[0001] Die Erfindung betrifft einen kompakten, schnellen, ThermoCycler mit Wärmereservoir
und ein Verfahren zur schnellen Temperierung von Proben zum beschleunigten, miniaturisierten
Kühlen und Heizen vorzugsweise in der medizinischen Diagnostik und Bioanalytik, insbesondere
in der Fluoreszenzmikroskopie, um enzymatische Reaktionen und molekulare Interaktionen
thermisch zu starten, zu steuern oder zu beenden. Beispielhaft ist hier die Polymerasekettenreaktion
(PCR) benannt, welche Nukleinsäuren (Ribonukleinsäure [RNS/RNA], Desoxyribonukleinsäure
[DNS/DNA]) - Abschnitte vervielfältigt und auf diese Weise dem Nachweis u. a. von
Viren, Bakterien und bestimmten Genabschnitten, Messenger-RNA oder Micro-RNA dient.
[0002] Klassischerweise sind eine Reihe unterschiedlicher Anordnungen zum Aufbau von ThermoCyclern
bekannt. Immer wieder wurden Lösungsideen zum beschleunigten, miniaturisierten Kühlen
und Heizen publiziert, ohne dass der Wunsch nach noch höherer Geschwindigkeit sowie
Präzision der Temperaturverläufe und die Exaktheit der Temperatursteuerung vollumfänglich
erfüllt wurden. Zur Erhöhung der Geschwindigkeit wurden zur PCR-Analyse, sowie des
damit einhergehenden Fertigungsaufwandes in der Vergangenheit zahlreiche Lösungen
entwickelt und teilweise auch schutzrechtlich gesichert. So gibt es ULTRA FAST PCR
-Geräte, welche dünne Röhrchen oder Kanäle in Verbindung mit temperierten Flächen
zur Wärmeübertragung einsetzen. Solche sind beispielsweise unter der Adresse https://www.nextgenpcr.com/
im Internet zu finden.
[0003] Ein weiterer Lösungsansatz nutzt nano-Partikel zur Umhüllung der PCR- bzw. mRNA-Substanz
und zu deren abwechselnder schneller Kühlung und Erwärmung. Dies ist zu finden unter
der Adresse
https://www.eurekalert.orgfpub releases/2020-12/ifbs-doh120720.php.
[0004] Schnelle Temperaturwechsel lassen sich des Weiteren auch mit geeigneten zirkulierenden
kalten und warmen Flüssigkeiten erreichen, wie in der Lösung gemäß der
EP 000002535427 A2 vorgeschlagen.
[0005] Als sogenannter Goldstandard hat sich der Einsatz von Peltier-Elementen zum Heizen
und Kühlen etabliert, da sich damit die Temperaturverläufe und die Exaktheit der Temperatursteuerung
am besten beherrschen lassen. Der Einsatz von Peltier-Elementen, welche sich seit
langem bekanntermaßen durch hervorragende Regelbarkeit auszeichnen, ist bereits seit
1987 aus dem
Patent US 4,639,883 bekannt. Eine andere bekannte Lösung besteht im Einsatz diskreter Peltier-Elemente,
welche nach dem Stand der Technik mittels Wärmeleitpasten oder Wärmeleitklebern mit
den weiteren separaten Komponenten des ThermoCyclers verbunden sind. So setzt beispielsweise
die
EP 1 090 141 B1 einen Heizblock und separate Peltier-Elemente sowie einem Kühlkörper ein. Für klassische
ThermoCycler wurden verschiedene physikalische Effekte zum Heizen und Kühlen vorgeschlagen,
welche teilweise auch großtechnisch genutzt werden. Im Zuge des Wunsches nach immer
kürzeren Zeiten des Amplifikationszeitraums ermangelt es insbesondere neueren, relativ
schnell arbeitenden Lösungen trotzdem an Sensitivität und präziser Quantifizierbarkeit.
[0006] In der
CN111521805 B ist beispielsweise als anderweitige technische Lösung ein neuartiges 2019-Coronavirus-Antigen-Nachweisreagenz
und ein zugehöriges Herstellungsverfahren beschrieben. Das Nachweisreagenz besteht
aus einem Probenpad, einem Konjugatpad, einer NC-Membran und einem Absorptionspad.
Das Produkt ist einfach und bequem zu bedienen, hat eine kurze Erkennungszeit, eine
hohe Empfindlichkeit und eignet sich gut für groß angelegte Voruntersuchungen primärer
medizinischer Einrichtungen und zentraler Ausbruchsgebiete epidemischer Situationen.
Allerdings ist die isothermale Amplifikation weniger empfindlich als die diagnostischen
klassischen quantifizierbaren QPCR-Tests. Weiterhin ist bei derartigen Tests nachteilig,
dass die falsch-negativen Ergebnisse relativ hoch sind und keine quantitativen Ct-Werte
geliefert werden.
[0007] Ein anderer Schnelltest nach der isothermalen DNA-Amplifikation ist aus der
US7829691 B2 bekannt. Dabei erfolgt eine zielspezifische Hybriderfassung (TSHC) als eine Nukleinsäure-Nachweismethode,
die nicht nur schnell und empfindlich ist, sondern auch hochspezifisch und in der
Lage ist, hoch homologe Nukleinsäure-Zielsequenzen zu unterscheiden. Die Methode erzeugt
DNA/RNA-Hybride, die mit verschiedenen Methoden nachgewiesen werden können. Diese
isothermale PCR-Testung ist weniger empfindlich als die diagnostischen klassischen
quantifizierbaren QPCR-Tests. Falsch-negative Ergebnisse liegen dabei im Bereich von
5%.
[0008] Als weitere Literaturstellen zum Stand der Technik werden folgende genannt:
- 1. Rödiger, S, Schierack, P, Böhm, A, Nitschke, J, Berger, E, Frömmel, U, Schmidt, C,
Ruhland, M, Schimke, I, Roggenbuck, D, Lehmann, W and Schröder, C (2012) A Highly
Versatile Microscope Imaging Technology Platform for the Multiplex RealTime Detection
of Biomolecules and Autoimmune Antibodies. Adv Biochem Engin/Biotechnol. DOI: 10.1007/10_2011_132
- 2. Rödiger, S, Lehmann, W, Schröder, C, Schierack, P (2013) Bead-Technologien. Mikropartikelsysteme
für die Nukleinsäurediagnostik. BIOspektrum, 153-156.
