasses racinaires résiduelles. Les modes d'action comprennent : (i) la production
de sidérophores extracellulaires, (ii) l'antibiose contre des bactéries et des champignons
pathogènes, (iii) la production de
phytohormones (
eg. auxines), et iv) la solubilisation des phosphates organiques et inorganiques. Or,
les BFCP appartiennent à plusieurs genres, y compris
Agrobacterium, Alcaligenes, Arthrobacter, Azotobacter, Bacillus, Cellulomonas, Erwinia,
Flavobacterium, Pseudomonas, (Brady)rhizobium, Xanthomonas et Stenotrophomonas.
[0003] L'application de telles BFCP par pulvérisation liquides, au feuillage ou encore au
résidus de culture pailleux au sol, est recherchée en agronomie. Elle implique généralement
la re-suspension d'un inoculum, solide ou liquide, en milieux aqueux et ainsi la formation
d'une "bouillie" directement dans le bac (
in baco) du pulvérisateur. Lorsque appliquées aux feuillages, de telles préparations auront
à affronter des stresses osmotiques du fait de la coprésence de sels fertilisants
et/ou de haut taux d'évapotranspiration. En effet, l'évaporation de la solution aqueuse
ainsi apportée aux feuillages concentrerant les sels, de tels stresses osmotiques
peuvent ainsi détruire ces populations bactériennes, du moins si elles ne sont pas
suffisamment osmotolérantes.
[0004] De plus, dans la phyllosphère (feuillage), la disponibilité de sucres métabolisables
par des bactéries, notamment diazotrophes, est faible, de l'ordre des kg par hectare
(Murty
et al. 1984, Johan
et al. 2001). Pour complémenter en substrats glucidiques une activité bactérienne diazotrophe
il faudrait apporter plusieurs centaines de kg de sucres pour réduire au plus une
vingtaine de kg-N par hectare. Il serait plus opportun d'apporter à un inoculum bactérien
foliaire un
agent azoto-nutritionnel (ANN) - tel qu'un sel d'acide glutamique favorisant l'entrée de l'azote provenant
de la dissolution de sels fertilisants dans le cycle de synthèse des protéines (
EP10366001.5). De telles BFCP devront elles aussi affronter des stresses osmotiques bactéricides
et/ou bacteriostatiques.
Osmotolérance induite et halophilie constitutive
[0005] Des osmotolérances à l'égard de ~500 mOSM sont généralement requises pour les BFCP
destinées aux applications foliaires (Bonaterrea
et al. 2005, 2007) ; l'osmolarité de la solution du sol est elle ~50 mOSM (Miller et Wood
1996). La richesse et la diversité bactérienne de la phyllosphère étant limitée (
supra), la plupart de BFCP candidates viennent donc des sols, et ne seront donc pas
a priori très halophiles, bien que potentiellement osmotolérantes une fois induites.
[0006] Nous devons donc faire ici une distinction entre
halophilie constitutive et
osmotolérance induite. Pour faire simple disons que les bactéries halophiles
le sont, tandis que les bactéries osmotolérantes
le deviennent. Puisque bon nombre de BFCP ne sont pas foncièrement halophiles (
eg. Pseudomonas, Azotobacter, etc.), c'est l'induction de leurs osmotolérances qui sera ici la plus utile. En effet,
les enzymes de bactéries halophiles non seulement résistent à mais exigent de fortes
osmolarités (Sleator et Hill 2000, Goldman
et al. 1990). Elles abritent de nombreuses charges négatives à leurs surfaces dont la répulsion
mutuelle entraîne la dénaturation de l'enzyme à des osmolarités environnement plus
habituelles de l'ordre de 500 mM ; l'accumulation cytolytique extraordinaire de cations
peut ainsi, en neutralisant ces charges répulsives, préserver le fonctionnement du
cytosol. L'halophilie constitutive de certaines BFCP exige donc des concentrations
cationiques au delà de celles normalement mesurée in situ dans les sols, voire même
la phyllosphère. Mieux faut donc parier sur l'osmotolérance induite de BFCP que moyennement
halophiles.
[0007] L'osmotolérance bactérienne est connue (Tableau 1). Il existe deux type de valeurs
osmolaires ; (i) celles choisies
a priori, et (ii) celles établies
a posteriori sur la base d'un indice de survie (
eg. IC50) ou de croissance (
eg. MIC ; Purvis
et al. 2005). Ces deux types de valeurs concordent, une valeur moyenne représentative capable
d'induire l'accumulation d'osmolytes compatibles étant de ~500 mOSM. A noter que cette
mOSM est 10 à 12 fois plus élevée que celle dans la solution du sol, soit d'environ
50 mOSM (Miller et Wood 1996).. Ces seuils critiques ~500 mOSM ne sont pas nécessairement
bactéricides en soi, mais simplement capable d'induire une suraccumulation - par synthèse
de novo et/ou prélèvement extracellulaire, d'
osmolytes compatibles. De plus, les délais d'induction de la production d'osmolytes compatibles
sont courts, de l'ordre de quelques à plusieurs heures (Tableau 2).
Tableau 1 : Milli-osmolarité (mOSM ; mmol / L) utilisées par divers expérimentateurs pour induire
activement et/ou constater l'osmotolérance de diverses bactéries et/ou BFCP.
milli-osmolarité (mOSM) |
soluté |
microorganism |
commentaires |
référence |
324 |
NaCl |
Synechocystes |
induction expérimental |
Hagemann et Erdmann 1994 |
648 |
NaCl |
Synechocystes |
induction expérimental |
Hagemann et Erdmann 1994 |
1296 |
Sucrose |
Synechocystes |
induction expérimental |
Hagemann et Erdmann 1994 |
512 |
NaCl |
Synechocystes |
induction expérimental |
Klähn et al. 2010 |
450 |
NaCl |
Synechocystes |
induction expérimental |
Ferjanni et al.2003 |
385 |
NaCl |
Stenotrophomonas rhizophilia |
induction expérimental |
Hagemann et al. 2008 |
512 |
NaCl |
Stenotrophomonas rhizophilia |
induction expérimental |
Wolf et al. 2002 |
500 |
NaCl |
Azotobacter |
induction expérimental |
Madkour et al. 1990 |
500 |
NaCl |
Azospirillum |
induction expérimental |
Madkour et al 1990 |
128 |
NaCl |
Pseudomonas syringae |
induction expérimental |
Kurz et al. 2010 |
256 |
NaCl |
Pseudomonas syringae |
induction expérimental |
Kurz et al. 2010 |
385 |
NaCl |
Pseudomonas syringae |
induction expérimental |
Kurz et al. 2010 |
500 |
NaCl |
Klebsiella |
induction expérimental |
Madkour et al. 1990 |
500 |
NaCl |
Erwina chrysanthemi |
induction expérimental |
Gouesbet et al. 1996 |
500 |
NaCl |
Erwina chrysanthemi |
induction expérimental |
Goude et al. 2004 |
205 |
KCl |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
291 |
KH2PO4 |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
182 |
NaCl |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
325 |
Arabinose |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
314 |
Glucose |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
324 |
Mannose |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
141 |
Xylose |
E. coli |
constaté selon IC50 |
Purvis et al. 2005 |
|
|
|
|
|
469 |
KCI |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
496 |
KH2PO4 |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
463 |
NaCl |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
386 |
Arabinose |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
488 |
Glucose |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
469 |
Mannose |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
164 |
Xylose |
E. coli |
constaté selon MIC |
Purvis et al. 2005 |
|
|
|
|
|
430 |
na |
na |
MOYENNE |
na |
~ 50 |
sels divers |
microflore du sol |
condition in pedo |
Miller et Wood 1996 |
TABLEAU 2 : Temps (délais) d'induction de la production d'
osmolytes compatibles chez diverses bactéries
temps d'incubation |
délais d'induction |
milli-osmolarité (mOSM) |
soluté |
osmolyte prédominant |
microorganism |
référence |
120 minutes |
4 à 5 minutes |
324 |
NaCl |
glucosyl-glycérol (GG) |
Synechocystes |
Hagemann et Erdmann 1994 |
120 minutes |
4 à 5 minutes |
648 |
NaCl |
glucosyl-glycérol (GG) |
Synechocystes |
Hagemann et Erdmann 1994 |
120 minutes |
4 à 5 minutes |
1296 |
Sucrose |
glucosyl-glycérol (GG) |
Synechocystes |
Hagemann et Erdmann 1994 |
12 heures |
1 heure |
512 |
NaCl |
glucosyl-glycérol (GG) |
Synechocystes |
Klähn et al. 2010 |
72 heures |
10 heures |
450 |
NaCl |
glucosyl-glycérol (GG) |
Synechocystes |
Ferjanni et al. 2003 |
|
|
|
|
|
|
|
32 heures |
4 heures |
385 |
NaCl |
glucosyl-glycérol (GG) |
Stenotrophomonas rhizophilia |
Hagemann et al. 2008 |
selon API ? |
selon API ? |
512 |
NaCl |
glucosyl-glycérol (GG) |
Stenotrophomonas rhizophilia |
Wolf et al. 2002 |
|
|
|
|
|
|
|
18 heures |
(18 heures ?) |
500 |
NaCl |
tréhalose (TRE) |
Azotobacter |
Madkour et al. 1990 |
18 heures |
(18 heures ?) |
500 |
NaCl |
proline (PRO), glutamate (GLU) |
Klebsiella |
Madkour et al. 1990 |
30 heures |
(30 heures ?) |
500 |
NaCl |
proline (PRO), glutamate (GLU) |
Azospirillum |
Madkour et al. 1990 |
|
|
|
|
|
|
|
72 heures |
(72 heures ?) |
128 |
NaCl |
NAGGN |
Pseudomonas syringae |
Kurz et al. 2010 |
72 heures |
(72 heures ?) |
256 |
NaCl |
NAGGN |
Pseudomonas syringae |
Kurz et al. 2010 |
72 heures |
(72 heures ?) |
385 |
NaCl |
NAGGN |
Pseudomonas syringae |
Kurz et al. 2010 |
|
|
|
|
|
|
|
15 heures |
5 heures |
500 |
NaCl |
divers (PRO, bétaine, ectoine, etc.) |
Erwina chrysanthemi |
Gouesbet et al. 1996 |
28 heures |
1 à 25 heures |
500 |
NaCl |
glucosyl-glycérate (GGate) |
Erwina chrysanthemi |
Goude et al. 2004 |
|
|
|
|
|
|
|
30 heures |
5-10 heures |
205 |
KCI |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
291 |
KH2PO4 |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
182 |
NaCl |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
325 |
Arabinose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
314 |
Glucose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
324 |
Mannose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
141 |
Xylose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
|
|
|
|
|
|
|
30 heures |
5-10 heures |
469 |
KCI |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
496 |
KH2PO4 |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
463 |
NaCl |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
386 |
Arabinose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
488 |
Glucose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
469 |
Mannose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
30 heures |
5-10 heures |
164 |
Xylose |
tréhalose (TRE) |
E. coli |
Purvis et al. 2005 |
[0008] Or, ces accumulations d'osmolytes compatibles s'accomplissent toujours en pleine
croissance des populations bactériennes, voire le plus souvent en fin de phase de
croissance exponentielle ; on parle ici d'
induction dynamique de l'osmotolérance. Il ne s'agit donc pas d'acclimatation, mais bien de conditionnement
métabolique. L'osmotolérance induite demeure donc aux yeux de l'homme du métier un
phénomène essentiellement lié à la croissance en milieux de culture.