- 3. Hanschmann, H, Rödiger, S, Kramer, T, Hanschmann, K, Steidle, M, Fingerle, V, Schmidt,
C, Lehmann, W, and Schierack, P (2021) LoopTag FRET Probe System for Multiplex qPCR
Detection of Borrelia Species. Life 2021, 11, 1163. https://doi.org/10.3390/life11111163
[0009] Der Erfindung liegt die Aufgabe zu Grunde, einen kompakten Präzisions-ThermoCycler
mit Wärmereservoir und ein Verfahren zur schnellen Temperierung von Proben, d. h.
zum schnellen, miniaturisierten Kühlen und Heizen zu schaffen, wobei der ThermoCycler
eine lange Lebensdauer besitzt, das Verfahren eine höhere Geschwindigkeit der PCR-
bzw. mRNA-Analyse ermöglicht, präzisere genau definierbare schnell regelbare Temperaturverläufe
garantiert, die Exaktheit der Temperatursteuerung verbessert, der ThermoCycler ein
kleines Volumen beansprucht, einfach handhabbar ist, welcher sich energieökonomisch
betreiben lässt und welcher sich insbesondere in der Fluoreszenzmikroskopie einsetzen
lässt.
[0010] Die Aufgabe wird mit den Merkmalen des Oberbegriffs und des kennzeichnenden Teils
des ersten und vierzehnten Patentanspruches gelöst. Weitere vorteilhafte Ausgestaltungen
sind in den abhängigen rückbezüglichen Unteransprüchen beschrieben. Erfindungsgemäß
ist in dem neuartigen kompakten Präzisions-ThermoCycler zum beschleunigten, miniaturisierten
Kühlen und Heizen in der medizinischen Diagnostik ein erstes metallisches Wärmereservoir
1, welches in der Regel als plattenförmige Trägerbasis ausgebildet ist, eingebaut
und angeordnet, so dass mittels einer Temperaturregelung und separaten Heizelementen,
wie Peltier-Elemente 7, dieses auf eine optimierte Temperatur (z.B. 40° C) eingestellt
werden kann. In dem ersten Wärmereservoir 1 sind eine, zwei oder mehrere Kavitätenleisten
10 angeordnet. In den Kavitätenleisten 10 sind wiederum mehrere durchgehend offene
Probenaufnahmeöffnungen 14 oder planare Auflagenflächen verteilt angeordnet. Auf diesem
Wärmereservoir 1 können wahlweise mindestens ein, zwei oder mehrere Kühlblöcke 2 aufgebracht
sein. Dabei sind das Wärmereservoir 1 und der/die Kühlblöcke 2 thermisch gekoppelt.
In dem Versorgungs- und Regelblock 3 ist mindestens ein Mikrorechner 4 integriert.
Im Inneren jeder Kavitätenleiste 10 oder anordenbaren Entwärmungsleisten sind ein,
zwei oder mehrere thermisch angekoppelte Heat-Pipes 6 angeordnet. Das Wärmereservoir
1 ist direkt mit einer flächigen Seite der Peltier-Elemente 7 verbunden. Die andere
flächige Seite der Peltier-Elemente 7 ist thermisch direkt mit den Kavitätenleisten
10 verbunden. Im oder am Wärmereservoir 1 und an den Kavitätenleisten 10 sind je ein,
zwei oder mehrere Temperatursensoren 11 angeordnet. Das erste Wärmereservoir 1 oder
weitere angeordnete Wärmereservoire können in Richtung eines verfahrbaren xyz-Objekttisches
12 thermisch isoliert ausgebildet sein. Bei mehreren angeordneten Kavitätenleisten
10 können verschiedene Temperaturzonen ausbildbar sein. Die Kavitätenleisten 10 anderer
Temperaturzonen werden durch einen Isolator 9, welcher streifenförmig ausgebildet
sein kann, voneinander getrennt sein. Alle Teile sind auf einem zwei- oder dreiachsig
verfahrbaren geführten Objekttisch-Adapter 8 angeordnet.
[0011] Erfindungsgemäß können beim kompakten Präzisions-ThermoCycler neben dem ersten Wärmereservoir
1 bevorzugt auch ein zweites Wärmereservoir 5 oder zusätzliche weitere Wärmereservoire
angeordnet werden, um die Thermozyklen an eine erforderliche probenspezifische möglichst
schnelle Temperierung anzupassen.
[0012] Vorteilhafterweise kann die erfindungsgemäße Lösung auf zwei- oder dreiachsig verfahrbaren
xyz-Objekttische 12 oder Objekttisch-Adapter 8 marktüblicher Fluoreszenzmikroskope
oder eines Pipettierautomaten in Kopplung mit einem Fluoreszenzmikroskop mit Blickrichtung
13 aufgesetzt werden.
[0013] Des Weiteren besteht das erste Wärmereservoir 1 und/oder die Kavitätenleiste 10 aus
schnell wärmeleitenden Materialien wie aus Silber, Kupfer oder Aluminium und das zweite
Wärmereservoir 5 besteht aus Nichtmetallen mit Phasenübergang (PCM-Material), welches
eine hohe Wärmespeicherfähigkeit besitzt und mit einer vergrößerten Oberfläche ausgebildet
ist.
[0014] Beim kompakten Präzisions-ThermoCycler sind die durchgehend offenen Probenaufnahmeöffnungen
14 in der/den Kavitätenleisten 10 kegelförmig ausgebildet, wobei in diese transparente,
thermostabile Reaktionsgefäße mit planarem Boden kraftschlüssig einsteckbar sind oder
auf die planare Auflagefläche transparente, planare, thermostabile Objektträger oder
Biochips auflegbar sind. Das ermöglicht die Analyse unterschiedlichster Proben mit
verschieden Arten von Probenbehältern.