[0009] Pourtant, l'
induction statique de l'osmotolérance existe et peut contribuer à rendre plus résistantes les biomasses
bactériennes pulvérisables. En effet, les travaux de Cayley
et al. (1991, 2000) indiquent qu'un phénomène d'
encombrement moléculaire (
molecular crowding ; Ellis 2001, Spitzer 2011) dans les cytosol de bactéries osmo-stressées résulte
d'un volume cellulaire (Vc uL / mg de protéine) plus petit ; les interactions protéines:ADN
sont donc favorisées et contrefont d'éventuels effets néfastes liés à une surconcentration
cationique. Cela dit, l'encombrement moléculaire à hautes pressions osmotiques environnantes
n'est pas explicitement valorisé en agronomie, mais ne sert qu'à expliquer le métabolisme
soutenue de certaines bactéries malgré de telles pressions osmotiques environnantes
(Ellis 2001, Zimmermann et Trach 1991, Spitzer 2011).
DIVULGATION DE L'INVENTION
Problème technique aperçu
[0010] La phyllosphère - du fait d'une évapotranspiration importante favorisant l'accumulation
de sels résiduels, est un environnement plutôt
osmogène ; de tels stress osmotiques sont généralement suffisants pour nuire au ou arrêter
le fonctionnement desdites BFCP, y comprises celles provenant des sols. Ces stresses
osmotiques sont d'autant plus nuisibles si un sel fertilisant est apporté conjointement
au feuillage.
[0011] Or, en réponse à ces stresses osmotiques il eut été possible en principe de simplement
apporter aux feuillages des bactéries expressément et foncièrement
osmotolérantes, voire halophiles. Or, des bactéries halophiles, en raison de leurs adaptation à
des environnement très osmogènes, nécessitent des potentiels hydriques et des pression
osmotique environnant peu compatibles avec le fonctionnement habituel de BFCP, voire
des phyllosphères qu'elles doivent habiter. Les populations bactériennes osmotolérantes,
et donc ici que moyennement halophiles, doivent elles être induites à l'être lors
de leurs croissance. De plus, cette osmotolérance une fois induite n'est pas nécessairement
constitutive, et un certain délai une fois le stress osmotique
in folio (i.e. sur/dans le feuillage) perçue par les bactéries. Or entre temps, ledit stress
osmotique, particulièrement important lors de l'évaporation de la solution aqueuse
peut lui s'avérer franchement bactéricide. Il faut donc recourir à une induction post-croissance
afin de maximiser, ou même assurer
in folio la survie desdites BFCP en présences de sels fertilisants NP.
[0012] Cela dit, les BFCP ainsi les plus osmotolérantes ont aussi des volumes cellulaires
(Vc ; uL/mg de protéine bactérienne) réduits en raison d'un certain encombrement moléculaire.
Or, ces bactéries, en raison de ces Vc
comprimés sont ainsi d'autant plus sujettes à des stresses
hypo - osmotiques, notamment si elles doivent être immergées
in baco dans des bouillies pulvérisables d'osmolarités quelconques.
[0013] L'osmotolérance acquise par induction dynamique via l'imposition d'une osmolarité
quelconque lors de la croissance des bactéries (
osmolarité de croissance ; OSMc) devrait dicter l'
osmolarité de plasmolyse (OSMp) en dessous de laquelle lesdites bactéries
exploseront en raison d'une trop forte pression intracellulaire (π
i). C'est cet ajustement OSMc ≈ OSMp qui n'est pas à ce jour explicitement pris en
compte par l'homme du métier car il implique le plus souvent la formation d'une
pré - bouillie, in baco, plus concentrée
a priori perçue comme doublement préjudiciable à la survie desdites bactéries.
Solution technique proposée
[0014] La solution technique consiste à ajuster, précisément, l'osmolarité de la bouillie,
in baco, en fonction de l'osmolarité de croissance (OSMc) à la quelle les bactéries ont été
produites. Cela implique la formation, transitoire sur une période, par exemple, de
8 à 12 heures, d'une pré - bouillie le plus souvent
plus concentrée que la bouillie pulvérisable ; il fallut donc prévoir et jauger la dilution
de cette pré - bouillie "sur - concentrée", en sorte, afin de respecter une OSMp calculée
qu'il faut donc explicitement respecter. La solution technique proposée consiste donc
à placer des BFCP, avantageusement chitinolytiques et/ou fongistatiques, au sein de
pré - bouillies dont l'osmolarité préétablie aux environs d'un certain seuil critique,
ici et à titre d'exemple le plus avantageux ~500 mOSM, induira une osmotolérance acquise
lors de la croissance de ces populations bactériennes.
[0015] Cette solution technique implique la mise en contacte directe au sein de ladite pré
- bouillie desdites BFCP et de sels fertilisants, mise en contacte sels/bactéries
pourtant contraire aux habitudes de l'homme de métiers, d'autant plus que ces pré
- bouilles sont expressément sur - concentrées, ou plus exactement sous - diluées
(
infra). Le coeur de l'invention est donc une certaine « pré - bouillie »
in baco concentrant transitoirement les sels fertilisants normalement présents dans la bouillie
pulvérisable finale par un certain facteur de concentration selon le poids moléculaire
des principaux constituants, avantageusement des sels azotée et/ou de agents azoto-nutritionnels,
la concentration de ces constituants, la dose-hectare, ainsi que le volume pulvérisable
finalement préconisé. Or, ce volume final de la bouille sera lui aussi précisé en
fonction le l'osmolarité de croissance (OSMc) desdites populations bactériennes.
[0016] Concrètement, il s'agit d'un procédé de préparation de bouillies inoculantes pulvérisables
comprenant des populations bactériennes osmotolérantes caractérisé en ce que les bouillies
sont réalisées en deux temps ; (i) création dans un premier temps de pré - bouillies
plus concentrées en sels fertilisants que les susdites bouillies par un facteur de
concentration permettant d'atteindre une milliosmolarité (mOSM) critique responsable
de l'induction statique de l'osmotolérance des susdites populations bactériennes
a priori osmotolérantes, et (ii) abolition dans une deuxième temps et après une certaine période
d'induction statique de ce facteur de concentration par dilution des pré-bouillies
jusqu'à un volume correspondant au volume préconisé pour de telles bouillies pulvérisables
contenant des populations bactériennes osmotolérantes. Les populations bactériennes
sont constituées d'espèces bactériennes Gram négatives (Gram
-) et/ou Gram positives (Gram
+).
[0017] La période d'
induction statique est comprise entre 6 et 24 heures, plus particulièrement entre 8 et 18 heures, et
plus usuellement d'environs 12 heures.
[0018] La milliosmolarité (mOSM) critique de la pré - bouillie concentrée est comprise entre
330 et 1 250, et avantageusement aux alentours de 500. À titre illustratif, les volumes
(L) de telles pré - bouillies permettant d'assurer mOSM d'approximativement 500 mM,
facteur d'induction statique de l'osmotolérance des bactéries osmotolérantes concernées,
sont présentés au Tableau 4.
[0019] La dilution desdites pré - bouillies est effectuée par l'apport d'un volume aqueux
fonction de la dose hectare (L/ha) du produit, du poids moléculaire des sels fertilisants
le constituant (g/mole), et leurs concentrations dans le produit (g-sel/L) respectant
une mOSM minimale de la bouillie fonction de l'osmolarité de croissance (OSMc) appliquée
lors production des populations bactériennes en milieux liquides et/ou solide. La
mOSM minimale fonction de l'osmolarité de croissance (OSMc) appliquée lors production
des populations bactériennes en milieux liquides et/ou solide est elle fonction de
l'osmolarité de plasmolyse (OSMp) de ces populations bactériennes. Enfin, l'osmolarité
de plasmolyse (OSMp) de ces populations bactériennes est elle donnée par la le paramètre
α
2 (mOSM) de la relation décrivant le volume cellulaire, V
c (uL/mg de protéine bactérienne), desdites bactéries en fonction d'OSMPp, à savoir
[V
c = α1 / (OSMp + α2) + Vc,min,] où V
c,min et le volume cellulaire minimal atteint en fonction d'OSMp et α
1 est un autre paramètre empirique (uL/mg de protéine bactérienne).
[0020] Les populations bactériennes
a priori osmotolérantes sont produites par fermentation liquide ou solide de milli-osmolarités
de croissance (OSMc) comprises entre 50 et 1 000, plus particulièrement entre 200
et 800, et avantageusement entre 300 et 600. Le facteur de concentration à abolir
est lui compris entre 3,8 et 113 et cela selon la concentration (g-sel/L) des sels
fertilisant, le poids moléculaire (PM) de ceux-ci et la quantité de produit préconisé
par hectare (i.e. dose-hectare en g, Kg ou L par hectare), voire - le cas échéant,
l'osmolarité de la fraction soluble de la formulation solide et/ou liquide, de ladite
préparation bactérienne. La milli-osmolarité (mOSM) de la bouillie une fois ledit
facteur de concentration aboli par dilution aqueuse ne doit pas elle être inférieure
à des valeurs comprises entre 175 et 360, plus avantageusement entre 190 et 330, notamment
dans le cas de bactéries produites en présence d'OSMc (omolarités de croissance) les
plus élevées, soit ici de l'ordre de 1,00.
[0021] Les populations bactériennes sont avantageusement chitinolytiques, et/ou proviennent
de familles taxonomiques choisies parmi un groupe comprenant les
Xanthomonadaceae et les
Pseudomonadaceae, voire du genre
Stenotrophomonas. Ces populations bactériennes
a priori osmotolérantes produisent comme osmolyte compatible du glucosyl-glycérol (GG) et/ou
du glucosyl-glycerate (GGate). A titre d'exemple,
Stenotrophomonas maltophilia (Crossman
et al. 2008), précédemment Pseudomomonas
maltophilia et/ou
Xanthomonas maltophilia est ubiquitaire dans les sols, et taxonomiquement proche des
Azotobacteracea. De nombreuses espèces ont été répertoriées ;
S. terrea, S. humi, S. rhizophilia, S. dokdonesis, etc. (Hagemann
et al. 2008, Wolf
et al. 2002, Heylen
et al. 2007, Yoon
et al.2008). Parce que certaines espèces de sont chitinolytiques (Metcalfe
et al. 2002a, 2002b ; Kobayashi
et al. 2002),
Stenotrophomonas est parfois préconisée pour le biocontrôle de maladies fongiques foliaires
Poaceae causées par
Rhizoctonia solani (Giesler et Yuen 1998), ou encore
Magnaprothe poae (Kobayashi
et al. 1995). Or, l'efficacité de telles applications n'est pas très bonne du fait d'osmotolérances
insuffisantes. Pourtant, certaines
Stenotrophomonas peuvent être
induites à produire un
osmolyte compatible ; le glycosyl glycérol (Marin
et al. 2002) voire d'autres osmolytes.