[0015] In einer besonderen Ausführung kann über der/den Kavitätenleisten 10 eine beheizbare
Beschwerungsplatte angeordnet werden, um einer Kondensatbildung entgegen zu wirken.
[0016] Beim kompakten Präzisions-ThermoCycler bestehen das oder die Peltier-Elemente 7 aus
Keramik- oder Metall-Platten, welche durch Löten, Kleben oder Pressen mit der/den
Kavitätenleisten 10 und andererseits zum Wärmereservoir 1 zur Gewährleistung eines
schnellen und verlustarmen Wärmeflusses kraft- und wärmeschlüssig verbunden sind.
Vorteilhafterweise ist zwischen den verschiedenen Temperaturzonen eine zusätzliche
Isolation 9 anzuordnen.
[0017] Es ist möglich, dass im Inneren der Kavitätenleiste 10, des Wärmereservoirs 1, oder
anordenbaren Entwärmungsleisten Wärmeleiter Heat-Pipes 6, Wärmefolien, Wärmeleitpasten,
Heat-Spreader und/oder Vapor-Chambers eingebettet werden.
[0018] Beim erfindungsgemäßen kompakten Präzisions-ThermoCycler können bei Bedarf beidseitig
der Kavitätenleisten 10 Peltier-Elemente 7 angeordnet werden um den Wärmeeintrag oder
die Wärmeabführung zu verbessern.
[0019] Vorteilhafterweise können beim kompakten Präzisions-ThermoCycler eine oder mehrere
Kavitätenleisten 10 eine Temperaturzone bilden, welche streifenförmig verteilt sind
und durch thermische Isolatoren 9 voneinander getrennt sind. Im Inneren einer Kavitätenleiste
10 können mehrere Heat-Pipes 6, Heat-Spreader und/oder Vapor-Chambers eingebettet
sein, um den Wärmeübergang zum Wärmereservoir 1 und die Ausbreitungsgeschwindigkeit
der Wärmeströme beim Heizen und Kühlen zu beschleunigen.
[0020] Kompakte Präzisions-ThermoCycler können in einer Gerätekonfiguration mit einem automatisierten
inversen oder aufrechten Licht- oder Fluoreszenzmikroskop arbeiten, wobei die Gerätekonfiguration
aus einem kompakten Präzisions-ThermoCycler mit angeordneten Mikroskopadapter, einer
licht- oder fluoreszenzmikroskopischen Optik, einer Kamera, einem zwei oder dreiachsig
verfahrbaren, motorisierten xyz-Objekttisch 12 und einer verbundenen und angeschlossenen
Steuer- und Auswertesoftware besteht, um Proben automatisiert in Abstimmung mit dem
vollautomatischen Mess- und Auswerteprozess zu temperieren.
[0021] Kompakte Präzisions-ThermoCycler können in einer Gerätekonfiguration mit einem automatisierten
inversen oder aufrechten Licht- oder Fluoreszenzmikroskop arbeiten, wobei eine vorgelagerte
Station zur Probenbestückung in die Kavitäten (Probenaufnahmeöffnungen 14), eine Transportvorrichtung
(Tray, Fließband) zum gezielten Verfahren und Positionieren eines, oder zweier oder
mehrerer kompakter Präzisions-ThermoCycler angeordnet ist und zur Analyse eine zweite
Station mit mindestens einem Mikroskop, und einer Auswerteeinrichtung, wie bzw. einer
Kamera ausgestattet ist.
[0022] Beim erfindungsgemäßen Verfahren zur schnellen und präzisen Temperierung von Proben
in Reaktionsräumen zur Durchführung und Auswertung von Polymerasekettenreaktionen
(PCR-Tests) mit einem kompakten Präzisions-ThermoCycler werden die Kavitätenleisten
10 kraftschlüssig mit Reaktionsräumen, die mindestens die Reaktionslösung und/oder
eine Probe enthalten, bestückt. Die Temperierung erfolgt über wärmeschlüssig verbundene
Wärmeleiter multidirektional zwischen Probe, Kavitätenleiste 10, Peltier-Element 7,
Wärmereservoir 1 und einem ggf. zweiten Wärmereservoir 5 energiesparend und steuerbar,
so dass während aufeinanderfolgender Heiz- und Kühlzyklen eine Rekuperation erfolgt.
Dadurch ist es möglich, dass bedarfsangepasst Wärme beschleunigt passiv oder aktiv
an ein Umgebungsmedium, wie beispielsweise die Umgebungsluft abgegeben werden kann.
Im Prinzip kann aber auch unter einem anderen Schutzmedium analysiert werden. Mit
dem erfindungsgemäßen Verfahren werden Reaktionslösungen, Reaktionsgele, Reaktionsfestkörper
oder Reaktionsgase thermocyclisch, isothermal oder durch einen Temperaturgradienten
qualitativ und quantitativ schnell temperiert, um chemische und oder enzymatische
Reaktionen, Kristallisationen, molekulare Interaktion bzw. Konformationsänderungen,
das Wachstum von Zellen, Geweben oder
[0023] Mikroorganismen, Fluoreszenzmessvorgänge, Phasenübergänge, Lösungsvorgänge, Ablösungsvorgänge,
Hybridisierungen oder Dehybridisierungen, Antikörper-/Antigenbindungen bzw. -dissoziationen
thermisch zu starten, zu steuern oder zu beenden. Der erfindungsgemäße kompakte Präzisions-ThermoCycler
ermöglicht es, Reaktionslösungen thermisch zu starten, geeignet zu steuern oder verfahrensgenau
zu beenden, um Polymerasekettenreaktionen, Ligasekettenreaktionen, isothermale Nukleinsäureamplifikationen,
sowie Schmelzkurvenanalysen von Nukleinsäuren und Proteinen durchzuführen. Im integrierten
Mikrorechner 4 ist eine Steuerungssoftware mit umfassenden Algorithmen hinterlegt,
welche das Verfahren so steuert, dass die Wärme sehr verlustarm und schnell aus dem
Wärmereservoir 1 über das Wärmeleitsystem und aus dem Peltier-Element 7 in die Probe
eingetragen und wieder zurück in das Wärmereservoir 1 oder die jeweils angeordneten
Wärmereservoire abgeführt werden kann, um schnelle Thermozyklen in der Probe möglichst
energiesparend zu realisieren.