Principaux avantages, et activité inventive
[0022] L'invention permet de mieux réconcilier l'application foliaire de sels fertilisants
et BFCP, et donc du coup fertilisation foliaire et régie phytosanitaire des cultures,
et cela sans surcharge de travail pour l'utilisateur puisque les deux opérations peuvent
être combinées en une seule.
[0023] Cette (sur)concentration de sels combinée à des préparations bactériennes est toute
sauf évidente pour l'homme du métier. La hauteur inventive de cette solution technique
est donc appréciable dans la préconisation d'une « pré - bouillie »
in baco, sur-concentrée en sorte par rapport à la bouillie pulvérisable
in fine. Pour le microbiologiste, mais non pour l'agronome et/ou l'agriculteur, cette sur-concentration
peut effectivement induire une certaine osmotolérance des BFCP ; une fois cette induction
terminée le facteur de concentration est aboli lors du rétablissement du volume préconisé
pour la bouillie pulvérisable. L'homme du métier ne peut pas cependant concevoir qu'une
telle exposition à un quelconque stress en soi bien supérieur à l'osmolarité du sol
- soit généralement de l'ordre de 50 mOSM (Miller et Wood 1996), puisse être recherchée
et/ou comporter en soi un avantage technique en agronomie. Il cherchera plutôt à préserver
au maximum la survie de ces microorganismes jusqu'à leurs application au champ ; cette
préservation doit donc à ses yeux exclure au tant que possible un tel stress osmotique.
BREVE DESCRIPTION DES DESSINS ET FIGURES
[0024]
- Figure 1 :
- Les coefficients exponentiels de mortalités en fonction de la durée de conditions
propices au dessèchement de bactéries Gram- obtenues de cultures avec et sans osmo - adaptation en présence de 0,5 ou 0,7 M-NaCl
(données de Bonaterra et al. 2005 et 2007, figures 3). Quatre expérimentations sont décrites ; les deux premières
comprennent des bactéries osmo - adaptées à 0,5 M re-suspendues dans le l'eau distillée
(~ 0 mM) ; le deux dernières comprennent des bactéries osmo - adaptées à 0,7 M re-suspendues
dans une solution dites de Ringer diluée (~ 75 mM). A noter donc un diminution du
taux de mortalité avec osmo - adaptation, mais aussi l'effet bénéfique sur la survie
desdites bactéries d'une certaine osmolarité (~ 75 mM) de la suspension (bouillie).
- Figure 2 :
- Résumé graphique des données de Bonaterra et al. 2005 et 2007 ayant servit à établir les coefficients exponentiels à la Figure 1 ;
les deux expérimentations comprenant des bactéries osmo - adaptées à 0,5 M-NaCl sont
regroupées (figure du haut ; data Bonaterra 2005), ainsi que les celles comprenant
des bactéries osmo - adaptées à 0,7 M-NaCl (figure du bas ; data Bonaterra 2007).
Il s'agit donc de courbe de survie (%) en fonction du temps de dessèchement (desiccation) de bactéries osmo - adaptées ou non. A titre illustratif j'ai placé une courbe (en
pointillé) escomptant la survie de telles bactéries dont l'osmolarité de la suspension
(bouillie) aurait été ajusté en fonction de leurs l'osmolarités de croissance (OSMc)
au sens de la présente invention.
- Figure 3 :
- Milli-osrmolarité (mOSM) des bouillies (eg. 15 L-produit / ha) selon le poids moléculaire (PM) des sels constituants, le volume
préconisé de la bouillie, ainsi que la concentration (g/L) du produit. A noter que
bon nombre de ces mOSM sont inférieurs à 500 mOSM ; le bouillies concernées devront
- au sens de la présente invention, être concentrées par un facteur. C'est ce facteur
de concentration qui devra être aboli au moment de l'utilisation de la bouillie.
- Figure 4 :
- Facteur de concentration appliqué à la pré-bouillie et à abolir au moment de l'utilisation
de la bouillie ; c'est ce facteur de concentration qui permet d'assurer une mOSM de
500 propice à l'induction statique de l'osmotolérance des souches bactériennes (eg. PM = 90 (urée formaldéhyde ; Azo-Speed™, AzoFol SR™).
- Figure 5 :
- Modélisation du volume cellulaire des bactéries selon les osmolarités de plasmolyses
(OSMp). Ces osmolarités de plasmolyses sont établies par titrage osmotique selon Cayley et al. (1991, 2000). A noter que cette décroissance de Vc est de plus en plus abrupte pour
les osmolarités de croissance (OSMc) plus importantes, dénotant ainsi une certaine
osmoadaptation associée de facto à un encombrement moléculaire grandissant ; cette
encombrement moléculaire permets à la cellule de maintenir son activité métabolique
- ou du moins adénique, malgré de forte concentration cytoplasmique de cations (voir
texte).
- Figure 6 :
- Osmolarités minima de la bouillie telles qu'inférée de la variable paramétrique α2
pour le calcul de l'osmolarité de plasmolyses (OSMp) selon l'osmolarité de croissance
(OSMc) de bactéries osmotolérantes Gram- ; Tableau 6. A mesure que progresse cette OSMc effective lors de la production des
biomasses bactériennes de l'inoculum, l'osmolarité minimale de la bouillie doit être
égale à OSMp. Les osmolarités minima de la bouillie de bactéries osmotolérantes Gram+, en principe plus halophiles, sont elles décrites par une fonction dont la courbe
(pointillée) est légèrement déplacée vers le haut (+10%). Idem pour ce qui concernerait
des bactéries osmotolérantes moins halophiles, les osmolarités minima de la bouillie
serait elles décrites par une courbe (pointillée) déplacée vers le bas (-10%).
- Figure 7 :
- Représentation graphique de la relation entre les volumes des bouillies (Vbouillie ; L/kg-sel) pulvérisables contenant des sels fertilisants et dont l'osmolarité est
adaptée à celles des cytosols bactériens quelles contiennent, et les volumes osmoactifs
(Vosmoactif ; uL/mg-protéine microbienne) desdits cytosols microbiens, et plus particulièrement
bactériens. Trois courbes sont proposées pour trois poids moléculaires (PM ; g/mol)
desdits sels. A noter que ces relations sont foncièrement linéaires et indépendantes
de la concentration en sel (g-sel/L) et de la dose-hectare de tels produits solubles
(L de concentré / ha). A noter aussi que le caractère osmogène des sels est donc de
~33 à ~50 fois plus important que celui des soluté des cytosols microbiens rapporté
ici sur la base de leurs teneurs en protéines bactériennes.
MODE DE REALISATION PREFERE DE L'INVENTION
[0025] Les bactéries sont avantageusement destinées aux feuillages de cultures viticoles,
arboricoles, céréalières et/ou herbacées. Elles sont mélangées en milieux aqueux à
des sels fertilisants osmogènes, avantageusement au sein d'un bac d'un pulvérisateur.
La milli-osmolarité (mOSM) de la pré-bouillie concentrée ainsi obtenue est avantageusement
~500 mOSM. Le stress osmotique ainsi provoqué permettra aux bactéries, avantageusement
des BFCP, d'activer leurs osmotolérance préalablement acquises lors de leurs en présence
d'osmolarité de croissance (OSMc) particulières. Ces bactéries peuvent ainsi être
mises en contacte avec des feuillages, mais aussi avec des racines, des semences,
voire des résidus de culture au sol.
[0026] Au Tableau 3, les concentrations en g par litre des bouillies pulvérisables selon
la teneur en sel et la dose-hectare de différents produits fertilisant pour application
foliaire (
eg. Azo-Speed™, AzoFol-SR™, Fertigofol 313™; Agronutrition SAS, 31390, Carbonne France),
ainsi que les différents volumes de la bouillie pulvérisable tels que préconisés par
le fabricant. En fonction des poids moléculaire (PM ; g/mol) des principaux constituants
de tels produits, nous pouvons calculer la millio-smolarité (mOSM) de ces bouillies
(Figure 3), ainsi que le volume d'une éventuelle pré - bouillie elle nécessairement
~500 mOSM tel que préconisé ici (Tableau 4).
[0027] A noter qu'il s'agit ici de d'osmolarité théorique et non de l'
osmolaité mesurée ; cette dernière étant généralement inférieure du fait de l'interaction intermoléculaire
au sein de tels mélanges. A noter aussi que pour une concentration donnée, les valeurs
mOSM vont décroître en fonction de la diminution du PM en raison de la plus grande
activité osmotique des plus petites molécules.
[0028] Du coup, on peut aussi calculer le
facteur de concentration à appliquer à cette bouillie pulvérisable pour obtenir la pré-bouillie plus osmogène
à hauteur d'environ 500 mOSM (Figure 4). Concrètement, il s'agit simplement de placer
dans le bac du pulvérisateur les volumes d'eau préconisés au Tableau 4. Ces volumes
sont fonction de la teneur en g-sel par L du produit, la dose-hectare de ce produit
par hectare et le poids moléculaire de l'ensemble des constituants osmogène dudit
produit, y compris le cas échéant d'éventuel co-formulants (
infra). En complétant, avantageusement le lendemain matin, le volume de la bouillie pulvérisable
- soit généralement de l'ordre de 200 à 500 L par hectare, le facteur de concentration
sera aboli, et la pulvérisation pourra aller de l'avant.
Tableau 3 : Concentration (g / L) de bouillie pulvérisable au champ selon le nombre de L-bouillie
/ ha préconisés, la concentration du produit en g-sel / L ainsi que le volume (L)
de la bouillie par hectare. Selon le poids moléculaire (PM ; g/mole) des principaux
constituant du produit, la mili - osmolarité (mOSM) de la bouillie sera plus ou moins
importante (Voir à la Figure 1 pour une illustration de ce fait pour le cas de 15
L-produit / ha, le même schéma étant applicable aux autres cas avec plus ou moins
de L-produit par hectare).
L-produit/ha = 5 |
|
L-bouillie/ha |
|
g-sel/L |
100 |
150 |
200 |
250 |
300 |
350 |
400 |
450 |
500 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
2,50 |
1,67 |
1,25 |
1,00 |
0,83 |
0,71 |
0,63 |
0,56 |
0,50 |
|
100 |
5,00 |
3,33 |
2,50 |
2,00 |
1,67 |
1,43 |
1,25 |
1,11 |
1,00 |
|
150 |
7,50 |
5,00 |
3,75 |
3,00 |
2,50 |
2,14 |
1,88 |
1,67 |
1,50 |
|
200 |
10,00 |
6,67 |
5,00 |
4,00 |
3,33 |
2,86 |
2,50 |
2,22 |
2,00 |
|
250 |
12,50 |
8,33 |
6,25 |
5,00 |
4,17 |
3,57 |
3,13 |
2,78 |
2,50 |
|
300 |
15,00 |
10,00 |
7,50 |
6,00 |
5,00 |
4,29 |
3,75 |
3,33 |
3,00 |
|
350 |
17,50 |
11,67 |
8,75 |
7,00 |
5,83 |
5,00 |
4,38 |
3,89 |
3,50 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
L-produit/ha = 10 |
|
L-bouillie/ha |
|
g-sel/L |
100 |
150 |
200 |
250 |
300 |
350 |
400 |
450 |
500 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
5,00 |
3,33 |
2,50 |
2,00 |
1,67 |
1,43 |
1,25 |
1,11 |
1,00 |
|
100 |
10,00 |
6,67 |
5,00 |
4,00 |
3,33 |
2,86 |
2,50 |
2,22 |
2,00 |
|
150 |
15,00 |
10,00 |
7,50 |
6,00 |
5,00 |
4,29 |
3,75 |
3,33 |
3,00 |
|
200 |
20,00 |
13,33 |
10,00 |
8,00 |
6,67 |
5,71 |
5,00 |
4,44 |
4,00 |
|
250 |
25,00 |
16,67 |
12,50 |
10,00 |
8,33 |
7,14 |
6,25 |
5,56 |
5,00 |
|
300 |
30,00 |
20,00 |
15,00 |
12,00 |
10,00 |
8,57 |
7,50 |
6,67 |
6,00 |
|
350 |
35,00 |
23,33 |
17,50 |
14,00 |
11,67 |
10,00 |
8,75 |
7,78 |
7,00 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
L-produit/ha = 15 |
|
L-bouillie/ha |
|
g-sel/L |
100 |
150 |
200 |
250 |
300 |
350 |
400 |
450 |
500 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
7,50 |
5,00 |
3,75 |
3,00 |
2,50 |
2,14 |
1,88 |
1,67 |
1,50 |
|
100 |
15,00 |
10,00 |
7,50 |
6,00 |
5,00 |
4,29 |
3,75 |
3,33 |
3,00 |
|
150 |
22,50 |
15,00 |
11,25 |
9,00 |
7,50 |
6,43 |
5,63 |
5,00 |
4,50 |
|
200 |
30,00 |
20,00 |
15,00 |
12,00 |
10,00 |
8,57 |
7,50 |
6,67 |
6,00 |
|
250 |
37,50 |
25,00 |
18,75 |
15,00 |
12,50 |
10,71 |
9,38 |
8,33 |
7,50 |
|
300 |
45,00 |
30,00 |
22,50 |
18,00 |
15,00 |
12,86 |
11,25 |
10,00 |
9,00 |
|
350 |
52,50 |
35,00 |
26,25 |
21,00 |
17,50 |
15,00 |
13,13 |
11,67 |
10,50 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
[0029] Cette abolition du facteur de concentration le lendemain (12 heures) n'est pas arbitraire
; ce délais s'appui sur une revue de la littérature (Tableau 2). Les volumes au Tableau
4 sont à réaliser
in baco environs 12 heures - la veille, avant la pulvérisation de la bouillie au champ.
[0030] Par rapport à la bouillie pulvérisable, cette pré - bouillie est donc plus concentrée
par un certain facteur de concentration. Les volumes de la bouillie, par opposition
à ceux de la pré - bouillie au Tableau 4, à ne pas dépasser au moment de l'abolition
dudit facteur de concentration peu avant sa pulvérisation liquide sont rapportés aux
Tableaux 5-a, 5b et 5c selon les différents poids moléculaire des produits à base
de sels fertilisants choisis ici à titre d'exemple. Il s'agit ainsi d'éviter des conditions
hypo - osmotiques aptes à faire exploser les bactéries expressément induites à être
osmotolérantes en présence d'OSMc relativement élevées.
Tableau 4 : Volume (L) de la pré-bouillie permettant d'assurer une milli-osmolarité (mOSM)
d'approximativement 500 mMole / L (500 mOSM) facteur d'induction statique de l'osmotolérance
des bactéries osmotolérantes concernées.
L de produit / hectare = 5 |
Poids moléculaire (PM ; g/mole) des principaux sels |
g-sel / L de produit |
113 |
90 |
80 |
|
|
|
|
50 |
4,4 |
5,6 |
6,3 |
100 |
8,8 |
11,1 |
12,5 |
150 |
13,3 |
16,7 |
18,8 |
200 |
17,7 |
22,2 |
25,0 |
250 |
22,1 |
27,8 |
31,3 |
300 |
26,5 |
33,3 |
37,5 |
350 |
31,0 |
38,9 |
43,8 |
|
|
|
|
L de produit / hectare = 10 |
Poids moléculaire (PM ; g/mole) des principaux sels |
g-sel / L de produit |
113 |
90 |
80 |
|
|
|
|
50 |
8,8 |
11,1 |
12,5 |
100 |
17,7 |
22,2 |
25,0 |
150 |
26,5 |
33,3 |
37,5 |
200 |
35,4 |
44,4 |
50,0 |
250 |
44,2 |
55,6 |
62,5 |
300 |
53,1 |
66,7 |
75,0 |
350 |
61,9 |
77,8 |
87,5 |
|
|
|
|
L de produit / hectare = 15 |
Poids moléculaire (PM ; g/mole) des principaux sels |
g-sel / L de produit |
113 |
90 |
80 |
|
|
|
|
50 |
13,3 |
16,7 |
18,8 |
100 |
26,5 |
33,3 |
37,5 |
150 |
39,8 |
50,0 |
56,3 |
200 |
53,1 |
66,7 |
75,0 |
250 |
66,4 |
83,3 |
93,8 |
300 |
79,6 |
100,0 |
112,5 |
350 |
92,9 |
116,7 |
131,3 |
[0031] C'est à l'aide de modélisations du volume cellulaire de ce type de bactéries (Vc
; ul / mg de protéines bactériennes) qu'il est possible d'établir les mOSM nécessaires
pour éviter de telles explosions cellulaires. Elles sont ici au minimum d'environ
200 mM pour les bactéries produites à des OSMc d'à peine 50, et d'environ 330 pour
celles produites à des OSMc de 1,00 (Tableau 6). Ces molarités minimales impliquent
qu'il faut non seulement fixer a priori le volume de la pré - bouillie (Tableau 4),
mais aussi celui de la bouillie une fois le facteur de concentration (Figure 2) aboli.
Il fallut calculer les volumes d'eau à ajouter aux pré - bouillies de manière à ne
pas dépasser ces seuils de mOSM minimales (Tableaux 5a, 5b et 5c) fonction eux de
l'OSMc (osmolarité de croissance) imposées aux bactéries leurs de leurs production
(Tableau 6 ;
infra), faute de quoi les bactéries seront en situation d'hypo - osmolarité et sujette
à explosion (
i.e. expansion exponentielle et très rapide de leurs Vc en fonction d'une diminution
de OSMp (Figure 5).
[0032] L'osmo-tolérance des souches bactériennes ne sera qu'induite par ce passage transitoire
au sein de la pré-bouillie. En ce sens, il est avantageux de faire appel à différents
modes d'obtention de souches osmo-tolérantes, voire ici plus particulièrement du genre
Stenotrophomonas (Bollet
et al. 1995, Juhnke et Des Jardin 1989, ou encore Palleroni et Bradbury 1993). Pour obtenir
des souches osmotolérantes de familles taxonomiques choisies parmi un groupe comprenant
les
Xanthomonadaceae et les
Pseudomonadaceae, il est utile d'impose une certaine pression osmotique environnement pendant leur
croissance
in vitro ; on parle alors encore une fois d'
osmolarité de croissance (OSMc). En effet, selon Cayley
et al. (1991, 2000) des osmolarité allant de 50 à plus de 1 000 mOSM vont progressivement
réduire le
volume cellulaire (Vc ; uL/mg de protéine) des cellules bactériennes de manière à en augmenter leurs
éventuelles osmo-tolérance. L'augmentation progressive de OSMc va aussi augmenter
progressivement l'osmolarité minimale à maintenir dans la bouillie
in baco, faute de quoi ces cellules osmotolérantes plus petites vont exploser en raison d'une
augmentation soudaine de leur Vc en réponse à choc hypo-osmotique.
[0033] D'éventuelles
Stenotrophomonas ne seront pas résistantes aux antibiotiques de types
imipenem et/ou
beta-lactam, ceux-ci pouvant produire des
imipenemases et/ou surproduire des
beta-lactamases notoires pour leur rôle dans certaines infections nosocomiales. Il est aussi utile
de rechercher des
Stenotrophomonas chitionolytiques, les
Stenotrophomonas étant particulièrement abondantes au sein de tels contingents (Metcalfe
et al. 2002a, 2002b).
[0034] Une fois la prébouillie constituée, un délai d'induction statique est respecté, soit
ici de l'ordre de 8 à 12 heures à titre d'exemple. Le facteur de concentration appliqué
lors de la constitution de ces prébouillies (Tableau 4) peut maintenant être aboli
en apportant un volume d'eau (Tableaux 5a, 5b et 5c) de manière à ce que la mOSM de
ces bouillies pulvérisables respectent les mOSM minima correspondant aux mOSM intracellulaires
des bactéries produites à des mOSM de croissance (OSMc) plus ou moins importantes
(Tableau 6). A noter enfin que ces mOSM minimales à respecter lors de la dilution
de la prébouillie augmentent en fonction des susdits OSMc. L'
induction statique de l'osmotolérance des BFCP, et plus particulièrement ici appartenant au genre
Stenotrophomomas, peut être observé au sein d'une simple solution saline à un moment donné après induction
statique au sens de la présente invention, soit avantageusement après une période
de conditionnement au sein d'une pré-bouillie d'environs 500 mOSM de 10 à 12 heures,
soit une période équivalente à une nuit dès la veille de la pulvérisation au champ
par l'agriculteur.
Tableau 5 a : Volume d'eau à ajouter aux volumes des pré - bouillies indiquées au Tableau 4 en
fonction de la dose hectare (Uha) du produit, du poids moléculaire des sels fertilisant
constituant le constituant (g/mole), leur concentration dans le produit (g-sel/L)
afin de respecter une mini-osmolarité (mOSM) minimale. A noter que cette mOSM minimale
(α
2 ; Tableau 6) est elle fonction de l'osmolarité de croissance (OSMc ; Tableau 6).
Il s'agit ici d'un produit dont le poids moléculaire est des 113.