[0024] Vorteilhafterweise wird beim erfindungsgemäßen Verfahren das Wärmereservoire 1 und
5 auf eine Temperatur zwischen dem oberen Temperaturniveau (Denaturierung bei 94-96°
C) und der Raumtemperatur (bei 25° C) eingestellt und die geringen zu überbrückenden
Temperaturdifferenzen werden mittels Peltier-Elementen 7 geregelt.
[0025] Der Vorteil der erfindungsgemäßen Lösung liegt insbesondere darin, dass die beim
Betrieb der Peltier-Elemente 7 auftretende Verlustwärme nicht wie bisher bei jedem
Zyklus durch intensives Kühlen abgeführt wird, sondern direkt im ThermoCycler zwischen
gespeichert wird, denn es ist aufwendig und teuer, größere Wärmemengen immer wieder
abzuführen (Kühlen) und nachfolgend erneut wieder zuzuführen (Heizen). Diese Wärmeströme
zum Wärmereservoir 1 hin und vom Wärmereservoir 1 weg in Verbindung mit einer direkten
Zwischenspeicherung verringern die zum Betrieb erforderliche Energie erheblich, so
dass ein Rekuperationseffekt auftritt. Neben einer Energieeinsparung kann die gesamte
Anordnung zudem erheblich verkleinert und sehr kompakt ausgeführt werden. Außerdem
verringert sich durch die offenbarte Erfindung die thermische Materialbelastung aller
Komponenten insbesondere der Peltier-Elemente 7. Neben dem Nutzen durch Energie- und
Kosteneinsparung vergrößert sich zusätzlich die Lebensdauer, wenn der kompakte Präzisions-ThermoCycler
in ein durch ein Gehäuse geschlossenes mikroskopisches Messinstrument integriert wird,
welches bekanntermaßen empfindlich auf Temperaturschwankungen reagiert. Je höher der
Energieeintrag in das Messgerät ausfällt, umso aufwändiger wird die aktive Kühlung
des Messgerätes durch zusätzliche Kosten bei der Konstruktion und des Betriebs. Im
Routinelabor sind die negativen Auswirkungen auf das Arbeitsumfeld durch Abwärme und
Lüftergeräusche wohlbekannte Störungen.
[0026] Durch die erfolgte Verkleinerung der von den Peltier-Elementen zu überstreichenden
Temperaturunterschiede steigt deren Wirkungsgrad. Das Wärmereservoir 1 kann in einfacher
Art und Weise auf eine optimierte Temperatur eingestellt werden. Die optimale Temperatur
(z.B. 40°C) ergibt sich jeweils aus der Dauer der Heiz- und Kühlzyklen sowie den erforderlichen
Temperaturdifferenzen unter dem Aspekt eines minimalen Wärmetransfers. Der Effekt
der Rekuperation entfaltet seine Wirkung vor allem bei optimaler Temperaturregelung,
d. h. bis zu dem vom Wirkungsgrad der Peltier-Elemente 7 begrenzten Maß beim Kühlen.
[0027] Ein weiterer wesentlicher Vorteil ist, dass die beim Kühlen auftretenden Verlustleistungsspitzen
schnell in ein metallisches (beispielsweise aus Silber, Kupfer oder Aluminium ) Wärmereservoir
1 abgeführt werden können. Im Bestreben nach noch schnelleren Temperaturwechseln kann
eine weitere Steigerung der Wärmespeicherkapazität durch Einsatz eines zweiten Wärmereservoirs
5, bestehend aus PCM-Material (Phase Change Material), erreicht werden. Hierbei nimmt
das metallische Wärmereservoir 1 insbesondere die kurzzeitigen Leistungsspitzen schnell
auf, während das zweite PCM-Wärmereservoir 5 relativ größere Wärmemengen zwischenspeichert.
Dabei ergibt sich ein insgesamt besseres Leistungs-/ Masse-Verhältnis, da das PCM-Material
gegenüber metallischen Ausführungen im relevanten Temperaturbereich wesentlich mehr
Wärmeenergie auf- bzw. abgeben kann.
[0028] Das PCM-Material lässt sich jeweils nach der optimal erforderlichen Wärmereservoir-Temperatur
auswählen. Um trotz der langsameren Wärmespeicherung im zweiten Wärmereservoir 5 genügend
Energie aus dem ersten Wärmereservoir 1 abzuleiten, wird die Kontaktoberfläche zwischen
beiden Reservoiren erhöht, indem Metallzapfen oder -rippen des ersten Wärmereservoirs
1 weit in das PCM hineinreichen. Das metallische erste Wärmereservoir 1 bestimmt maßgeblich
die Geschwindigkeit und Wirksamkeit der Gesamtanordnung.
[0029] Darüber hinaus kann die Wärmeausbreitungsgeschwindigkeit durch ein System von miteinander
verbundenen Wärmeleitern durch Einsatz von Heat-Pipes 6, Heat-Spreaders, Wärmefolien
oder Vapor-Chambers und metallischen konstruktiven Elementen, wie die Kavitätenleisten,
metallische Peltierelemente, Lötverbindungen wesentlich beschleunigt werden. Zum kompletten
Aufbau des ThermoCyclers gehören die Führung zum verfahrbaren Objekttisch-Adapter
8, Befestigungselemente und der Isolation zwischen den Temperaturzonen 9 und mehrere
Kavitätenleisten 10. Außerdem kann noch eine thermische Isolation in Richtung des
xyz-Objekttisches 12 angeordnet sein, damit beispielsweise ein Mikroskop nicht erwärmt
wird.
[0030] Die kompakte Bauweise und die geringen Abmessungen erlauben den einfachen Einsatz
in einer Vielzahl handelsüblicher Mikroskope. Im erfindungsgemäßen Verfahren erfolgt
die Kombination bevorzugt mit automatisierten Mikroskopen, so dass die Temperierung
und der Messprozess vollautomatisch softwaregesteuert und aufeinander abgestimmt ausgeführt
werden kann. Neben der bevorzugten mikroskopischen Auswertung der Probe ist es ebenso
möglich, den kompakten Präzisions-ThermoCycler selbst mit entsprechender Messtechnik
basierend auf optischer oder elektrischer Sensorik zu versehen. Diese Messtechnik
kann vollständig integriert werden, wird aber bevorzugt über den Mikroskopadapter
als unabhängiges Readermodul angeschlossen.
[0031] Die Kombination der schnellen thermocyclischen Temperierung von Reaktionsräumen mit
der Mikroskop-optischen Auswertung und insbesondere der Mehrfarben-Fluoreszenzmikroskopie
erlaubt eine Reihe von Untersuchungen an mikroskopischen Strukturen bei gleichzeitiger
Temperierung des Reaktionsraumes und somit auch der Mikrostrukturen, die bislang nicht
möglich oder zumindest nicht optimal möglich waren. Dies betrifft insbesondere fluoreszenzgekoppelte,
thermocyclische oder isothermale Reaktionen wie Multiplex-Realtime-PCR oder LAMP auf
Biochips und Beadassays z.B. zum Nachweis verschiedener Mikroorganismen oder molekularer
Tumormarker. Solche Multiplex-Nachweise können zusätzlich mit Schmelzkurvenanalysen
kombiniert werden, um die Bindungsstärke von Analyten wie z.B. die Avidität von Antikörpern
zu messen oder um Single Nucleotid Polymorphisms (SNP) in Genen zu analysieren. Zur
Durchführung von Schmelzkurvenanalysen werden Stufengradienten oder lineare Gradienten
bei gleichzeitiger stufenweiser oder kontinuierlicher Auswertung der Reaktion angewendet.
Durch das offenbarte Verfahren der Kopplung der eversen oder bevorzugt der inversen
Mehrfarben-Fluoreszenzmikroskopie mit einer thermischen Reaktionsführung können Zellen,
Gewebe bzw. Biomoleküle einzeln oder kombiniert in Multiplexsystemen bis hin zur Einzelmolekülauflösung,
also der optischen Auflösung von Nanostrukturen, untersucht werden. Es ist ebenso
möglich, die Mikroskopoptik so einzusetzen, dass die o.g. Reaktionen wahlweise auch
summativ ohne optische Auflösung der Mikro- und Nanostrukturen im Reaktionsraum gemessen
werden können. Alternativ ist es möglich, die Auswertung ähnlich, wie beim Stand der
Technik im einfachsten Falle durch eine Kombination von LED, optischen Filtern und
Photodioden durch eine einfache Fluoreszenzoptik zu gestalten und in Kombination mit
der erfindungsgemäßen Lösung und dem zugehörigen erfindungsgemäßen Verfahren zur schnellen
Temperierung von Proben z.B. PCR-Tests oder isothermale Amplifikationsreaktionen,
ohne bildgebende und bildanalysierende Verfahren anzuwenden und auszuwerten.
[0032] Der Gedanke der bildgebenden Auswertung thermozyklisch gesteuerter Reaktionen wurde
erstmals
von Lehmann et al. (EP2167964) beschrieben und als Funktionsmuster von Rödiger et al. (2012) am Beispiel eines
Einkavitätenzyklers umgesetzt. Für das moderne molekularbiologische Labor ist die
Auswertung einzelner Proben jedoch nicht ausreichend, um im Routinebetrieb eingesetzt
werden zu können. Rödiger et al. (2013) konnten zeigen, dass es möglich war, mit erheblichem
konstruktiven Aufwand bei der Wärmeabführung durch externe Kühlkörper einen ThermoCycler
für eine Kavitätenleiste mit 8 Kavitäten konstruktiv und baulich umzusetzen. Diese
Art des Wärmemanagements schloss jedoch eine weitere Integration von mindestens drei
jeweils 8 Kavitäten umfassenden Kavitätenleisten in einem ThermoCycler aus. Durch
den erfindungsgemäßen Aufbau des kompakten Präzisions-ThermoCyclers und das offenbarte
Verfahrens eines Wärmemanagements für ThermoCycler kann nun erstmals die Integration
von einer hinreichenden Anzahl von mikroskopierbaren Kavitätenleisten 10 in einem
ThermoCycler baulich umgesetzt werden, ohne die Standardmaße der Mikrotestplatten-Objektaufnahme
eines Mikroskops zu überschreiten. Durch die Verwendung von 4 Kavitätenleisten 10
mit jeweils 3 x 8 Kavitäten wird das 96-Wellformat erreicht, welches üblicherweise
in Routinelabors zum Einsatz kommt. Jede dieser Kavitätenleisten 10 kann individuell
in Form einer Temperaturzone temperiert werden.
[0033] Die erfindungsgemäße Vorrichtung soll an Hand der Fig. 1 und 2 in ihrem Aufbau und
ihrer Wirkungsweise näher erläutert werden. Fig. 1 zeigt die Explosionszeichnung eines
kompakten Präzisions-ThermoCyclers mit einem Wärmereservoir 1. Zur Abführung überschüssiger
Verlustwärme dient der Kühlblock 2, welcher vorteilhafterweise als ein Aggregat, bestehend
aus einem Alu-Vierkant-Profil mit integriertem Ventilator konstruiert ist. Damit das
erste Wärmereservoir 1 schnell die optimale Betriebstemperatur erreicht, ist das erste
Wärmereservoir 1 mit einer Bedarfsheizung 15 verbunden.