Volume de la prébouillie |
Volume à ajouter si PM = 113 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
Uha = 5 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
4 |
|
|
7 |
6 |
5 |
4 |
3 |
3 |
2 |
100 |
9 |
|
|
14 |
12 |
10 |
8 |
7 |
6 |
5 |
150 |
13 |
|
|
22 |
18 |
16 |
11 |
10 |
8 |
7 |
200 |
18 |
|
|
29 |
24 |
21 |
15 |
14 |
11 |
9 |
250 |
22 |
|
|
36 |
31 |
26 |
19 |
17 |
14 |
11 |
300 |
27 |
|
|
43 |
37 |
31 |
23 |
21 |
17 |
14 |
350 |
31 |
|
|
51 |
43 |
36 |
26 |
24 |
20 |
16 |
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
L/ha=10 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
9 |
|
|
14 |
12 |
10 |
8 |
7 |
6 |
5 |
100 |
18 |
|
|
29 |
24 |
21 |
15 |
14 |
11 |
9 |
150 |
27 |
|
|
43 |
37 |
31 |
23 |
21 |
17 |
14 |
200 |
35 |
|
|
58 |
49 |
42 |
30 |
28 |
23 |
18 |
250 |
44 |
|
|
72 |
61 |
52 |
38 |
35 |
28 |
23 |
300 |
53 |
|
|
87 |
73 |
62 |
45 |
42 |
34 |
27 |
350 |
62 |
|
|
101 |
86 |
73 |
53 |
49 |
40 |
32 |
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
L/ha = 15 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
13 |
|
|
22 |
18 |
16 |
11 |
10 |
8 |
7 |
100 |
27 |
|
|
43 |
37 |
31 |
23 |
21 |
17 |
14 |
150 |
40 |
|
|
65 |
55 |
47 |
34 |
31 |
25 |
21 |
200 |
53 |
|
|
87 |
73 |
62 |
45 |
42 |
34 |
27 |
250 |
66 |
|
|
108 |
92 |
78 |
57 |
52 |
42 |
34 |
300 |
80 |
|
|
130 |
110 |
93 |
68 |
63 |
51 |
41 |
350 |
93 |
|
|
152 |
128 |
109 |
79 |
73 |
59 |
48 |
Tableau 5 b : Volume d'eau à ajouter aux volumes des pré - bouillies indiquées au Tableau 4 en
fonction de la dose hectare (Uha) du produit, du poids moléculaire des sels fertilisant
constituant le constituant (g/mole), leur concentration dans le produit (g-sel/L)
afin de respecter une mini-osmolarité (mOSM) minimale. A noter que cette mOSM minimale
(α
2 ; Tableau 6) est elle fonction de l'osmolarité de croissance (OSMc ; Tableau 6).
Il s'agit ici d'un produit dont le poids moléculaire est des 90.
Volume de la prébouillie |
Volume à ajouter si PM = 90 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
Uha = 5 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
|
6 |
|
9 |
8 |
7 |
5 |
4 |
4 |
3 |
100 |
|
11 |
|
18 |
15 |
13 |
9 |
9 |
7 |
6 |
150 |
|
17 |
|
27 |
23 |
20 |
14 |
13 |
11 |
9 |
200 |
|
22 |
|
36 |
31 |
26 |
19 |
17 |
14 |
11 |
250 |
|
28 |
|
45 |
38 |
33 |
24 |
22 |
18 |
14 |
300 |
|
33 |
|
54 |
46 |
39 |
28 |
26 |
21 |
17 |
350 |
|
39 |
|
63 |
54 |
46 |
33 |
31 |
25 |
20 |
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
L/ha=10 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
|
11 |
|
18 |
15 |
13 |
9 |
9 |
7 |
6 |
100 |
|
22 |
|
36 |
31 |
26 |
19 |
17 |
14 |
11 |
150 |
|
33 |
|
54 |
46 |
39 |
28 |
26 |
21 |
17 |
200 |
|
44 |
|
73 |
61 |
52 |
38 |
35 |
28 |
23 |
250 |
|
56 |
|
91 |
77 |
65 |
47 |
44 |
36 |
29 |
300 |
|
67 |
|
109 |
92 |
78 |
57 |
52 |
43 |
34 |
350 |
|
78 |
|
127 |
107 |
91 |
66 |
61 |
50 |
40 |
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
L/ha=15 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
|
17 |
|
27 |
23 |
20 |
14 |
13 |
11 |
9 |
100 |
|
33 |
|
54 |
46 |
39 |
28 |
26 |
21 |
17 |
150 |
|
50 |
|
82 |
69 |
59 |
43 |
39 |
32 |
26 |
200 |
|
67 |
|
109 |
92 |
78 |
57 |
52 |
43 |
34 |
250 |
|
83 |
|
136 |
115 |
98 |
71 |
65 |
53 |
43 |
300 |
|
100 |
|
163 |
138 |
117 |
85 |
79 |
64 |
52 |
350 |
|
117 |
|
190 |
161 |
137 |
99 |
92 |
75 |
60 |
Tableau 5 c : Volume d'eau à ajouter aux volumes des pré - bouillies indiquées au Tableau 4 en
fonction de la dose hectare (Uha) du produit, du poids moléculaire des sels fertilisant
constituant le constituant (g/mole), leur concentration dans le produit (g-sel/L)
afin de respecter une mini-osmolarité (mOSM) minimale. A noter que cette mOSM minimale
(α
2 ; Tableau 6) est elle fonction de l'osmolarité de croissance (OSMc ; Tableau 6).
Il s'agit ici d'un produit dont le poids moléculaire est des 80.
Volume de la prébouillie |
Volume à ajouter si PM = 80 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) ; Tableau 6 |
Uha = 5 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
|
|
6 |
10 |
9 |
7 |
5 |
5 |
4 |
3 |
100 |
|
|
13 |
20 |
17 |
15 |
11 |
10 |
8 |
6 |
150 |
|
|
19 |
31 |
26 |
22 |
16 |
15 |
12 |
10 |
200 |
|
|
25 |
41 |
35 |
29 |
21 |
20 |
16 |
13 |
250 |
|
|
31 |
51 |
43 |
37 |
27 |
25 |
20 |
16 |
300 |
|
|
38 |
61 |
52 |
44 |
32 |
29 |
24 |
19 |
350 |
|
|
44 |
71 |
60 |
51 |
37 |
34 |
28 |
23 |
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2); Tableau 6 |
L/ha=10 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
|
|
13 |
20 |
17 |
15 |
11 |
10 |
8 |
6 |
100 |
|
|
25 |
41 |
35 |
29 |
21 |
20 |
16 |
13 |
150 |
|
|
38 |
61 |
52 |
44 |
32 |
29 |
24 |
19 |
200 |
|
|
50 |
82 |
69 |
59 |
43 |
39 |
32 |
26 |
250 |
|
|
63 |
102 |
86 |
73 |
53 |
49 |
40 |
32 |
300 |
|
|
75 |
122 |
104 |
88 |
64 |
59 |
48 |
39 |
350 |
|
|
88 |
143 |
121 |
103 |
75 |
69 |
56 |
45 |
|
Poids Moléculaire (PM) |
mOSM minimal à respecter (OSMp ; α2) Tableau 6 |
L/ha=15 |
113 |
90 |
80 |
190 |
210 |
230 |
270 |
280 |
305 |
330 |
g-sel/L |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
50 |
|
|
19 |
31 |
26 |
22 |
16 |
15 |
12 |
10 |
100 |
|
|
38 |
61 |
52 |
44 |
32 |
29 |
24 |
19 |
150 |
|
|
56 |
92 |
78 |
66 |
48 |
44 |
36 |
29 |
200 |
|
|
75 |
122 |
104 |
88 |
64 |
59 |
48 |
39 |
250 |
|
|
94 |
153 |
129 |
110 |
80 |
74 |
60 |
48 |
300 |
|
|
113 |
184 |
155 |
132 |
96 |
88 |
72 |
58 |
350 |
|
|
131 |
214 |
181 |
154 |
112 |
103 |
84 |
68 |
APPLICATION BIOINDUSTRIELLE ET AGRONOMIQUE
Production des biomasses bactériennes a priori osmotolérantes
[0035] La production de biomasses bactériennes a
priori osmotolérantes est bien connu de l'homme du métier. L'approche la plus simple est
d'appliquer (de réaliser) une osmolarité appréciable au cours de la production par
fermentation, liquide ou solide, desdites population bactériennes. Les bactéries ainsi
produites en masse seront nécessairement plus résistantes, non seulement aux stresses
osmotiques, mais aussi parfois aussi aux stresses thermiques (Besten
et al. 2006), voire oxydatifs, acido-basiques,
etc. (Bonaterra
et al. 2007) Une des caractéristique des bactéries osmotolérantes ainsi isolées et produites
en masses en présence d'osmolarités grandissantes est une réduction de leurs volumes
cellulaire, Vc, et du coup de leur encombrement moléculaire (Cayley
et al. 2000, Zimmerman et Trach 1991, Ellis 2001, Spitzer 2011, Spitzer et Poolman 2005)
La mesure de cette osmotolérance et de ces caractéristiques morphocellulaire telles
que le susdit encombrement moléculaire est connue de l'homme du métier.
[0036] Les notions
d'osmolarité de croissance (OSMc) et
d'osmolarité de plasmolyse (OSMp) évoquées plus bas préciseront d'autant plus les conditions de culture et de
production des BFCP a priori osmotolérantes. En effet, c'est l'osmolarité vécue par
les bactéries pendant leur croissance (OSM de croissance ; OSMc au sens de Cayley
et al. 2000) qui détermine leurs omolarité de plasmolyse (OSMp ;
op.
cit.). Or, cette OSMp reflète précisément le degré d'osmotolérance ad'une bactérie lui
permettant de contracter (concentrer) au maximum son volume cellulaire (Vc ; uL /
mg-MS) avant d'imploser (plasmolyse ;
op. cit., figure 1). Ce lien entre OSMc et OSMp permet donc de connaître a
priori le degré d'osmotolérance des bactéries ainsi produites, et du coup d'ajuster l'osmolarité
de la pré - bouillie en conséquence (voir
infra).
[0037] A ce stade de développement de l'invention il est loisible d'utiliser les valeurs
paramétriques applicables à une simple bactérie Gram
- telle qu'
E. coli; elles pourront toujours être précisées spécifiquement pour diverses espèces bactériennes
le moment venu par titrage NaCl au sens de Cayley
et al. 2000, ou encore plus simplement Pilizota et Shaevitz 2012. Voir aussi une revue
de certaines de ces méthodes de titrage pour la détermination de Vc en annexe de Wood
1999 (
op.
cit. pp. 254-255).
[0038] Cela dit, c'est surtout ici OSMc qui dictera la valeurs de OSMp (α
2 ; Tableau 6), et rien ne laisse croire à ce stade les coefficients (variables paramétriques)
de courbes telles que celles ici à la Figure 6 mais pour des espèces autres qu'
E. coli donneraient des OSMp appréciablement différents des ceux rapportés ici au Tableau
6. En effet et par exemple, les osmolarités imposées à des
Pseudomonas syringae variant ici de 128 à 385 mOSM (Tableaux 1 et 2) sont très comparables à celles imposées
à
E.
coli qui elles varient de 182 à 463, et du coup parfaitement dans la moyenne (430 mM ; Tableau
1). De plus, la valeur de l'activité de l'eau (a
w) limitant la croissance d'une bactérie est essentiellement la même (~0,95) pour
E. coli, Pseudomonas et
Salmonella, voire la plupart des bactéries Gram
-, soit entre 0,94 et 0,96 (par opposition à ~0,80 pour les champignons par exemple).