[0034] Sofern eine höhere Wärmespeicherfähigkeit und damit eine höhere Wärme-Rekuperation
(Wärmerückgewinnung) gewünscht ist, kann dem schnell wirkenden metallischen Wärmereservoir
1 ein oder mehrere Wärmereservoire aus PCM-Material 5 nachgeschaltet werden. In Kombination
von einem ersten Wärmereservoir 1 und mindestens einem zweiten Wärmereservoir 5 ergibt
sich ein sehr wirksames komplexes Wärmereservoir, welches die Eigenschaften hoher
Volumen- und Gewichtseffizienz, hohe Wärmeenergie-Speicherfähigkeit mit schneller
Wärmeleistungsaufnahme verbindet. Die an sich relativ langsame Lade- und Entladegeschwindigkeit
des PCM-Wärmespeichers 5 kann durch Vergrößerung der Kontaktoberfläche zwischen beiden
Reservoiren erheblich erhöht werden. Vorteilhafterweise wird dieser Effekt durch angeordnete
Metallzapfen oder -rippen des ersten Wärmereservoirs 1 erreicht, indem diese konstruktiv
so ausgebildet sind, dass diese weit in das PCM-Wärmereservoir 5 hineinreichen. Gleichzeitig
wird auf diese Weise gegenüber einer naheliegenden separaten Gestaltung der Wärmereservoire
eine unerwünschte Wärmedurchgangsfläche eliminiert.
[0035] Die Kavitätenleisten 10 enthalten konische Öffnungen (Kavitäten) zur Aufnahme der
Probengefäße, wie z.B.
Nucleolink-Module (Nunc). Der Winkel der Konen (z.B. 17,2°) ist so gewählt, dass die Probengefäße bei den zyklischen
Temperaturveränderungen durch Reibung selbsthemmend und kraftschlüssig in der Kavitätenleiste
10 gehalten werden. Damit wird eine gute, stabile Wärmeübertragung zwischen den Proben
über die Probengefäße und den Kavitätenleisten 10 gewährleistet.
[0036] Zur Kühlung und Heizung werden entsprechend dem Goldstandard der klassischen PCR-Technik
Peltier-Elemente 7 eingesetzt. Der Kennlinienverlauf der Temperatur in der Fig. 2
belegt die realisierte, hervorragende Exaktheit der Temperatursteuerung ohne nennenswerte
Überschwingungen in den Temperaturverläufen. Zur Verkürzung der Temperatur-Übergangszeiten
werden im Inneren der Kavitätenleisten 10 zusätzlich Heat-Pipes 6 eingebettet. Damit
wird die Geschwindigkeit der Temperaturübergänge real um eine Größenordnung erhöht.
[0037] Die an beiden Enden der Heat-Pipes 6 positionierten Peltier-Elemente 7 können bei
Bedarf die Wärmeübertragungsfähigkeit der Heat-Pipes 6 im Vergleich zum Einsatz einer
einseitig temperierten Heat-Pipe 6 bis zu vierfach, d.h. ganz erheblich vergrößern.
Und zwar indem von beiden Seiten ein Wärmestrom in die Kavitätenleisten 10 eingebracht
und zusätzlich der Weg des Wärmestromes halbiert wird.
[0038] Zur exakten Steuerung der Temperaturverläufe sind mehrere Temperatursensoren 11 angeordnet,
welche zumindest in jeder Kavitätenleiste 10 an einer Temperaturzone und am Wärmereservoir
1 geeignet befestigt sind. Die Steuerung der Energiezuführung in die Peltier-Elemente
7 erfolgt durch einen aufgesetzten Energieversorgungs- und Regelblock 3. Vorteilhafterweise
sind die entsprechenden Algorithmen in Form digitaler Regelung mittels eines in den
Energieversorgungs- und Regelblock 3 integrierten Mikrorechners 4 realisiert.
[0039] Auf Grund der kompakten sehr kleinen Bauweise kann der erfindungsgemäße ThermoCycler
direkt auf einen in die drei räumlichen Dimensionen verfahrbaren xyz-Objekttisch 12
eines üblichen Fluoreszenzmikroskopes (in Figur 1 nur schematisch angedeutet) montiert
werden. Mit einem realisierbaren Eigengewicht des erfindungsgemäßen ThermoCyclers
von ca. nur 1,5 kg lassen sich dem Stand der Technik entsprechende xyz-Tische von
Standardmikroskopen mit hoher Beschleunigungsrate und damit respektive sehr geringer
Verfahrzeit nutzen.
[0040] Fig. 1 zeigt die bevorzugte Blickrichtung eines Mikroskops 13, d. h. die Betrachtungsrichtung
des Mikroskops 13 ist von unten auf den Boden der Probengefäße und damit durch diese
hindurch auf die Proben gerichtet. Diese Blickrichtung erschließt den Vorteil, dass
sich bildgebende Partikel der Proben (z.B. Beads bei der Auswertung von Beadassays,
siehe Rödiger et al. 2012, Rödiger et al. 2017, Hanschmann et al. 2021), welche sich
am Boden der Probenbehälter sammeln und absetzen, somit in der Regel die Entfernung
der Partikel zum Mikroskop in engen Rahmen konstant ist. Damit wird eine wesentliche
Voraussetzung für die quantitative hochwertige PCR-Analyse durch Bereitstellung von
scharfen, kontrastreichen Bildern in Echtzeit erfüllt, aus denen letztlich die Extraktion
der Daten für die Auswertung von z.B. PCR- oder Schmelzkurvenanalysen erfolgt. Die
hiermit beschriebene optische Anordnung bezieht sich in erster Linie auf inverse Mikroskope.
Im Prinzip können mit der erfindungsgemäßen Lösung aber auch aufrecht stehende Mikroskope
eingesetzt werden, wenn dies z.B. für In situ-Untersuchungen an lebenden Zellen vorteilhaft
ist. Es kann auch gänzlich oder wahlweise auf die Bildgebung bei der Auswertung verzichtet
werden.
[0041] Bei temperierten Untersuchungen von Biochips, ggf. in Kombination mit einer Amplifikation,
können die Biochips auf die obere Auflagefläche der Kavitätenleisten 10 aufgelegt
werden. Durch die Öffnungen in den Kavitätenleisten 10 können dann je nach Skalierung
bis zu 96 Beobachtungspunkte genutzt werden. Weitere Ausgestaltungsmöglichkeiten dieses
Ansatzes sind die Auflage von geeigneten Objektträgern und die Anordnung von Biochips
und Objektträgern an der Unterseite der Kavitätenleisten 10 mittels einer einfachen
geeigneten Andrück- bzw. Ansaugoption.