[0039] Une fois produite en masse, les bactéries peuvent être formulées et conditionnées
selon l'état de l'art, soit sous forme solide, voir par lyophilisation, soit en formulation
liquide en présence de PVPP, CMC, glycerol, etc.
Pré-application des BFCP (« pré-bouillie »)
[0040] L'utilisateur peut réaliser la pré - bouillie permettant
l'induction statique des bactéries osmotolérantes en remplissant que partiellement la cuve (
in baco) du pulvérisateur, laisser « incuber » pendant 12 heures, soit usuellement depuis
la veille, et compléter par la suite le volume de la bouillie au moment ou peu avant
l'application de la préparation au champ, et cela en fonction des volumes préconisés
ici aux Tableau 5-a, b et c. Selon la concentration (g/L) des produites fertilisants
appliqués conjointement, le poids moléculaire (g/mole) de leurs principales composantes,
et le volume de la bouillie préconisé, les volumes de la pré - bouillie sont indiquées
au Tableau 4. Expérimentalement, nous n'aurons qu'à simuler la formation de cette
pré - bouillie concentrée par un facteur (de concentration) donnée à l'aide de solutions.
Application in situ des BFCP
[0041] Les préparations bactériennes au sens de la présente invention peuvent avantageusement
être appliqués aux feuillages, et cela conjointement à certains agents azoto-nutritionnels
(ANN), voire à certains fongicides, régulateurs de croissance et/ou toutes autres
matières fertilisantes et/ou phytosanitaires applicables aux feuillages. Plus particulièrement
il pourrait ici être question d'engrais foliaires types Azofol™, Fertigofol™ et AzoSpeed™
commercialisés par Agronutrition SAS (France). Il peut aussi être question d'ANN tel
que Optéine™, Phyléas™, voir plus avantageusement au sens de
FR0900867/
EP10366001.5 ; cette dernière technologie permet en effet une « fenêtre d'application » beaucoup
plus large et donc plus opportune.
Modélisations des Vc,mini et des osmolarité minimale à respecter
[0042] Modélisons l'effet de la création des pré - bouillies, notamment ici au sens de Cayley
et al. 2000 (
op. cit., figures 1 et 6), et Dötsch
et al. 2008 (
op.
cit., éq. 7). Il faut aussi tenir compte des notions d'enzymes bactériennes halophiles
et halotolérantes (Sleator et Hill 2001). En effet, il existe vraisemblablement un
gradient entre une
halophilie stricte nécessitant de très fortes osmolarités à hauteurs de 5 à 7 molaire (Wood
1999, tableau 1), et une certaine
halotolérance en présence d'osmolarité d'au plus équivalentes à 0,5 molaire. Les bactéries au sens
de la présente invention sont avantageusement intermédiaires ; leurs enzymes pouvant
bénéficier de la stabilisation que procure des cations à forte concentration - un
peu à la façon des bactéries halophiles, tout en accumulant des osmolytes comme le
font les bactéries halotolérantes.
[0043] Selon l'équation apparaissant dans Dötsch
et al. 2008 ;
Vc = volume cellulaire aqueux (uL / mg-matière sèche (MS))
α1 = paramètre empirique (ul / mg-protéine)
OSMp = milli - osmolarité de plasmolyse (via titrage NaCl ; Cayley et al. 2000)
α2 = paramètre empirique (mol / L)
Vc,min = volume cellulaire aqueuse minia (uL / mg-MS)
... et à partir de données numériques telles que celles présentées par Cayley
et al. 2000 pour
E.
coli (op. cit. tableau 1), il est maintenant possible de déterminer les paramètres α
1, α
2 et V
c,min pour une gamme de valeurs mOSM de croissance (OSMc). Il est donc possible de recalculer
les valeurs d'osmolarité minimales à prévoir dans la pré - bouillie afin d'éviter
l'explosion des BFCP.
[0044] Cette modélisation peut s'effectuer via un algorithme stochastique compris dans une
pack statistique aussi banale que XLStat™; voir en ce sens les valeurs paramétriques
au Tableau 6. Cette modélisation de Vc selon OSMp et OSMc est représentée à la Figure
4. Non seulement les bactéries les plus osmotolérantes ont les Vc les plus réduits
(i.e. une compression favorisant un plus grand encombrement moléculaire propice à
une activité métabolique plus soutenue à omolarités élevées), mais elles nécessitent
aussi des osmolarités minimales plus élevées que des bactéries moins osmotolérantes
produite à des osmolarité de croissance (OSMc) plus faibles, faute de quoi les Vc
augmenteront très rapidement, les cellules bactériennes devant ainsi nécessairement
exploser si l'osmolarité ambiante n'est pas suffisante (i.e. d'au moins 190 à 330
mOSM, selon le cas). Des bactéries croissant en présence d'OSMc d'environs 0,5 à 0,8
molaire devront impérativement être mises en présence d'au moins 250 à 300 mOSM.
[0045] A noter ici que la variable α
2 mesure approximativement de la molarité minimale à respecter dans la pré - bouille
afin d'éviter l'explosion des BFCP plus ou moins osmotolérante selon leur OSMc. En
effet, la valeur paramétrique de cette variable coïncide avec le point d'inflexion
de la susdite équation non - linéaire rationnelle. Une population de BFCP produite
à un OSMc donnée placée dans une une pré - bouillie dont l'osmolarité n'est pas d'au
moins α
2 explosera à plus ou moins brève échéance, vraisemblablement avant d'avoir été pulvérisée
au feuillage. A noter aussi que les valeurs α
2 sont ici, pour des OSMc correspondant aux alentours de 0,500 (de 0,300 à 0,600 ;
Tableau 6), d'environ la moitié de la milli - osmolarité en principe la plus avantageuse
préconisée pour la pré - bouillie, i.e. approximativement 500 milli - molaire. Or,
selon la Figure 5, des bactéries produites à de telles OMSc peuvent résister à des
OSMp bien au delà de 0,500. C'est pourquoi nous avons proposé pour les pré - bouillie
une gamme de milli-osmolarités (mOSM) comprise entre 250 et 1 250 milli - molaire.
Tableau 6 : Valeurs des variables paramétriques α
1, α
2 et V
c,min pour le calcul de l'osmolarité de plasmolyses (OSMp) de la pré - bouillie selon l'osmolarité
de croissance (OSMc) lors de la production des bactéries. (cf. représentation graphique,
ici Figure 6).
Osmolarité croissance (OSM-c) |
α1 |
Osmolarité de plasmolyse (OSMp ; α2) |
Volumes cellulaires minima (Vc,mini) |
mol/L |
uL / mg-protéine |
mol/L |
uL / mg-protéine |
0,05 |
0,241 |
0,190 |
1,858 |
0,10 |
0,260 |
0,210 |
1,800 |
0,30 |
0,350 |
0,230 |
1,680 |
0,60 |
0,500 |
0,270 |
1,530 |
0,70 |
0,550 |
0,280 |
1,480 |
0,90 |
0,650 |
0,305 |
1,384 |
1,00 |
0,740 |
0,330 |
1,260 |
[0046] Concrètement, afin de compléter le Tableau 6, j'ai extrapoler linéairement à entre
les osmolarité de croissance (OSMc) de 0,03 et 0,83 osmolaire (OSM) lors de la production
des biomasses d'
E.
coli-une banale bactérie Gram - négative. A noter la différence ici entre les valeurs d'OSMp
obtenues par
titrage - NaCl (Cayley
et al. 2000), et d'OSMc imposées lors des cultures par fermentation liquide desdites
E.
coli ; c'est donc ici OSMc qui dicte OSMp, et donc le niveau d'osmotolérance a
priori de ces bactéries. De plus,
E.
coli n'est pas en soi une bactérie tellurique et/ou particulièrement robuste. L'application
à des bactéries du sols et/ou de la phyllosphère des paramètres ainsi recalculer à
partir de ceux d'
E.
coli est donc une approche conservatrice.
[0047] J'ai représenté graphiquement à la Figure 6 une telle progression quasi linéaire
des osmolarités minima des pré - bouillie inférées à partir de OSMp (α
2 ; éq. (1)) pour diverses OSMc. Sans être universelle, cette courbe est a
priori et à ce stade applicable à la plupart des BFCP Gram
-, l'activité de l'eau (a
w) limitant la croissance étant essentiellement la même (~0,95) pour des bactéries
telles que
E.
coli, Pseudomonas et
Salmonella, voire la plupart des bactéries Gram
-. Cela dit, et à ce stade qu'approximativement, les progressions quasi linéaire des
OSMp minima pour des bactéries Gram
+, en principe plus halophiles les Gram
-, seront elles décrites par une fonction dont la courbe (pointillée) est légèrement
mais nécessairement déplacée vers le haut (+10% ; pointillé Figure 6).
Idem pour ce qui concernerait d'éventuelles bactéries osmotolérantes moins halophiles,
les osmolarités minima de la bouillie serait elles décrites par une courbe (pointillée)
légèrement mais nécessairement déplacée vers le bas (-10% ; pointillé Figure 6). En
effet, cette relative suraccumulation d'osmolytes minéraux et organiques par des bactéries
plutôt halophiles telle que Halomonas elongata DSM 2581 est clairement décrit par
Dötsch
et al. 2008. Des titrages - NaCl tel que décrits dans Cayley
et al. 2000 spécifique pourront aussi être effectués pour diverses espèces de BFCP pour
confirmer cette applicabilité interspécifique des courbes à la Figure 6.
[0048] A l'aide de ces
régressions non - linéaires rationnelles (Cayley
et al. 2000, figure 1) de modéliser le volume cellulaire aqueux (V
c) en fonction d'OSMp. Du coup, via la valeur paramétrique α
2 nous pouvons aussi estimer la valeur minimale de l'osmolarité en dessus des quelle
les BFCP produites à un OSMc particulière risquent d'exploser, V
c tendrant rapidement vers des valeurs extrêmes au delà de 3,0 ul / mg-MS. Ces valeurs
minimales de V
c révèlent l'importance de maintenir la molarité de la pré - bouillie à au moins 0,200,
voire plus de 0,300 osmolaire. Il est ainsi possible d'assurer l'induction de l'osmotolérance
des BFCP, mais aussi la survie dans les bouillies pulvérisables.
[0049] Par exemple, une population bactérienne produite à une mOSMc de 50 devra être toujours en présence
d'une mOSMp d'au moins 190 une fois la bouillie pulvérisable restaurée après abolition
du facteur de concentration. En ce sens, pour un produit de poids moléculaire (PM)
de 80, une concentration du produit de 250 g/L au sein d'une pré - bouillie de 51
L installée pendant 12 heures et préconisant 5 L/ha de produit, il ne faudra pas ajouter
plus de 31 L d'eau à la pré - bouillie, créant ainsi une bouillie pulvérisable d'au
plus 51 + 31 = 52 L/ha.
Validation via PV = nRT
[0050] L'invention est applicable à toutes les biomasses bactériennes expressément osmotolérantes
parce que produites en présence de pression osmogènes de cultue (OSMc) de l'ordre
de 0,05 à 1,00 mol/L ; en ce sens ces souches ne sont pas nécessairement halophiles
mais plus simplement osmotolérantes. Les volumes qu'occuperont les cytosols de ces
microorganismes à diverses OSMc et OSMp (osmolarité de plasmolyses ; Tableau 6) sont
fonction du volume
osmoactif (V
osmoactif ; ul/mg-protéine microbienne) de ces cellules, en non du volume
non-osmoactif (V
nonosmoactif). Or, en raison de l'équation empirique
[Vc = α1 / (OSMp + α2) + Vc,min,] applicable au volume cellulaires bactériens (
supra, equation (1)), ces volumes peuvent être exprimés en termes de pressions, et cela
grossièrement en accord avec la loi universelle régissant le volume d'un gaz (parfait),
soit ;
- p est la pression du gaz (pascal) ;
- V est le volume occupé par le gaz (mètre cube) ;
- n est la quantité de matière (mole) ; ne pas confondre avec N est le nombre de particules ;
- R est la constante universelle des gaz parfaits :R = 8,314 472 J·K-1·mol-1
- T est la température absolue (en kelvin) ;
[0051] De plus, selon Klipp
et al. 2005 et Cayley
et al. 1991, 2000 ;

[0052] C'est comme de raison le volume osmoactif (V
osmoactif), i.e. le volume cellulaire affecté par la pression osmotique externe (π
e), qui dictera ainsi quel pression cellulaire interne (π
i) il faut maintenir pour assurer la turgescence de la bactérie. Il est donc ainsi
possible de démontrer que la pression
intercellulaire (π
i) est égale à ;

[0053] De même, il est aussi possible de démontrer que la pression extracellulaire (π
e) à maintenir pour éviter une perte de turgescence cellulaire (bactérienne) est elle
égale à ;

[0054] Le volume de la bouillie, V
bouillie, est en effet celui de la solution
minérale in baco extérieur à cellule microbienne tel que prescrit à titre d'exemple de mode de réalisation
supra aux Tableaux 4, 5a, 5b et 5c. En effet, les volumes des pré - bouillies (Tableau
4) et les volumes d'eau à leur ajouter afin d'obtenir un volume de bouillie respectant
OSMp (Tableaux 5a, 5b et 5c) peuvent ainsi être directement obtenus pour une gamme
de produits minéraux fertilisants, et cela ici afin d'assurer une mOSM d'environ 500
favorable à l'induction de l'osmotolérance de bactéries moyennement halophiles (cf.
Tableaux 1 et 2). Comme de raison, il est aussi loisible de compléter ces tableaux
pour d'autre produits aux poids moléculaires (PM) et concentrations différents.
[0055] Toujours est-il que pour que la turgescence des cellules microbiennes ne soit pas
affectée par leur immersion dans le bac du pulvérisateur contenant les sels fertilisants,
il faut donc que π
interne= π
externe (π
i = π
e), ce qui amène l'équation suivante ;

[0056] Donc, pour valider que le V
osmoactif fonction de OSMc (Tableau 6, Figure 6), et donc la turgescence des cellules microbienne
sont effectivement préservés, il suffit de s'assurer que V
osmoactif et V
bouille sont proportionnels, voire dans une relation quasi linéairement (Figure 7). A noter
que pour ce faire, il est important d'exprimer V
bouille non pas en L/ha, mais bien en L/kg de sel fertilisant de manière à rendre V
bouillie directement comparable à V
osmoactif exprimé lui aussi pondéralement (uL/mg de protéine protéine). Les unités de V
osmoactif et V
bouillie sont ainsi commensurables ; [uL, L : mg, Kg]. Une fois cette transformation des V
bouille repérés aux Figures 4 et 5 effectuée, cette proportionnalité des V
osmoactif et V
bouillie est reproduite graphiquement à la Figure 7 ; à noter qu'elle ne dépends pas de la
concentration et ou des dose-hectare des produits, mais seulement de leurs poids moléculaire
(PM ; g/mol), soit ici et à titre d'exemple de 80 à 113.
[0057] Selon la Figure 7, le pouvoir osmogène des sels est de 40 à 60 fois, selon le PM
du sel fertilisant, plus important que celui des protéines bactériennes. Or, cela
est cohérent avec une PM
moyen aux alentours de 5 000 (5 kDa) pour l'
ensemble des protéines et/ou peptides bactériens. En effet, bien que le poids usuel d'une
protéine bactérienne est plus élevé, de l'ordre de 10 à 12 kDa, cela ne comprend que
les protéines complètement assemblées. Le cytosol bactérien est en effet composés
non seulement de telles protéines
fonctionnelles, mais aussi et surtout de leurs parties nécessairement plus petites.
Impacts agronomiques escomptés (voir aussi data Bonaterrea et al. 2007)
[0058] L'application agronomique de l'invention permettra d'induire en temps utile l'osmotolérance
des BFCP expressément isolées et produites à cet effet, et cela tout en préservant
l'intégrité des cellules bactériennes ainsi plus osmotolérantes au moment de leur
application
in situ (in folio). En effet, l'osmotolérance bactérienne est souvent assez transitoire, ou moins non
constitutive ; la valorisation agronomique est donc souvent problématique en raison
d'un décalage entre le moment d'application foliaire de tels inoculum et l'activation
métabolique de la cellule, y compris de son osmotolérance. De plus, cette osmotolérance
est particulièrement requise si ladite application foliaire ce fait conjointement
à celle de sels fertilisants ; l'évaporation de l'eau à la surface du feuillage va
ainsi très rapidement concentrer les sels provoquant une importante pression osmotique
subie par les bactéries.
[0059] Ce type de BFCP
a priori osmotolérantes, voire encore plus avantageusement chitinolytiques, et maintenant
induites statiquement seront d'autant plus efficaces entant qu'agents fongistatiques,
stomatoactifs capables par exemple d'augmenter la conductivité
stomatique (g
s ; mole/m
2/sec).
[0060] A titre illustratif à ce stade, voir ici la Figure 2 résumant graphiquement les données
de Bonaterra
et al. 2005 et 2007. Les deux expérimentations concernent des bactéries osmo - adaptées
à 0,5 M
NACl (figure du haut ; data Bonaterra 2005) et 0,7 M
NaCl (figure du bas ; data Bonaterra 2007). A titre illustratif j'ai donc placé une courbe
(en pointillé) escomptant la survie de telles bactéries dont l'osmolarité de la suspension
(bouillie) aurait été ajusté en fonction de leurs l'osmolarités de croissance (OSMc)
au sens de la présente invention. A noter enfin que ces cinétiques décrivent la mortalité
bactérienne due à la dessiccation
in vitro ; celle ci est parfaitement corrélée à la survie
in vivo (in folio) de telles bactéries (
eg. Bonaterra
et al. 2007, figs. 3b et 3e ) et sert donc souvent ainsi de mesure de substitution.
SIGLES ET DEFINITIONS
[0061]
BFCP : |
bactéries favorisant la croissance des plantes |
mOSM : |
milli-osmolarité |
SDN : |
stimulation des défenses naturelles (de la plante) |
OSMc : |
osmolarité ce croissance |
GG : |
glucosyl-glycérol |
OSMp : |
osmolarité de plasmolyse |
GGate : |
glucosyl-glycérate |
Vc (Vc,min) : |
volume cellulaire (aqueux), minimum |
GgpS : |
GG phosphate synthase |
Vbouillie : |
volume (L) de la bouillie pulverisable |
GgpP : |
GG phosphate phosphatase |
Vosmoactif : |
volume osmoactif du cytosol bactérien |
NAGGN : |
N-acetylglutaminylglutamine amide |
Vnonosmoactif : |
volume non-osmoactif du cytosol bactérien |
CMC : |
carboxy-methyl-cellulose |
|
|
Facteur de concentration : inverse du rapport entre la (milli-)osmolarité (mOSM) de la bouillie pulvérisable
et le seuil critique osmolaire préétabli induisant la production et/ou la suraccumulation
d'osmolytes compatibles. Il permet d'établir de facto le volume de la pré-bouillie.
Pré-bouillie : mélange de sels fertilisants osmogènes, et éventuellement d'inocula dans un volume
d'eau inférieur par un certain facteur de concentration à celui de la bouillie pulvérisable.
Bouillie pulvérisable : mélange de sels osmogènes dans un volume d'eau préconisé pour leur application
foliaire.
in baco : directement dans le bac du pulvérisateur (cf. in vitro, in situ, in planta, in silico, in saco, etc.)
Induction statique : mécanisme d'adaptation des cellules bactériennes à des stresses - osmotique en particulier,
par simple exposition, sans croissance des populations. En principe l'induction statique
est à opposée à l'induction dynamique à de tels stresses suite à la croissance des population en milieux de culture enrichis.
(milli-)Osmolarité (mOSM) : somme théorique des pressions osmotiques attribuable à l'ensemble des molécules
ioniques et/ou ou osmotiquement actives dans une solution. A ne pas confondre avec
l'osmolaité, i.e. la pression osmotique de ladite solution telle que mesurée, et ne pouvant être calculée.
Osmola(r)ité de croissance / de plasmolyse : l'osmolarité des milieux de culture lors de la croissance des bactéries est dite
osmolarité de croissance (OSMc). Celle-ci dictera l'osmolarité de plasmolyse (OSMp),
mesure obtenue par titrage - NaCl (Cayley et al. 2000) indiquant le niveau d'osmo-tolérance d'une bactérie ainsi capable de réduire
au maximum son volume cellulaire avant d'imploser définitivement.
Osmotolérance : état induit d'un (micro)organisme, une bactérie non sporulante par exemple, lui permettant
survivre, voire activement, à un stress osmotique non bactéricide bien que potentiellement
bactériostatique.
Halophilie : état constitutif d'un (micro)organisme, une bactérie non sporulante par exemple,
lui permettant survivre, voire activement, à un stress osmotique non bactéricide bien
que potentiellement bactériostatique.
Osmolyte compatible : molécule osmotiquement actives mais non ou peu toxique pour la cellule microbienne
ou végétale prélevée par celle-ci en réponse à une pression osmotique de façon à permettre
l'exclusion d'osmolytes plus toxiques - tel que sodium ou le chlore, tout en maintenant
une pression intracellulaire viable.
Phyllosphère : surface et tissus histologiques superficiels des feuilles (feuillage) ; ne pas confondre
avec phylloplan désignant que la surface des feuilles.