[0042] Einen typischen Temperaturverlauf, welcher mit dem kompakten Präzisions-ThermoCycler
und mittels des erfindungsgemäßen Verfahrens für PCR-Zyklen erreicht wurde, zeigt
Fig. 2. Die drei Temperaturphasen des PCR-Zyklus werden in der erfindungsgemäßen Lösung
sehr schnell und nahezu ohne Überschwingen der Temperatur angefahren und somit sehr
stabil gehalten:
- 1. Denaturierung bei 94-96°C: Die komplementären Doppelstränge werden bei dieser hohen Temperatur entlang
der Wasserstoffbrückenbindungen voneinander getrennt, also denaturiert, sodass sie
als Einzelstränge vorliegen.
- 2. Hybridisierung bei 50-70°C: Die Spiegelbildkopie des charakteristischen Abschnitts der nachzuweisenden
DNA-Sequenz lagert sich an die Einzelstränge an, indem Wasserstoffbrückenbindungen
zwischen den komplementären Nukleinbasen ausgebildet werden.
- 3. Polymerisation bei 70-74°C: Bei dieser Temperatur synthetisiert z.B. eine DNA-Polymerase den neuen Strang
optimal, indem sich die komplementär bindenden Nukleotide verknüpfen.
[0043] Fig. 2 zeigt im Temperaturbereich von 28° C bis 32° C (untere durchgehende Linie)
die nur sehr geringfügigen Schwankungen der Temperatur des Wärmereservoirs 1 mit einem
erfindungsgemäßen kompakten Präzisions-ThermoCycler in Folge der Aufnahme bzw. Abgabe
von Wärmeenergie beim Heizen bzw. Kühlen.
Bezugszeichenliste zum kompakten Präzisions-ThermoCycler
[0044]
- 1
- erstes Wärmereservoir metallisch
- 2
- Kühlblock
- 3
- Energieversorgungs- und Regelblock
- 4
- Integrierter Mikrorechner
- 5
- zweites Wärmereservoir aus PCM-Material
- 6
- Heat-Pipe
- 7
- Peltier-Element
- 8
- Objekttisch-Adapter
- 9
- Thermischer Isolator zwischen Temperaturzonen
- 10
- Kavitätenleiste
- 11
- Temperatursensor
- 12
- verfahrbarer xyz-Objekttisch
- 13
- Blickrichtung eines Mikroskops
- 14
- Probenaufnahmeöffnung (Kavität)
- 15
- Bedarfsheizung für erstes Wärmereservoir
1. Kompakter Präzisions-ThermoCycler mit Wärmespeicher
und mindestens einem darauf angeordneten und verbundenen Peltier-Element (7)
und einem Versorgungs- und Regelblock (3),
dadurch gekennzeichnet,
dass ein oder zwei oder mehrere Wärmereservoire angeordnet sind,
diese Wärmereservoire untereinander koppelbar ausgebildet sind,
dass ein erstes metallisches Wärmereservoir (1) als Trägerbasis für den ThermoCycler ausgebildet
ist,
eine, zwei oder mehrere Kavitätenleisten (10) über Peltier-Elemente (7) mit dem ersten
Wärmereservoir (1) verbunden und angeordnet sind,
in den Kavitätenleisten (10) mehrere durchgehend offene Probenaufnahmeöffnungen (14)
und/oder planare Auflagenflächen angeordnet sind,
auf diesem ersten Wärmereservoir (1) mindestens ein, zwei oder mehrere Kühlblöcke
(2) angeordnet sind,
das erste Wärmereservoir (1) und die weiteren Wärmereservoire und der/die Kühlblöcke
(2) thermisch gekoppelt sind,
in den Versorgungs- und Regelblock (3) mindestens ein Mikrorechner (4) integriert
ist,
an oder innen in jeder Kavitätenleiste (10) ein, zwei oder mehrere thermisch angekoppelte
Heat-Pipes (6) angeordnet sind,
das erste Wärmereservoir (1) oder weitere in Richtung eines verfahrbaren xyz-Objekttisches
(12) thermisch isoliert ausgebildet sind,
im oder am Wärmereservoir (1) und in oder an den Kavitätenleisten (10) je ein, zwei
oder mehrere Temperatursensoren (11) angeordnet sind,
die Kavitätenleisten (10) einer Temperaturzone von Kavitätenleisten (10) anderer Temperaturzonen
durch einen Isolator (9) voneinander getrennt sind,
und alle Teile auf einem zwei- oder dreiachsig verfahrbaren geführten xyz-Objekttisch
(12) oder Objekttisch-Adapter (8) platzierbar sind.
2. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass zwei Wärmereservoire (1 und 5) angeordnet sind,
diese untereinander koppelbar ausgebildet sind,
dass ein erstes metallisches Wärmereservoir (1) als Trägerbasis für den ThermoCycler ausgebildet
ist,
eine, zwei oder mehrere Kavitätenleisten (10) über Peltier-Elemente (7) mit dem ersten
Wärmereservoir (1) verbunden und angeordnet sind,
in den Kavitätenleisten (10) mehrere durchgehend offene Probenaufnahmeöffnungen (14)
oder planare Auflagenflächen angeordnet sind,
auf diesem erstem Wärmereservoir (1) mindestens ein, zwei oder mehrere Kühlblöcke
(2) angeordnet sind,
das erste Wärmereservoir (1) und das zweite Wärmereservoir (5) und der/die Kühlblöcke
(2) thermisch gekoppelt sind,
in den Versorgungs- und Regelblock (3) mindestens ein Mikrorechner (4) integriert
ist,
an oder innen in jeder Kavitätenleiste (10) ein, zwei oder mehrere thermisch angekoppelte
Heat-Pipes (6) eingebettet sind,
die Wärmereservoire (1 und 5) in Richtung eines verfahrbaren xyz-Objekttisch (12)
thermisch isoliert ausgebildet sind,
im oder am Wärmereservoir (1) und in oder an den Kavitätenleisten (10) je ein, zwei
oder mehrere Temperatursensoren (11) angeordnet sind,
die Kavitätenleisten (10) einer Temperaturzone von Kavitätenleisten (10) anderer Temperaturzonen
durch einen Isolator (9) voneinander getrennt sind,
und alle Teile auf einem zwei- oder dreiachsig verfahrbaren geführten xyz-Objekttisch
(12) sowie dem Objekttisch-Adapter (8) anordenbar sind.
3. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass neben dem ersten Wärmereservoir (1) ein zweites Wärmereservoir (5) oder weitere Wärmereservoire
angeordnet sind.
4. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass der zwei- oder dreiachsig verfahrbare xyz-Objekttisch (12) als ein Tisch eines Fluoreszenzmikroskopes
oder eines Pipettierautomaten mit Fluoreszenzmikroskop ausgebildet ist.
5. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass das erste Wärmereservoir (1) und/oder die Kavitätenleiste (10) aus schnell wärmeleitenden
Materialien wie aus Silber, Kupfer oder Aluminium besteht und das zweite Wärmereservoir
(5) aus Nichtmetallen mit Phasenübergang (PCM-Material) besteht,
eine hohe Wärmespeicherfähigkeit besitzt und mit einer vergrößerten Oberfläche ausgebildet
ist.
6. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass die durchgehend offenen Probenaufnahmeöffnungen (14) in der/den Kavitätenleisten
(10) kegelförmig ausgebildet sind,
in die transparente, thermostabile Reaktionsgefäße mit planarem Boden kraftschlüssig
einsteckbar sind,
oder auf die planare Auflagefläche transparente, planare, thermostabile Objektträger
oder Biochips auflegbar sind.
7. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass über der/den Kavitätenleisten (10) eine beheizbare Beschwerungsplatte angeordnet
ist.
8. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass das oder die Peltier-Elemente (7) aus Keramik- oder Metall-Platten bestehen,
welche durch Löten, Kleben oder Pressen mit der/den Kavitätenleisten (10) und andererseits
zum Wärmereservoir (1) zur Gewährleistung eines schnellen und verlustarmen Wärmeflusses
kraft- und wärmeschlüssig verbunden sind.
9. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass im Inneren der Kavitätenleiste (10), des Wärmereservoirs (1) und anordenbaren Entwärmungsleisten
Wärmeleiter, Heat-Pipes (6), Wärmefolien, Wärmeleitpasten, Heat-Spreader und/oder
Vapor-Chambers eingebettet sind.
10. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 8,
dadurch gekennzeichnet,
dass beidseitig der Kavitätenleiste (10) Peltier-Elementen (7) angeordnet sind.
11. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass eine oder mehrere Kavitätenleisten (10) Temperaturzonen bilden, welche streifenförmig
verteilt ausgebildet sind und durch thermische Isolatoren (9) voneinander getrennt
sind,
an oder innen in der Kavitätenleiste (10) ein oder mehrere Heat-Pipes(6), Heat-Spreader
und/oder Vapor-Chambers angeordnet sind und diese unmittelbar mit dem Wärmereservoir
(1) gekoppelt sind,
wobei dabei der Wärmeübergang zum Wärmereservoir (1) und die Ausbreitungsgeschwindigkeit
der Wärmeströme beim Heizen und Kühlen beschleunigt sind.
12. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1 in einer Gerätekonfiguration mit
einem automatisierten inversen oder aufrechten Licht- oder Fluoreszenzmikroskop,
dadurch gekennzeichnet,
dass die Gerätekonfiguration aus einem kompakten Präzisions-ThermoCycler mit angeordneten
Mikroskopadapter, einer licht- oder fluoreszenzmikroskopischen Optik, einer Kamera,
einem zwei- oder dreiachsig verfahrbaren, motorisierten xyz-Objekttisch (12) und einer
verbundenen und angeschlossenen Steuer- und Auswertesoftware besteht, um Proben automatisiert
in Abstimmung mit dem vollautomatischen Mess- und Auswerteprozess zu temperieren.
13. Kompakter Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1 in einer Gerätekonfiguration mit
einem automatisierten inversen oder aufrechten Licht- oder Fluoreszenzmikroskop nach
Anspruch 9,
dadurch gekennzeichnet,
dass eine vorgelagerte Station zur Probenbestückung in die Kavitäten (Probenaufnahmeöffnungen
14), eine Transportvorrichtung (Tray, Fließband) zum gezielten Verfahren und Positionieren
eines, oder zweier oder mehrerer kompakter Präzisions-ThermoCycler angeordnet ist
und zur Analyse eine zweite Station mit mindestens einem Mikroskop, und einer Auswerteeinrichtung,
wie bzw. einer Kamera ausgestattet ist.
14. Verfahren zur schnellen und präzisen Temperierung von Proben in Reaktionsräumen zur
Durchführung und Auswertung von Polymerasekettenreaktionen (PCR-Tests) mit einem kompakten
Präzisions-ThermoCycler nach Anspruch 1,
dadurch gekennzeichnet,
dass die Kavitätenleisten (10) kraftschlüssig mit Reaktionsräumen, die mindestens die
Reaktionslösung und/oder eine Probe enthalten, bestückt werden,
die Temperierung über wärmeschlüssig verbundene Wärmeleiter multidirektional zwischen
Probe, Peltier-Element (7), Wärmereservoir (1) und einem Umgebungsmedium energiesparend,
steuerbar transportiert werden und
dass während aufeinanderfolgender Heiz- und Kühlzyklen eine Rekuperation erfolgt.
15. Verfahren nach Anspruch 14,
dadurch gekennzeichnet,
dass Wärmereservoire (1, 5) auf eine Temperatur zwischen dem oberen Temperaturniveau (Denaturierung
bei 94-96° C) und der Raumtemperatur (bei 25° C) eingestellt werden und somit von
den Peltier-Elementen (7) geringere Temperaturdifferenzen zu überbrücken sind.