REFERENCES
[0062]
Bollet, C., A. Davin-Regli et P. De Micco. 1995. A Simple Method for Selective Isolation
of Stenotrophomonas maltophilia from Environmental Samples. Appl. Environ. Microbiol.
61: 1653-54
Bonaterra, A, J Camps et E Montesinos. 2005. Osmotically induced trehalose and glycine
betaine accumulation improves tolerance to desiccation, survival and e□cacy of the
postharvest biocontrol agent Pantoea agglomerans EPS125. FEMS Microbiol. Lett. 250:
1-8
Bonaterra, A., J. Cabrefiga, J. Camps et E. Montesinos. 2007. Increasing survfival
and efficacy of bacterial biocontrol agent of fire bligth of rosaceaous plants by
meands of osmoadaptation. FEMS Microbiol. Ecol. 61 : 185-195.
Cayley, DS., HJ. Guttman et MT. Record, Jr. 2000. Biophysical characterization of
changes in amounts and activity of E. coli cell and compartment water and turgor pressure
in response to osmotic stress. Biophycisal. J. 78 : 1748-1764.
Cayley, DS, BA. Lewis, HJ. Guttman et MT. Record, Jr. 1991. Characterization of the
cytoplasm of Escherichia coli K-12 as a function of external osmolarity : implications
for protein - DNA interactions in vivo. J. Mol. Biol. 222 : 281-300.
Crossman, LC., VC Gould, JM Dow, GS Vernikos, a Okazaki, M Sebaihia, D Saunders, C
Arrowsmith, T Carver, NP, E Adlem, a Kerhornou, a Lord, L Murphy, K Seeger, R Squares,
S Rutter, MA Quail, M-A Rajandream, D Harris, C Churcher, SD Bentley, J Parkhill,
NR Thomson and MB Avison. 2008. The Complete Genome, Comparative and Functional Analysis
of Stenotrophomonas maltophilia Reveals an Organism Heavily Shielded by Drug Resistance
Determinants. Genome Biology 2008, 9:R74.
Csonka, L.N. 1989. Physiological and genetic responses of bacteria to osmotic stress.
Microbiol. Rev. 53:121-147.
Dôtsch, A., J. Severin, W. Alt, EA. Galinski et J-U. Kreft. 2008. A mathematical model
for growth and osmoregulation in halophilic bacteria. Microbiology 154 : 2956-2969
Ellis, RJ. 2001. Macromolecular crowding : an important but neglected aspect of the
intracellular environment. Curr. Op. Struct. Biol. 11:114-119.
Ferjani, A., L. Mustardy, R. Sulpice, K. Marin, I. Suzuki, M. Hagemann et N. Murata.
2003. Glucosylglycerol, a Compatible Solute, Sustains Cell Division Under Salt Stress.
Plant Physiol. 131 : 1628-1637
Giesler, LJ. et GY. Yuen. 1998. Evaluation of Stenotrophomonas maltophilia Strain
C3 for Biocontrol of Brown Patch Disease. Crop Protect. 17:509-513
Goldman. S., K. Hecht, H. Eisenberg et M. Mevarech. 1990. Extracellular Ca2+-Dependent
Inducible Alkaline Phosphatase from the Extremely Halophilic Archaebacterium Haloarcula
marismortui. J. Bacteriol. 172 : 7065-70
Goude, R. S. Renaud, S. Bonnassie, T. Bernard et C. Blanco. 2004. Glutamine, Glutamate,
and□-Glucosylglycerate are the Major Osmotic Solutes Accumulated by Erwinia chrysanthemi
Strain 3937. Appl. Environ. Microbiol. 70 : 6535-6541
Gouesbet, G, A Trautwetter, S Bonnassie, LF Wu et C Blanco. 1996. Characterization
of the Erwinia chrysanthemi osmoprotectant transporter gene ousA. J. Bacteriol. 78
: 447-455.
Hagemann, M., K. Ribbeck-Busch, S. Klähn, D. Hasse, R. Steinbruch et G. Berg. 2008.
The Plant-Associated Bacterium Stenotrophomonas Rhizophila Expresses a New Enzyme
for the Synthesis of the Compatible Solute Glucosylglycerol. J. Bacteriol. 190 : 5898-5906
Hagemann, M. et N. Erdmann. 1994. Activation and Pathway of glucosyl glycerol Synthesis
in the Cyanobacterium Synechocystis Sp. Pcc 6803. Microbiology 140, 1427-1431
Heylen, K., B. Vanparys, F. Peirsegaele, L. Lebbe et P. De Vos. 2007. Stenotrophomonas
Terrae Sp. Nov. and Stenotrophomonas Humi Sp. Nov., Two Nitrate-Reducing Bacteria
Isolated from Soil. Intl. J. Syst. Evol. Microbiol. 57 : 2056-2061
Johan H., J. Leveau and Steven E. Lindow. 2001. Appetite of An Epiphyte: Quantitative
Monitoring of Bacterial Sugar Consumption In The Phyllosphere. Pnas, Vol. 98 No. 6,
P. 3446-3453
Juhnke, ME et E Des Jardin. 1989. Selective mdeium for isolation of Xanthomonas maltophilia
from soil and rhizosphere environments. Appl. Environ. Microbiol. 55 : 747-750.
Kobayashi, DY, RM. Reedy, JA Bick et PV Oudemans. 2002. Characterization of a Chitinase
Gene from Stenotrophomonas maltophilia Strain 34S1 and Its Involvement in Biological
Control. Appl. Environ. Microbiol. 68 : 1047-1054
Kobayashi, DY., M. Guglielmoni et BB. Clarke. 1995. Isolation of the Chitinolytic
Bacteria Xanthomonas maltophilia and Serratia marcescens As Biological Control Agents
for Summer Patch Disease of Turfgrass. Soil Biol. Biochem. Vol.2 7. No. 1 I, Pp. 1479-1487,
1995
Klähn, S., DM. Marquardt, I. Rollwitz et M. Hagemann. 2008. Expression of the Ggpps
Gene for Glucosylglycerol Biosynthesis from Azotobacter vinelandii Improves the Salt
Tolerance of Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot. Doi:10.1093/Jxb/Erp030, Jxb.Oxfordjournals.Org
Klähn, S, A Höhne, E Simon et M Hagemann. 2010. The Gene SsI3076 Encodes a Protein
Mediating the Salt-Induced Expression of Ggps for the Biosynthesis of the Compatible
Solute Glucosylglycerol in Synechocystis Sp. Strain Pcc 6803. J. Bacteriol. 192: 4403-4412
Kobayashi, DY., RM. Reedy, JB. Bick et PV. Oudemans. 2002. Characterization of a Chitinase
Gene from Stenotrophomonas maltophilia Strain 34s1 and Its Involvement in Biological
Control. Appl. Environ. Microbiol., P. 1047-1054 Vol. 68, No. 3
Kurz, M. AY. Burch, B. Seip, SE. Lindow et H. Gross. 2010. Genome-Driven Investigation
of Compatible Solute Biosynthesis Pathways of Pseudomonas Syringae Pv. Syringae and
Their Contribution to Water Stress Tolerance. Appl. Environ. Microbiol. 76: 5452-5462
Madkour, MA., L. Tombras Smith et GM. Smith. 1990. Prefernetial osmolyte accumulation
: a mechanism of osmotic stress adaptation in diazotrophic bacteria. Appl. Environ.
Microbiol. 56 : 2876-2881.
Marin, K., J. Huckauf, S. Fulda et M. Hagemann. 2002. Salt-Dependent Expression of
Glucosylglycerol-Phosphate Synthase, Involved in Osmolyte Synthesis in the Cyanobacterium
Synechocystis Sp. Strain Pcc 6803t. J. Bacteriol. 184: 2870-2877.
Metcalfe, AC., M. Krsek, G. W. Gooday, J. I. Prosser, and E. M. H. Wellington. 2002a.
Molecular Analysis of a Bacterial Chitinolytic Community in an Upland Pasture. Appl.
Environ. Microbiol. 68 : 5042-5050.
Metcalfe, AC., N. Williamson, M. Krsek et EHH. Wellington. 2002b. Molecular Diversity
Within Chitinolytic Actinomycetes Determined by in situ Analysis. Actinomycetol. 17:18-22
Miller, K.J. et J.M. Wood. 1996. Osmoadaptation by rhizosphere bacteria. Annu. Rev.
Microbiol 50 :101-136.
Murty, MG. 1984. Phyllosphere of cotton as a habitat for diazotrophic microorganisms.
Appl. Environ. Microbiol. 48: 713-718
Palleroni, N et JF Bradbury. 1993. Stenotrophomonas, a new bacteria genus for Xanthomonas
maltophilia (Hugh 1980) Swings et al. 1983. Intl. J. Syst. Bacteriol. 43 : 606-609.
Pilizota T, Shaevitz JW (2012) Fast, Multiphase Volume Adaptation to Hyperosmotic
Shock by Escherichia coli, PLoS ONE 7(4): e35205. doi:10.1371/journal.pone.0035205
Purvis, JE., LP. Yomano et LO Ingram. 2005. Enhanced trehalose production improves
growth of Escherichia coli under osmotic stress. Appl. Environ. Microbiol. 71 : 3761-3769.
Sabaratnam, S et GA Beattie. 2003. Differences Between Pseudomonas Syringae Pv. Syringae
B728a and Pantoea agglomerans Brt98 In Epiphytic and Endophytic Colonization of Leaves.
Appl. Environ. Microbiol. 69 :1220-1228
Schnider-Keel, U., K. Bang Lejbolle, E. Baehler, D. Hass et C. Keel. 2001. The sigma
factor AlgU (AlgT) controls exopolysaccharride production and tolerance towards osmotic
stress in the biocontrol agent Pseudomonas fluorescens CHAO. Appl. Environ. Microbiol.
67 (12) : 5683-5693.
Sleator, RD et C Hill. 2001. Bacterial osmoadaptation : the role osomolytes in bacterial
stress and virulence. FEMS Microbiol. Rev. 26: 49-71.
Spitzer J. 2011. From Water and Ions to Crowded Biomacromolecules: In Vivo Structuring
of a Prokaryotic Cell. Microbiol Molec. Biol. Rev. 75(3): 491-506
Wolf, A., A. Fritze, M. Hagemann et G. Berg. 2002. Stenotrophomonas rhizophila Sp.
Nov., a Novel Plant-Associated Bacterium with Antifungal Properties. Intl. J. Syst.
Evol. Microbiol. 52 : 1937-1944
Wood, JM. 1999. Osmosensing by bacteria : signals and membrance - based sensors. MMBR
63 : 230.
Yoon, J-H, S-J Kang, HW Oh et T-K Oh. 2008. Stenotrophomonas dokdonensis Sp. Nov.,
Isolated from Soil. Intl. J. Syst. Evol. Microbiol. 56, 1363-1367
Zimmerman, SB. et SO Trach. 1991. Estimation of macromolecule concentration and excluded
volunme effects fo r the cytoplasm of Escherichia coli. J. Mol. Biol. 222 : 599-620.